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万見
- PDB-6td4: IRF4 DNA-binding domain surface entropy mutant apo structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6td4
タイトルIRF4 DNA-binding domain surface entropy mutant apo structure
要素Interferon regulatory factor 4
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING DOMAIN / SURFACE ENTROPY MUTANT / APO
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / myeloid dendritic cell differentiation / immune system process / positive regulation of interleukin-4 production / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer ...T-helper 17 cell lineage commitment / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of interleukin-13 production / myeloid dendritic cell differentiation / immune system process / positive regulation of interleukin-4 production / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-10 production / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / T cell activation / positive regulation of interleukin-2 production / Interferon gamma signaling / nucleosome / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily ...Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon regulatory factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Tucker, J.A. / Martin, M.P. / Wang, L.Z. / Jennings, C. / Heath, R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC2115/A21421 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cancer-associated mutations in the IRF4 DNA-binding domain confer no disadvantage in DNA-binding affinity and may increase transcriptional activity
著者: Tatum, N.J. / Scott, R. / Doody, G.M. / Hickson, I. / Jennings, C. / Martin, M.P. / Tooze, R.M. / Tucker, J.A. / Wittner, A. / Wang, L.Z. / Wright, E.K. / Wedge, S.R. / Noble, M.E.M.
履歴
登録2019年11月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
改定 1.22021年6月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_refine_tls_group
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _pdbx_refine_tls_group.selection_details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon regulatory factor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9742
ポリマ－13,9391
非ポリマー351
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.874, 67.457, 69.884
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-378-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Interferon regulatory factor 4 / IRF-4 / Lymphocyte-specific interferon regulatory factor / LSIRF / Multiple myeloma oncogene 1 / NF-EM5


分子量: 13938.777 Da / 分子数: 1 / 変異: E45A E46A K47A C99A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Additional residues at N- and C-termini from cloning
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRF4, MUM1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q15306
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25 % PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月14日
放射モノクロメーター: single bounce monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→39.28 Å / Num. obs: 17568 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 33.56 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.71→1.78 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2774 / CC1/2: 0.839 / Rrim(I) all: 1.12 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
REFMAC精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
AutoSol位相決定
Cootモデル構築
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: personal communication

解像度: 1.71→39.28 Å / SU ML: 0.2108 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.9394
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 839 4.83 %
Rwork0.2168 16542 -
obs0.2182 17381 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→39.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数865 0 1 135 1001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042912
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59141236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0447125
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046161
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7829343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.820.39721360.39722724X-RAY DIFFRACTION99.79
1.82-1.960.33921460.30692695X-RAY DIFFRACTION99.3
1.96-2.150.28761180.23762754X-RAY DIFFRACTION99.62
2.15-2.470.25171300.23462727X-RAY DIFFRACTION99.24
2.47-3.110.26851600.23872763X-RAY DIFFRACTION99.9
3.11-39.280.21671490.18712879X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.46539917936-0.498174179114-0.283948697932.89770955363.597281995438.668539137650.2596655185360.8619144694720.281067499677-0.105397698721-0.440431849270.7798221315730.565577726385-1.081891417950.005754500830570.3344207219280.1362870742230.01526061707680.6182738007720.03284738078440.392222913969-14.7304637087-18.3047757903-5.17892743364
26.77105158822-1.2655498284-0.821377740514.801476772060.4058847113646.16604673070.3276667865971.438671104580.918680165875-0.337531276509-0.0133784246559-0.104956780285-0.344096356749-0.705661607502-0.07333967905050.282297442710.06522999365840.01350211865880.4874977256630.2127020193990.449557206248-5.04829891266-16.3853348467-10.2014406247
34.75957628438-4.374264623190.4325232130894.348010128390.9615795021969.12449293781-0.374377735615-1.29339860532.131080591651.57546344474-0.496311993791-0.493909869869-1.003301759451.148050750340.6209214438420.662246554686-0.0412557552516-0.0939756488130.996122954019-0.2432643954490.832520169132.11985282413-15.76896108524.22584616621
45.465664465370.696268135971-1.70480465845.040713249140.1489184107779.78011953153-0.133889079907-0.3937429013680.8595586484780.3769570315810.332725023404-0.186685917954-0.533092503225-0.0792748482895-0.1839628836590.3755131596250.0783351411824-0.002523918068010.428257116384-0.06101951576230.318259639552-11.7475780499-15.57112639944.93004009496
51.94614287692-1.3690877465-2.025822167012.347129928383.482878832585.73715159805-0.365172493434-2.403290204871.017908316350.130769091114-0.3217201308740.2955966592620.463306515132-0.4250314713760.4010381472850.5963366431210.0347595054111-0.03122491415821.05782427325-0.3128547429930.555591311652-14.2311136393-14.439065284914.5834794665
62.978379601440.047087609324-0.1455014101387.757755587274.440130080964.58361230037-0.089342829625-0.7191332229630.2788448320160.8038669972090.149002215442-0.008095086489810.7353820717920.250729794379-0.1444087161430.416666032040.0682529630940.005395186648580.471028529462-0.01090704412440.254352648778-6.86333293774-23.25414318236.17448781166
74.043587042-0.583367824977-3.969830301814.28203072836-0.1904717698084.14089744671-0.7566376360250.83987716055-1.381546835220.09321088000120.491885551436-0.215873759511.05957059310.3988776065390.2241922135330.4629219867840.0329908419865-0.03445034198220.575808425145-0.1327651084880.365040030704-3.78605120475-28.4742609561-9.74696501547
84.072070325093.257771727081.493452235296.871516949763.003347458564.15556337508-0.2544450824161.04407880212-0.0154805863579-0.1256108229670.1355694446-0.3534939802990.1162427900580.6643190624530.06451346152170.330512185722-0.0121036179948-0.01925330424490.4310854976060.07308454078020.3205771981362.79039470864-22.1299684906-6.82655856815
96.299671618174.595341031584.681375574984.155516013733.13842773284.12703486342-0.2589233969890.295205576005-1.345558320382.16184678511-0.2505306433361.48818939352.11736905727-3.136305402870.509182368390.740399980078-0.1252528263520.04667011446671.02017263708-0.1703558527330.77402304699-16.4341342643-30.8801508657-13.6861539533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|21-34 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|35-53 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|54-68 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|69-77 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|78-89 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|90-103 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|104-113 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|114-127 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|128-133 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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