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万見
- PDB-6thb: Receptor binding domain of the Cedar Virus attachment glycoprotein (G) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6thb
タイトルReceptor binding domain of the Cedar Virus attachment glycoprotein (G)
要素Attachment glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Receptor-binding / attachment / glycoprotein / beta-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Attachment glycoprotein / Attachment glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Cedar virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Pryce, R. / Rissanen, I. / Harlos, K. / Bowden, T.
資金援助 英国, 米国, 6件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L009528/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/S007555/1 英国
Wellcome Trust203141/Z/16Z 英国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI123449 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI069317 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI115226 米国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2020
タイトル: A key region of molecular specificity orchestrates unique ephrin-B1 utilization by Cedar virus.
著者: Pryce, R. / Azarm, K. / Rissanen, I. / Harlos, K. / Bowden, T.A. / Lee, B.
履歴
登録2019年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Attachment glycoprotein
B: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,51815
ポリマ－97,6422
非ポリマー2,87613
水1629
1
A: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3698
ポリマ－48,8211
非ポリマー1,5487
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Attachment glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1487
ポリマ－48,8211
非ポリマー1,3276
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.460, 201.460, 112.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質 Attachment glycoprotein


分子量: 48820.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cedar virus (ウイルス) / プラスミド: pHL-sec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A185KRV2, UniProt: J7H333*PLUS
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 5% (w/v) polyethylene glycol 6000, 0.1 M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→58 Å / Num. obs: 65603 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.5 % / Biso Wilson estimate: 69.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.78→2.85 Å / 冗長度: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 1.776 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4849 / CC1/2: 0.777 / Rpim(I) all: 0.412 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.14_3228精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VWD

2vwd


解像度: 2.78→49.241 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2274 3272 4.99 %
Rwork0.2012 --
obs0.2025 65557 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 205.71 Å2 / Biso mean: 86.284 Å2 / Biso min: 31.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.78→49.241 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6698 0 182 9 6889
Biso mean--102.64 62.01 -
残基数----835
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.7801-2.82160.37281450.35532695
2.8216-2.86570.35781440.32362669
2.8657-2.91260.29631480.28922701
2.9126-2.96290.31951280.27222727
2.9629-3.01670.29631430.27232644
3.0167-3.07470.30741360.2772716
3.0747-3.13750.25631380.27332675
3.1375-3.20570.27821820.26182704
3.2057-3.28030.24821440.26152644
3.2803-3.36230.34951390.25382709
3.3623-3.45320.29271420.24052693
3.4532-3.55470.24731390.22912724
3.5547-3.66950.29171420.22482690
3.6695-3.80060.24211600.20852692
3.8006-3.95270.21411250.20462725
3.9527-4.13250.19081490.18792706
4.1325-4.35020.2041630.16762691
4.3502-4.62260.18741310.14752732
4.6226-4.97920.15251500.13472690
4.9792-5.47970.16231300.15872744
5.4797-6.27120.20811300.17792753
6.2712-7.89580.18171310.19062748
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76210.8464-1.29613.9341-0.6442.5851-0.19290.09520.1411-0.42840.1346-0.4308-1.59460.97510.24621.4084-0.3649-0.20130.53420.14750.635695.7028-34.4556-20.9074
21.01630.1009-0.1281.16061.14784.758-0.22380.07180.05990.2145-0.09290.1662-0.4792-0.33620.21010.5032-0.0173-0.06480.33730.02950.454984.2687-49.8968-9.9106
31.90310.39590.40512.71050.20384.4757-0.20720.18730.2194-0.2464-0.059-0.0534-0.71360.03530.1620.5249-0.1281-0.05990.33990.02540.455786.678-49.9017-25.3497
40.2163-0.2641-0.20890.98570.69581.1578-0.19320.16540.2471-0.28360.1585-0.1413-1.46170.18510.44641.2621-0.3682-0.25270.49880.13950.541392.7896-38.2853-26.6827
53.4164-1.6361.14153.4376-2.98279.15230.1161-0.02250.3413-0.161-0.1652-0.54520.0490.73540.16020.8707-0.03370.14230.2810.07040.7502100.334418.0313-35.1241
68.8389-3.59194.25769.4058-4.81067.7270.3912-0.69650.5610.8751-0.3958-0.9652-0.04710.36750.01580.9095-0.037-0.0160.34970.03270.592100.215616.0597-20.6206
70.2652-0.26230.19163.6015-0.43282.28190.0526-0.1915-0.10330.35510.068-0.21351.28990.156-0.00031.55240.07950.0560.45890.06420.635797.4533-0.2541-20.0782
86.0411-1.2579-0.07426.3274-1.44281.88380.2953-0.5211-0.34010.60180.09711.09260.5663-0.4235-0.32491.9617-0.23560.20880.44120.12450.746187.4844-3.389-17.6628
90.41650.3770.42093.8947-1.59612.2040.19430.2049-0.2329-0.31780.0309-0.11251.95210.6280.3472.20050.24120.06360.05250.14510.6749100.4139-3.1604-36.042
104.5572-2.1907-0.94465.54564.84654.57450.12930.18340.6547-0.7831-0.222-0.70681.15811.4668-0.1411.13580.20840.28240.68310.18030.7552108.99819.83-42.1745
118.92490.47964.87265.6505-1.64434.10020.26480.17520.0246-0.3801-0.2264-0.22730.6590.37510.02840.79830.01130.21730.31990.02740.5597100.116317.5826-38.305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 209 through 285 )A209 - 285
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 286 through 428 )A286 - 428
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 429 through 588 )A429 - 588
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 589 through 625 )A589 - 625
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 208 through 250 )B208 - 250
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 251 through 280 )B251 - 280
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 281 through 428 )B281 - 428
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 429 through 451 )B429 - 451
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 452 through 547 )B452 - 547
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 548 through 581 )B548 - 581
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 582 through 625 )B582 - 625

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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