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- PDB-6tj4: P. falciparum essential light chain, N-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tj4
タイトルP. falciparum essential light chain, N-terminal domain
要素PfELC
キーワードMOTOR PROTEIN / motility / glideosome / myosin / essential light chain
機能・相同性EF-hand domain pair / Myosin essential light chain ELC
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Pazicky, S. / Loew, C.
資金援助 ドイツ, スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Joachim Herz Foundation800026 ドイツ
Swedish Research Council621-2013-5905 スウェーデン
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Structural role of essential light chains in the apicomplexan glideosome.
著者: Pazicky, S. / Dhamotharan, K. / Kaszuba, K. / Mertens, H.D.T. / Gilberger, T. / Svergun, D. / Kosinski, J. / Weininger, U. / Low, C.
履歴
登録2019年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PfELC
B: PfELC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0422
ポリマ－18,0422
非ポリマー00
水3,477193
1
A: PfELC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0211
ポリマ－9,0211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PfELC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0211
ポリマ－9,0211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.237, 57.510, 86.338
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 PfELC


分子量: 9021.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1017500 / プラスミド: pNIC28_Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IJM4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.98 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris-HCl, lithium sulfate, PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→47.86 Å / Num. obs: 24622 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 24.12 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 17.68
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 2365 / CC1/2: 0.89 / Rpim(I) all: 0.27 / Rrim(I) all: 0.57 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TJ3

6tj3


解像度: 1.5→47.86 Å / SU ML: 0.1475 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.9388
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1937 1174 4.77 %
Rwork0.1667 --
obs0.168 24621 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 36.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1112 0 0 193 1305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01321159
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.16141559
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0919154
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007201
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.6207564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.570.30031580.27692818X-RAY DIFFRACTION98.28
1.57-1.650.27371320.23062906X-RAY DIFFRACTION99.05
1.65-1.750.21881330.19192897X-RAY DIFFRACTION99.05
1.75-1.890.21131560.17632912X-RAY DIFFRACTION99.26
1.89-2.080.20631500.16182900X-RAY DIFFRACTION99.32
2.08-2.380.16361360.15882943X-RAY DIFFRACTION99.13
2.38-30.20871460.17812985X-RAY DIFFRACTION98.96
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.3640298791 Å / Origin y: 26.2041838222 Å / Origin z: 44.9284592006 Å
111213212223313233
T0.175787247752 Å2-0.00146080559286 Å20.0108301229517 Å2-0.444648760003 Å20.00717470210359 Å2--0.154179986743 Å2
L1.80537483671 °20.060864903693 °20.435603699614 °2-0.880771792697 °20.0829017750482 °2--2.16230278553 °2
S-0.0617382280218 Å °-0.0453515854874 Å °0.239909129988 Å °0.0339856600248 Å °0.0622616644807 Å °-0.0534219568712 Å °-0.221992373587 Å °0.0985138826159 Å °-0.0149952509949 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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