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- PDB-6tik: Hepatitis B virus core shell--virus-like particle with NadA epitope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tik
タイトルHepatitis B virus core shell--virus-like particle with NadA epitope
要素Capsid protein,Putative adhesin/invasin,Capsid protein,Factor H-binding protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Virus-like particle / VLP / antigen / NadA / Neisseria meningitidis / HBV / HBC / factor H binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / cell outer membrane / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / viral envelope / structural molecule activity / cell surface ...microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / cell outer membrane / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / viral envelope / structural molecule activity / cell surface / DNA binding / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold / Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus / Factor H binding protein, C-terminal / : / : / Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, N-terminal / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Hepatitis core antigen ...Hepatitis B viral capsid (hbcag) fold / Viral capsid, core domain supefamily, Hepatitis B virus / Factor H binding protein, C-terminal / : / : / Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, N-terminal / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Pilin-like / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative adhesin/invasin / Capsid protein / Factor H-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Roseman, A.M. / Colllins, R.F. / Derrick, J.P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBRIC PhD, BBSRC Reference BB/K02034X/1 英国
引用ジャーナル: Vaccine / 年: 2020
タイトル: An assessment of the use of Hepatitis B Virus core protein virus-like particles to display heterologous antigens from Neisseria meningitidis.
著者: Sebastian Aston-Deaville / Emil Carlsson / Muhammad Saleem / Angela Thistlethwaite / Hannah Chan / Sunil Maharjan / Alessandra Facchetti / Ian M Feavers / C Alistair Siebert / Richard F ...著者: Sebastian Aston-Deaville / Emil Carlsson / Muhammad Saleem / Angela Thistlethwaite / Hannah Chan / Sunil Maharjan / Alessandra Facchetti / Ian M Feavers / C Alistair Siebert / Richard F Collins / Alan Roseman / Jeremy P Derrick /
要旨: Neisseria meningitidis is the causative agent of meningococcal meningitis and sepsis and remains a significant public health problem in many countries. Efforts to develop a comprehensive vaccine ...Neisseria meningitidis is the causative agent of meningococcal meningitis and sepsis and remains a significant public health problem in many countries. Efforts to develop a comprehensive vaccine against serogroup B meningococci have focused on the use of surface-exposed outer membrane proteins. Here we report the use of virus-like particles derived from the core protein of Hepatitis B Virus, HBc, to incorporate antigen domains derived from Factor H binding protein (FHbp) and the adhesin NadA. The extracellular domain of NadA was inserted into the major immunodominant region of HBc, and the C-terminal domain of FHbp at the C-terminus (CFHbp), creating a single polypeptide chain 3.7-fold larger than native HBc. Remarkably, cryoelectron microscopy revealed that the construct formed assemblies that were able to incorporate both antigens with minimal structural changes to native HBc. Electron density was weak for NadA and absent for CFHbp, partly attributable to domain flexibility. Following immunization of mice, three HBc fusions (CFHbp or NadA alone, NadA + CFHbp) were able to induce production of IgG1, IgG2a and IgG2b antibodies reactive against their respective antigens at dilutions in excess of 1:18,000. However, only HBc fusions containing NadA elicited the production of antibodies with serum bactericidal activity. It is hypothesized that this improved immune response is attributable to the adoption of a more native-like folding of crucial conformational epitopes of NadA within the chimeric VLP. This work demonstrates that HBc can incorporate insertions of large antigen domains but that maintenance of their three-dimensional structure is likely to be critical in obtaining a protective response.
履歴
登録2019年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10316
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10316
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Capsid protein,Putative adhesin/invasin,Capsid protein,Factor H-binding protein
D: Capsid protein,Putative adhesin/invasin,Capsid protein,Factor H-binding protein
B: Capsid protein,Putative adhesin/invasin,Capsid protein,Factor H-binding protein
A: Capsid protein,Putative adhesin/invasin,Capsid protein,Factor H-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,4674
ポリマ－248,4674
非ポリマー00
水00
1
C: Capsid protein,Putative adhesin/invasin,Capsid protein,Factor H-binding protein
D: Capsid protein,Putative adhesin/invasin,Capsid protein,Factor H-binding protein
B: Capsid protein,Putative adhesin/invasin,Capsid protein,Factor H-binding protein
A: Capsid protein,Putative adhesin/invasin,Capsid protein,Factor H-binding protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,908,020240
ポリマ－14,908,020240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein,Putative adhesin/invasin,Capsid protein,Factor H-binding protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5 / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5 / ...Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5 / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5 / Lipoprotein / Lipoprotein GNA1870


分子量: 62116.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria ...詳細: HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).,HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).,HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).,HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).,HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).,HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).,HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).,HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).,HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).,HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).,HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).,HBcS-NadA-CFHbp VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).
由来: (組換発現) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス), (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
遺伝子: C, c, core, PreC, preC, nadA, gna1870, fhbp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q67855, UniProt: D3IRF1, UniProt: Q6QCC2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: VLP fusion sequence expressed in E.coli. / タイプ: COMPLEX
詳細: HBcS-NadA-CFHbp Fusion protein with linker regions. VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: ...詳細: HBcS-NadA-CFHbp Fusion protein with linker regions. VLP fusion sequence expressed in E.coli. HBc - core shell from hepatitis B virus NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 14.9 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)487
21Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)10407
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / プラスミド: pET-17b
緩衝液pH: 8 / 詳細: PBS
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: 3 ul applied for 30s at room temperature, then 4 - 5 s blot

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 104167 X / 倍率（補正後）: 100719 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 424 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3840 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 79 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2367
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN22.01粒子像選択
2EPU画像取得
4EMAN22.01CTF補正then CTF applied by CryoSPARC
7DockEMモデルフィッティングused for initial model placement
9PHENIXPHENIX.real-space_refineモデル精密化refined the model to the map, using weighted geometry restraints also
10cryoSPARCv0.65初期オイラー角割当
11cryoSPARCv0.65最終オイラー角割当
12cryoSPARCv0.65分類
13cryoSPARCv0.65３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 10119
詳細: Initially ~44,000 particles were initially picked and extracted in EMAN. Approx 12,000 were shell fragments or incomplete. Others were intact but lower resolution, so damaged or affected by ...詳細: Initially ~44,000 particles were initially picked and extracted in EMAN. Approx 12,000 were shell fragments or incomplete. Others were intact but lower resolution, so damaged or affected by charging, or other issue. After filtering/cleaning by EMAN2 2D classification 10119 particles were taken forwards for initial 3D reconstruction in EMAN2. This set of 10119 was then 2D cleaned by CryoSPARC to give 9145 particles.
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 8598 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 111.33 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation with the map plus geometry
詳細: The 4 protein chains from the original T=4 HBV core shell structure solved by X-ray crystallography (Wynne, Leslie, Crowther, 1999), PDB code 1QGT, representing two independently resolved ...詳細: The 4 protein chains from the original T=4 HBV core shell structure solved by X-ray crystallography (Wynne, Leslie, Crowther, 1999), PDB code 1QGT, representing two independently resolved dimeric spikes, were docked into the map using DockEM, and visualised in UCSF Chimera. Part of the chains near the tips of the spikes did not fit well to the map. This region of the map, corresponding to the major immune dominant region where the inserted NadA epitope was placed, was poorly resolved. Therefore the model region according to the native sequence between, but not including, Leu76 to Arg82 was deleted from all 4 chains. This model was then refined against the map with the phenix.real_space_refine program, using global minimisation, simulated annealing, B-factor refinement, and without non-crystallographic symmetry (NCS) restraints. Default parameters were used for other constraints. The resulting model was re-refined once using the local_grid_search option, with all other parameters left unchanged.
原子モデル構築PDB-ID: 1QGT

1qgt


Accession code: 1QGT / Pdb chain residue range: 1-143 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0084550
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.85616222
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0517708
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0066782
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.5392674

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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