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- EMDB-10316: Hepatitis B virus core protein virus-like particle displaying the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10316
タイトルHepatitis B virus core protein virus-like particle displaying the antigen: extra cellular adhesion domain NadA from Neisseria meningitidis.
マップデータHepatitis B virus core protein with the extracellular domain of NadA inserted at the tip of the spikes of the VLP/capsid spikes.
試料
  • 複合体: VLP fusion sequence expressed in E.coli.
    • タンパク質・ペプチド: HBcS-NadA-CFHbp
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / cell outer membrane / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / viral envelope / structural molecule activity / cell surface ...microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / cell outer membrane / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / viral envelope / structural molecule activity / cell surface / DNA binding / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Factor H binding protein, C-terminal / : / : / Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, N-terminal / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen ...Factor H binding protein, C-terminal / : / : / Factor H binding protein, C-terminal / Factor H binding protein, N-terminal / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / Pilin-like / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative adhesin/invasin / Capsid protein / Factor H-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Collins RF / Roseman AM / Derrick JP
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBRIC PhD, BBSRC Reference BB/K02034X/1 英国
引用ジャーナル: Vaccine / 年: 2020
タイトル: An assessment of the use of Hepatitis B Virus core protein virus-like particles to display heterologous antigens from Neisseria meningitidis.
著者: Sebastian Aston-Deaville / Emil Carlsson / Muhammad Saleem / Angela Thistlethwaite / Hannah Chan / Sunil Maharjan / Alessandra Facchetti / Ian M Feavers / C Alistair Siebert / Richard F ...著者: Sebastian Aston-Deaville / Emil Carlsson / Muhammad Saleem / Angela Thistlethwaite / Hannah Chan / Sunil Maharjan / Alessandra Facchetti / Ian M Feavers / C Alistair Siebert / Richard F Collins / Alan Roseman / Jeremy P Derrick /
要旨: Neisseria meningitidis is the causative agent of meningococcal meningitis and sepsis and remains a significant public health problem in many countries. Efforts to develop a comprehensive vaccine ...Neisseria meningitidis is the causative agent of meningococcal meningitis and sepsis and remains a significant public health problem in many countries. Efforts to develop a comprehensive vaccine against serogroup B meningococci have focused on the use of surface-exposed outer membrane proteins. Here we report the use of virus-like particles derived from the core protein of Hepatitis B Virus, HBc, to incorporate antigen domains derived from Factor H binding protein (FHbp) and the adhesin NadA. The extracellular domain of NadA was inserted into the major immunodominant region of HBc, and the C-terminal domain of FHbp at the C-terminus (CFHbp), creating a single polypeptide chain 3.7-fold larger than native HBc. Remarkably, cryoelectron microscopy revealed that the construct formed assemblies that were able to incorporate both antigens with minimal structural changes to native HBc. Electron density was weak for NadA and absent for CFHbp, partly attributable to domain flexibility. Following immunization of mice, three HBc fusions (CFHbp or NadA alone, NadA + CFHbp) were able to induce production of IgG1, IgG2a and IgG2b antibodies reactive against their respective antigens at dilutions in excess of 1:18,000. However, only HBc fusions containing NadA elicited the production of antibodies with serum bactericidal activity. It is hypothesized that this improved immune response is attributable to the adoption of a more native-like folding of crucial conformational epitopes of NadA within the chimeric VLP. This work demonstrates that HBc can incorporate insertions of large antigen domains but that maintenance of their three-dimensional structure is likely to be critical in obtaining a protective response.
履歴
登録2019年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月29日-
マップ公開2020年7月29日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6tik
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6tik
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10316.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Hepatitis B virus core protein with the extracellular domain of NadA inserted at the tip of the spikes of the VLP/capsid spikes.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 512 pix.
= 711.68 Å		1.39 Å/pix.
x 512 pix.
= 711.68 Å		1.39 Å/pix.
x 512 pix.
= 711.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-1.1796018 - 4.9631643
平均 (標準偏差)0.011435016 (±0.23314595)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 711.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z711.680711.680711.680
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-1.1804.9630.011

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_10316_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Mask for FSC calculation

ファイルemd_10316_additional_2.map
注釈Mask for FSC calculation
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A.

ファイルemd_10316_half_map_1.map
注釈Half map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B.

ファイルemd_10316_half_map_2.map
注釈Half map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VLP fusion sequence expressed in E.coli.

全体名称: VLP fusion sequence expressed in E.coli.
要素
  • 複合体: VLP fusion sequence expressed in E.coli.
    • タンパク質・ペプチド: HBcS-NadA-CFHbp

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超分子 #1: VLP fusion sequence expressed in E.coli.

超分子名称: VLP fusion sequence expressed in E.coli. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: HBcS-NadA-CFHbp Fusion protein with linker regions. HBc - Ordered core of VLP: from HBV core protein (NCBI taxonomy ID 10407). NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular ...詳細: HBcS-NadA-CFHbp Fusion protein with linker regions. HBc - Ordered core of VLP: from HBV core protein (NCBI taxonomy ID 10407). NadA - Partially ordered surface displayed domain: extracellular domain of NadA from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487). CFHbp - Unresolved/disordered component : C-terminal domain of factor H binding protein from Neisseria meningitidis (NCBI taxonomy ID 487).
由来(天然)生物種: Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21 / 組換プラスミド: pET-17b
分子量理論値: 14.9 MDa

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分子 #1: HBcS-NadA-CFHbp

分子名称: HBcS-NadA-CFHbp / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: expressed fusion chimera protein / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAI LCWGELMTLA TWVGNNLEDG GGGSGGGGSA TSDDDVKKAA TVAIVAAYNN GQEINGFKAG ETIYDIGED GTITQKDATA ADVEADDFKG LGLKKVVTNL TKTVNENKQN ...文字列:
MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAI LCWGELMTLA TWVGNNLEDG GGGSGGGGSA TSDDDVKKAA TVAIVAAYNN GQEINGFKAG ETIYDIGED GTITQKDATA ADVEADDFKG LGLKKVVTNL TKTVNENKQN VDAKVKAAES E IEKLTTKL ADTDAALADT DAALDETTNA LNKLGENITT FAEETKTNIV KIDEKLEAVA DT VDKHAEA FNDIADSLDE TNTKADEAVK TANEAKQTAE ETKQNVDAKV KAAETAAGKA EAA AGTANT AADKAEAVAA KVTDIKADIA TNKADIAKNS ARIDSLDKNV ANLRKETRQG LAEQ AALSG LFQPYNVGEF GGGGSGGGGS RDLVVNYVNT NMGLKIRQLL WFHISCLTFG RETVL EYLV SFGVWIRTPP AYRPPNAPIL STLPETTVVG SGGGTHTSFD KLPEGGRATY RGTAFG SDD AGGKLTYTID FAAKQGNGKI EHLKSPELNV DLAAADIKPD GKRHAVISGS VLYNQAE KG SYSLGIFGGK AQEVAGSAEV KTVNGIRHIG LAAKQKLGGG WSHPQFEK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 ul applied for 30s at room temperature, then 4-5 s blot..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-36 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2367 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 79.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.84 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.424 µm / 倍率（補正後）: 100719 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0025 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.001 µm / 倍率（公称値）: 104167
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10119
詳細: Initially ~44,000 particles were initially picked and extracted in EMAN. Approx 12,000 were shell fragments or incomplete. Others were intact but lower resolution, so damaged or affected by ...詳細: Initially ~44,000 particles were initially picked and extracted in EMAN. Approx 12,000 were shell fragments or incomplete. Others were intact but lower resolution, so damaged or affected by charging, or other issue. After filtering/cleaning by EMAN2 2D classification 10119 particles were taken forwards for initial 3D reconstruction in EMAN2. This set of 10119 was then 2D cleaned by CryoSPARC to give 9145 particles.
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.01) / ソフトウェア - 詳細: then CTF applied by CryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v0.65) / 使用した粒子像数: 8598
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v0.65)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v0.65)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v0.65) / 詳細: model #0 94.2 % mode l#1 4.6 % model #2 1.2%

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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