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- PDB-5yj7: Structural insight into the beta-GH1 glucosidase BGLN1 from oleag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yj7
タイトルStructural insight into the beta-GH1 glucosidase BGLN1 from oleaginous microalgae Nannochloropsis
要素Glycoside hydrolase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / beta-1 / 3-glucan / substrate specificity / CARBOHYDRATE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nannochloris (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Dong, S. / Liu, Y.J. / Zhou, H.X. / Xiao, Y. / Xu, J. / Cui, Q. / Wang, X.Q. / Feng, Y.G.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: Structural insight into a GH1 beta-glucosidase from the oleaginous microalga, Nannochloropsis oceanica.
著者: Dong, S. / Liu, Y.J. / Zhou, H. / Xiao, Y. / Xu, J. / Cui, Q. / Wang, X. / Feng, Y.
履歴
登録2017年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月1日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / entity / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase
B: Glycoside hydrolase
C: Glycoside hydrolase
D: Glycoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,83410
ポリマ－233,3864
非ポリマー4496
水53,4322966
1
A: Glycoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4793
ポリマ－58,3461
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4382
ポリマ－58,3461
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4793
ポリマ－58,3461
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glycoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4382
ポリマ－58,3461
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.720, 74.750, 102.940
Angle α, β, γ (deg.)105.290, 96.100, 90.320
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Glycoside hydrolase


分子量: 58346.391 Da / 分子数: 4 / 変異: D141G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nannochloris (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A452CSM4*PLUS, beta-glucosidase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2966 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6
詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium MES, pH 6.0, and 16% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→28.04 Å / Num. obs: 216408 / % possible obs: 82.7 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 421792 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.61-1.641.90.258996452300.8290.2580.3653.440.1
8.82-28.041.80.018221512110.9980.0180.02626.776.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
Aimless0.5.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RGL

2rgl


解像度: 1.61→27.306 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 15.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1515 2000 -
Rwork0.1342 --
obs0.1344 216354 82.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.33 Å2 / Biso mean: 21.73 Å2 / Biso min: 4.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.61→27.306 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15492 0 58 2966 18516
Biso mean--26.77 33.78 -
残基数----1942
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00616038
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06521769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2085777
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.61-1.65030.2227720.18047644771641
1.6503-1.69490.2124870.16679402948951
1.6949-1.74470.19011060.1664113541146061
1.7447-1.8010.1821430.1577153201546383
1.801-1.86540.19181590.1475170941725392
1.8654-1.94010.17941590.1482170031716292
1.9401-2.02830.16611600.1427171551731593
2.0283-2.13520.15241600.1367172071736793
2.1352-2.26890.15121620.1282172351739793
2.2689-2.4440.14191610.1287172641742593
2.444-2.68980.15781600.1318171891734993
2.6898-3.07860.13441600.136170841724492
3.0786-3.87690.14481560.1247167931694991
3.8769-27.30950.1281550.1229166101676590
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6043-0.0304-0.1330.7083-0.08661.5745-0.0196-0.0383-0.05750.0242-0.0134-0.0537-0.02380.30070.01630.05550.0014-0.01630.10630.00170.0957-13.711272.875-10.1578
20.7467-0.0583-0.20610.7781-0.17011.80720.04450.0230.09080.0390.010.0434-0.38330.0289-0.02710.1316-0.0023-0.00060.052700.1066-21.801986.3822-14.3232
30.7852-0.0404-0.22130.6741-0.14191.59140.01030.066-0.0347-0.1049-0.0277-0.0416-0.04770.22080.01570.0726-0.0098-0.00460.1087-0.0120.0969-12.504475.398-20.596
45.7425-0.388-0.72820.35960.53351.7173-0.1298-0.1719-0.24010.06970.0222-0.1240.12080.4410.11660.09920.0396-0.03290.19770.03760.143-5.99866.5-2.6461
50.95130.166-0.26241.36450.13530.4883-0.08160.32820.1836-0.42730.07440.0653-0.3484-0.11840.03010.2647-0.0125-0.03110.17140.070.1393-48.02251.6664-30.6225
61.20110.3858-0.34291.5657-0.15731.09520.0442-0.2203-0.02170.1831-0.0857-0.0562-0.05170.12880.03020.0878-0.0113-0.01520.09860.01550.0923-42.560643.3794-1.3025
71.09020.3907-0.22051.93650.49621.2168-0.0068-0.0711-0.03870.1182-0.05710.13390.0428-0.0950.05440.057-0.00160.00690.07710.00360.111-55.5438.1946-5.6597
81.3234-0.4876-0.6032.44940.74671.3619-0.0172-0.04140.18770.088-0.03670.3296-0.0825-0.18180.05910.06860.0208-0.00120.1188-0.03280.1849-63.682744.5694-6.7874
90.65840.1641.43891.5310.94193.4441-0.25740.5211-0.0457-0.31530.13410.1936-0.1158-0.30590.12630.1565-0.0651-0.04730.2968-0.01880.1461-60.206735.6961-33.7348
100.94540.3523-0.20960.79890.2470.9012-0.10910.2339-0.0183-0.1110.01660.17880.0223-0.27150.08940.1065-0.0127-0.03180.1727-0.01270.1435-60.788136.6369-24.4051
112.3754-0.4253-0.23851.8511-0.20291.2718-0.05390.21280.1881-0.21540.0431-0.1294-0.09360.01870.05010.1309-0.0213-0.0160.070.0140.0872-42.034547.7427-24.9521
121.6723-0.08540.26311.3183-0.39721.8674-0.0550.06090.038-0.10910.04550.0287-0.0374-0.01950.01270.0802-0.0111-0.01110.04470.00780.0976-43.706644.7942-18.103
132.06880.25070.23492.5427-0.57632.3501-0.0184-0.05220.1688-0.04020.0125-0.0353-0.3360.1187-0.00360.1291-0.04380.00390.0894-0.0060.138-35.041754.7196-16.1561
141.0270.1011-0.12481.03080.03830.5797-0.0111-0.2744-0.19170.436-0.05790.09230.4303-0.06830.04550.4005-0.04210.03560.14710.05790.1468-12.66342.0795-46.7053
151.31290.2263-0.13331.9834-0.11431.5687-0.06790.28330.0257-0.14260.0422-0.02460.015-0.11920.04810.09440.0093-0.01110.13490.01480.0831-6.633350.6183-76.3898
161.16060.0328-0.41480.99820.0851.54770.00760.33930.0894-0.015-0.04340.253-0.0025-0.59390.04060.090.0256-0.02420.29990.01470.161-22.481852.4406-72.067
171.75030.0542-0.0261.39990.1720.80530.14280.06960.17280.2825-0.12590.33690.0293-0.66270.07470.18610.01410.10180.3243-0.02630.2317-29.837856.9218-51.2994
181.72-0.0280.2361.35730.15460.1840.03350.23270.12960.136-0.09660.39580.0936-0.55490.04830.1284-0.01520.06190.4211-0.01750.2028-28.865451.6457-60.7964
192.0914-0.44310.10890.56720.1041.40580.0492-0.09850.20220.314-0.07330.1064-0.0751-0.25620.04720.25030.00310.07860.1678-0.02170.1504-20.067957.582-47.2738
202.31821.1971-0.61811.8888-0.31141.50920.0691-0.2278-0.19050.3003-0.1424-0.10350.17250.03490.09450.21240.00710.00010.08090.00870.0901-6.851645.804-52.6913
212.30721.0858-1.24562.1394-1.25082.5412-0.0151-0.0123-0.03480.1329-0.0618-0.00820.0727-0.03660.0730.13210.0115-0.01340.0558-0.00770.0708-8.086948.8903-59.6512
220.3-1.01750.52914.3131-1.19871.4391-0.0248-0.0802-0.16070.3885-0.0732-0.02730.09080.12430.13820.19440.0385-0.00970.11550.03580.16721.358137.8974-59.1752
230.69990.0547-0.06770.82730.07211.1944-0.0025-0.00790.1064-0.10070.0476-0.0651-0.07770.2286-0.01220.1061-0.01520.02620.1038-0.02480.121221.784495.291-67.7133
241.07290.2063-0.36711.03640.0971.7135-0.03490.0439-0.0363-0.18420.04140.07740.1359-0.00670.00130.1251-0.0013-0.0120.0558-0.00220.093210.660884.0313-71.4749
252.6475-1.0031-1.46812.72861.66462.7424-0.05690.0385-0.2866-0.1237-0.04490.03490.3304-0.00170.10680.16680.0159-0.00070.06210.01040.087913.619774.4819-64.9454
260.7720.3361-0.06291.16860.25711.13060.0412-0.23170.01070.1623-0.0329-0.00690.09280.1235-0.00610.09810.011-0.00360.1712-0.01250.081718.663886.4673-48.1032
271.4441-0.43540.30471.3563-0.30061.333-0.0138-0.03390.1799-0.05530.0343-0.1308-0.10510.29370.00950.1036-0.02730.02910.149-0.04520.113226.604996.965-64.6158
285.5234-0.34010.39381.65650.05242.25160.05080.06320.3234-0.21530.0269-0.2303-0.17760.41790.00530.1819-0.07840.07440.172-0.02220.15829.8512101.0717-75.3042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 115 )A21 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 116 through 318 )A116 - 318
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 319 through 479 )A319 - 479
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 480 through 503 )A480 - 503
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 22 through 65 )B22 - 65
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 66 through 155 )B66 - 155
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 156 through 233 )B156 - 233
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 234 through 270 )B234 - 270
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 271 through 294 )B271 - 294
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 295 through 398 )B295 - 398
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 399 through 446 )B399 - 446
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 447 through 476 )B447 - 476
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 477 through 509 )B477 - 509
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 21 through 65 )C21 - 65
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 66 through 155 )C66 - 155
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 156 through 270 )C156 - 270
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 271 through 318 )C271 - 318
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 319 through 348 )C319 - 348
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 349 through 398 )C349 - 398
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 399 through 446 )C399 - 446
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 447 through 476 )C447 - 476
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 477 through 510 )C477 - 510
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 21 through 115 )D21 - 115
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 116 through 233 )D116 - 233
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 234 through 270 )D234 - 270
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 271 through 398 )D271 - 398
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 399 through 479 )D399 - 479
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 480 through 503 )D480 - 503

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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