PDB-6tjp: Crystal structure of T7 bacteriophage portal protein, 13mer, clos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6tjp

タイトル

Crystal structure of T7 bacteriophage portal protein, 13mer, closed valve - P212121

要素

Portal protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / DNA packaging

機能・相同性

Portal protein, Caudovirales / Head-to-tail connector protein, podovirus-type / Bacteriophage head to tail connecting protein / viral portal complex / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / viral DNA genome packaging / Portal protein

機能・相同性情報

生物種

Enterobacteria phage T7 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.74 Å

データ登録者

Fabrega-Ferrer, M. / Cuervo, A. / Fernandez, F.J. / Machon, C. / Perez-Luque, R. / Pous, J. / Vega, M.C. / Carrascosa, J.L. / Coll, M.

資金援助

スペイン, 7件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BFU 2014-54181	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BFU2014-53550-P	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BFU2017-83720-P	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	MDM-2014-0435	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	SEV-2013-0347	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	RYC-2011-09071	スペイン
European Commission	653706

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Using a partial atomic model from medium-resolution cryo-EM to solve a large crystal structure.
著者: Fabrega-Ferrer, M. / Cuervo, A. / Fernandez, F.J. / Machon, C. / Perez-Luque, R. / Pous, J. / Vega, M.C. / Carrascosa, J.L. / Coll, M.

履歴

登録	2019年11月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.id ..._citation.country / _citation.id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.citation_id / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6tjp.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6tjp.ent.gz	973.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6tjp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/6tjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/6tjp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4667 4669 4706 6qwp 6qx5 6qxm 6r21
類似構造データ	6qwp-d 4667 5148 6qx5-d 5jzh-1 30138 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Portal protein

B: Portal protein

C: Portal protein

D: Portal protein

E: Portal protein

F: Portal protein

G: Portal protein

H: Portal protein

I: Portal protein

J: Portal protein

K: Portal protein

L: Portal protein

M: Portal protein

769 kDa, 13 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: microscopy

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.850, 238.570, 265.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1
11	1
12	1
13	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	SER	SER	chain 'A'	A	A	3 - 47	3 - 47
1	2	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'A'	A	A	55 - 480	55 - 480
2	3	GLU	GLU	SER	SER	chain 'B'	B	B	3 - 47	3 - 47
2	4	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'B'	B	B	55 - 480	55 - 480
3	5	GLU	GLU	SER	SER	chain 'C'	C	C	3 - 47	3 - 47
3	6	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'C'	C	C	55 - 480	55 - 480
4	7	GLU	GLU	SER	SER	chain 'D'	D	D	3 - 47	3 - 47
4	8	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'D'	D	D	55 - 480	55 - 480
5	9	GLU	GLU	SER	SER	chain 'E'	E	E	3 - 47	3 - 47
5	10	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'E'	E	E	55 - 480	55 - 480
6	11	GLU	GLU	SER	SER	chain 'F'	F	F	3 - 47	3 - 47
6	12	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'F'	F	F	55 - 480	55 - 480
7	13	GLU	GLU	SER	SER	chain 'G'	G	G	3 - 47	3 - 47
7	14	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'G'	G	G	55 - 480	55 - 480
8	15	GLU	GLU	SER	SER	chain 'H'	H	H	3 - 47	3 - 47
8	16	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'H'	H	H	55 - 480	55 - 480
9	17	GLU	GLU	SER	SER	chain 'I'	I	I	3 - 47	3 - 47
9	18	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'I'	I	I	55 - 480	55 - 480
10	19	GLU	GLU	SER	SER	chain 'J'	J	J	3 - 47	3 - 47
10	20	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'J'	J	J	55 - 480	55 - 480
11	21	GLU	GLU	SER	SER	chain 'K'	K	K	3 - 47	3 - 47
11	22	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'K'	K	K	55 - 480	55 - 480
12	23	GLU	GLU	SER	SER	chain 'L'	L	L	3 - 47	3 - 47
12	24	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'L'	L	L	55 - 480	55 - 480
13	25	GLU	GLU	SER	SER	chain 'M'	M	M	3 - 47	3 - 47
13	26	GLN	GLN	GLY	GLY	chain 'M'	M	M	55 - 480	55 - 480

#1: タンパク質	Portal protein / Gene product 8 / Gp8 / Head-to-tail connector 分子量: 59173.984 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03728

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 18 % [w/v] PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.74→49.47 Å / Num. obs: 78414 / % possible obs: 88.61 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 130.76 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 3.74→3.87 Å / Num. unique obs: 7216 / CC_1/2: 0.558

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Partial cryo-EM model

解像度: 3.74→49.47 Å / SU ML: 0.5614 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1603

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2857	3915	5 %
R_work	0.2439	-	-
obs	0.246	78301	98.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 151.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.74→49.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	48126	0	0	0	48126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	48880
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6852	66157
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0431	7501
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	8671
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.6092	6773

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.74-3.78	0.3846	108	0.4216	2051	X-RAY DIFFRACTION	77.52
3.78-3.83	0.3794	140	0.3516	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.83-3.88	0.3458	141	0.3551	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.88-3.94	0.4029	139	0.3451	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.94-3.99	0.3135	141	0.3296	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.99-4.05	0.3627	139	0.3333	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.5
4.05-4.11	0.3565	140	0.3335	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.11-4.18	0.3456	139	0.3104	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.39
4.18-4.25	0.3321	140	0.2994	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.72
4.25-4.33	0.3444	139	0.3082	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.47
4.33-4.41	0.37	141	0.2906	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.41-4.5	0.308	139	0.2601	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.39
4.5-4.6	0.268	142	0.2561	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.61
4.6-4.71	0.2768	139	0.2567	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.5
4.71-4.83	0.2614	141	0.2409	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.23
4.83-4.96	0.2914	141	0.2317	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.96-5.1	0.2963	139	0.2306	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.14
5.1-5.27	0.3202	141	0.2437	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.3
5.27-5.46	0.2581	142	0.236	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.27
5.46-5.67	0.3293	141	0.2651	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.75
5.67-5.93	0.2811	141	0.2493	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.22
5.93-6.24	0.2925	141	0.2603	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.16
6.24-6.63	0.2717	142	0.2495	2707	X-RAY DIFFRACTION	98.99
6.63-7.14	0.2822	141	0.233	2682	X-RAY DIFFRACTION	98.91
7.15-7.86	0.2618	144	0.202	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.2
7.86-8.99	0.2263	142	0.1799	2710	X-RAY DIFFRACTION	98.72
8.99-11.31	0.214	145	0.1552	2737	X-RAY DIFFRACTION	98.33
11.31-49.47	0.2716	147	0.2196	2815	X-RAY DIFFRACTION	96.39

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関連情報:EMDBヘッダ

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