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万見
- PDB-6t9i: cryo-EM structure of transcription coactivator SAGA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t9i
タイトルcryo-EM structure of transcription coactivator SAGA
要素
  • (Transcription initiation factor TFIID subunit ...) x 5
  • (Transcriptional ...) x 2
  • Protein SPT3
  • SAGA-associated factor 73
  • Transcription factor SPT20
  • Transcription-associated protein 1
  • unassigned sequence
キーワードGENE REGULATION / Coactivator / Transcription / Histone acetyltransferase / Histone deubiquitinase
機能・相同性
機能・相同性情報


RITS complex assembly / conjugation with cellular fusion / DUBm complex / pseudohyphal growth / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / invasive growth in response to glucose limitation / regulation of nucleocytoplasmic transport / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of protein localization to chromatin / SAGA complex ...RITS complex assembly / conjugation with cellular fusion / DUBm complex / pseudohyphal growth / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / invasive growth in response to glucose limitation / regulation of nucleocytoplasmic transport / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of protein localization to chromatin / SAGA complex / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / transcription factor TFIID complex / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / Ub-specific processing proteases / mRNA export from nucleus / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / enzyme activator activity / TBP-class protein binding / ubiquitin binding / promoter-specific chromatin binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription coregulator activity / peroxisome / chromatin organization / protein-containing complex assembly / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional activator Spt7 / Transcriptional coactivator Hfi1/Transcriptional adapter 1 / Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit / Transcription factor Spt20 / Spt20-like, SEP domain / Spt20, SEP domain / SAGA-associated factor 73, zinc finger domain / Zinc finger domain / SAGA-associated factor 73 / SCA7 domain ...Transcriptional activator Spt7 / Transcriptional coactivator Hfi1/Transcriptional adapter 1 / Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit / Transcription factor Spt20 / Spt20-like, SEP domain / Spt20, SEP domain / SAGA-associated factor 73, zinc finger domain / Zinc finger domain / SAGA-associated factor 73 / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. / LisH / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / : / Transcription initiation factor IID, 31kD subunit / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain superfamily / WD40 associated region in TFIID subunit, NTD2 domain / Transcription initiation factor TAFII31 / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / TFIID subunit TAF5, NTD2 domain / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain superfamily / TAF6 C-terminal HEAT repeat domain / TAF6, C-terminal HEAT repeat domain / Transcription initiation factor TFIID 23-30kDa subunit / Transcription initiation factor TFIID, 23-30kDa subunit / Lissencephaly type-1-like homology motif / : / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FAT domain profile. / FATC domain profile. / FATC domain / PIK-related kinase / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein SPT3 / Transcriptional activator SPT7 / Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / Transcription-associated protein 1 / Transcription factor SPT20 / Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / SAGA-associated factor 73 / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / Transcriptional coactivator HFI1/ADA1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Wang, H. / Cheung, A. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB860, SPP1935, EXC 2067/1-390729940 ドイツ
European Research Council693023 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of the transcription coactivator SAGA.
著者: Haibo Wang / Christian Dienemann / Alexandra Stützer / Henning Urlaub / Alan C M Cheung / Patrick Cramer /
要旨: Gene transcription by RNA polymerase II is regulated by activator proteins that recruit the coactivator complexes SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) and transcription factor IID (TFIID). SAGA is ...Gene transcription by RNA polymerase II is regulated by activator proteins that recruit the coactivator complexes SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) and transcription factor IID (TFIID). SAGA is required for all regulated transcription and is conserved among eukaryotes. SAGA contains four modules: the activator-binding Tra1 module, the core module, the histone acetyltransferase (HAT) module and the histone deubiquitination (DUB) module. Previous studies provided partial structures, but the structure of the central core module is unknown. Here we present the cryo-electron microscopy structure of SAGA from the yeast Saccharomyces cerevisiae and resolve the core module at 3.3 Å resolution. The core module consists of subunits Taf5, Sgf73 and Spt20, and a histone octamer-like fold. The octamer-like fold comprises the heterodimers Taf6-Taf9, Taf10-Spt7 and Taf12-Ada1, and two histone-fold domains in Spt3. Spt3 and the adjacent subunit Spt8 interact with the TATA box-binding protein (TBP). The octamer-like fold and its TBP-interacting region are similar in TFIID, whereas Taf5 and the Taf6 HEAT domain adopt distinct conformations. Taf12 and Spt20 form flexible connections to the Tra1 module, whereas Sgf73 tethers the DUB module. Binding of a nucleosome to SAGA displaces the HAT and DUB modules from the core-module surface, allowing the DUB module to bind one face of an ubiquitinated nucleosome.
履歴
登録2019年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10412
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Transcription factor SPT20
C: Protein SPT3
D: Transcription initiation factor TFIID subunit 5
E: Transcription initiation factor TFIID subunit 6
F: Transcription initiation factor TFIID subunit 9
G: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
H: Transcriptional coactivator HFI1/ADA1
I: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
K: Transcriptional activator SPT7
Q: SAGA-associated factor 73
T: Transcription-associated protein 1
U: unassigned sequence


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,080,34512
ポリマ－1,080,34512
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area91140 Å2
ΔGint-511 kcal/mol
Surface area254760 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 BCQTU

#1: タンパク質 Transcription factor SPT20


分子量: 67880.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P50875
#2: タンパク質 Protein SPT3 / Positive regulator of Ty transcription


分子量: 38864.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P06844
#10: タンパク質 SAGA-associated factor 73 / 73 kDa SAGA-associated factor / SAGA histone acetyltransferase complex 73 kDa subunit


分子量: 72976.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53165
#11: タンパク質 Transcription-associated protein 1 / p400 kDa component of SAGA


分子量: 433677.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38811
#12: タンパク質 unassigned sequence


分子量: 11035.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

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Transcription initiation factor TFIID subunit ... , 5種, 5分子 DEFGI

#3: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 5 / TAFII-90 / TBP-associated factor 5 / TBP-associated factor 90 kDa


分子量: 89081.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38129
#4: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 6 / TBP-associated factor 6 / TBP-associated factor 60 kDa / TAFII60


分子量: 57964.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53040
#5: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 9 / TAFII-17 / TAFII20 / TBP-associated factor 17 kDa / TBP-associated factor 9


分子量: 17334.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05027
#6: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 10 / TAFII-23 / TAFII23 / TAFII-25 / TAFII25 / TBP-associated factor 10 / TBP-associated factor 25 kDa / p25


分子量: 23042.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12030
#8: タンパク質 Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / TAFII-61 / TAFII61 / TAFII-68 / TAFII68 / TBP-associated factor 12 / TBP-associated factor 61 kDa


分子量: 61144.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03761

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Transcriptional ... , 2種, 2分子 HK

#7: タンパク質 Transcriptional coactivator HFI1/ADA1


分子量: 54529.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12060
#9: タンパク質 Transcriptional activator SPT7


分子量: 152813.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35177

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SAGA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: Solution were made from stock solution
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMDithiothreitolC4H10O2S21
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 42.45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4Warp1.0.6CTF補正
7Coot0.8.9モデルフィッティング
10RELION3.0.5最終オイラー角割当
12RELION3.0.5３次元再構成
13PHENIX1.16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 250368
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27602 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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