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万見
- PDB-4fcy: Crystal structure of the bacteriophage Mu transpososome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fcy
タイトルCrystal structure of the bacteriophage Mu transpososome
要素
  • DNA (13-MER)
  • DNA (49-MER)
  • DNA (68-MER)
  • Transposase
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / RNaseH / DDE transposase / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; リン酸エステル結合を形成 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / double-stranded DNA endonuclease activity / latency-replication decision / transposase activity / DNA transposition / viral DNA genome replication / ligase activity / DNA integration / host cell cytoplasm ...合成酵素; リン酸エステル結合を形成 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / double-stranded DNA endonuclease activity / latency-replication decision / transposase activity / DNA transposition / viral DNA genome replication / ligase activity / DNA integration / host cell cytoplasm / DNA replication / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2550 / Transposase, Mu, C-terminal / Bacteriophage Mu, transposase / Mu DNA binding, I gamma subdomain / Bacteriophage Mu transposase / Mu DNA binding, I gamma subdomain / Mu-type HTH domain / Mu DNA-binding domain / Mu-type HTH domain profile. / Transposase, Mu, C-terminal ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2550 / Transposase, Mu, C-terminal / Bacteriophage Mu, transposase / Mu DNA binding, I gamma subdomain / Bacteriophage Mu transposase / Mu DNA binding, I gamma subdomain / Mu-type HTH domain / Mu DNA-binding domain / Mu-type HTH domain profile. / Transposase, Mu, C-terminal / Transposase-like, Mu, C-terminal / Mu transposase, C-terminal / Putative DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Homeodomain-like / Helix non-globular / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Special / Homeobox-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DDE-recombinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage Mu (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.706 Å
データ登録者Montano, S.P. / Pigli, Y.Z. / Rice, P.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: The Mu transpososome structure sheds light on DDE recombinase evolution.
著者: Montano, S.P. / Pigli, Y.Z. / Rice, P.A.
履歴
登録2012年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transposase
B: Transposase
C: DNA (68-MER)
E: DNA (13-MER)
D: DNA (49-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,0955
ポリマ－160,0955
非ポリマー00
水00
1
A: Transposase
B: Transposase
C: DNA (68-MER)
E: DNA (13-MER)
D: DNA (49-MER)

A: Transposase
B: Transposase
C: DNA (68-MER)
E: DNA (13-MER)
D: DNA (49-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,19010
ポリマ－320,19010
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
Buried area35630 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area141140 Å2
手法PISA
2
A: Transposase
B: Transposase
C: DNA (68-MER)
E: DNA (13-MER)
D: DNA (49-MER)

A: Transposase
B: Transposase
C: DNA (68-MER)
E: DNA (13-MER)
D: DNA (49-MER)

A: Transposase
B: Transposase
C: DNA (68-MER)
E: DNA (13-MER)
D: DNA (49-MER)

A: Transposase
B: Transposase
C: DNA (68-MER)
E: DNA (13-MER)
D: DNA (49-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)640,38120
ポリマ－640,38120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area76450 Å2
ΔGint-432 kcal/mol
Surface area277090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.138, 196.138, 349.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-ID
111chain 'B' and (resseq 258:272 or resseq 276:285 or resseq...B
211chain 'A' and (resseq 258:272 or resseq 276:285 or resseq...A
112chain 'B' and (resseq 180:184 or resseq 188:189 or resseq 208:212 )B
212chain 'A' and (resseq 180:184 or resseq 188:189 or resseq 208:212 )A
113chain 'B' and (resseq 491:504 or resseq 508:545 or resseq 555:560 )B
213chain 'A' and (resseq 491:504 or resseq 508:545 or resseq 555:560 )A
114chain 'B' and (resseq 89:95 or resseq 99:101 or resseq...B
214chain 'A' and (resseq 89:95 or resseq 99:101 or resseq...A

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 Transposase


分子量: 60034.254 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 77-605 / 変異: M521L, N525L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage Mu (ファージ)
遺伝子: A, 3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07636
#2: DNA鎖 DNA (68-MER)


分子量: 20912.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage Mu (ファージ)
#3: DNA鎖 DNA (13-MER)


分子量: 3913.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage Mu (ファージ)
#4: DNA鎖 DNA (49-MER)


分子量: 15200.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage Mu (ファージ)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24-28% PEG400, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 17160 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_847)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.706→49.035 Å / SU ML: 2.1 / σ(F): 0 / 位相誤差: 62.1 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.4374 859 5.01 %RANDOM
Rwork0.3928 ---
obs0.3951 17160 46.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 171.708 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.7274 Å20 Å2-0 Å2
2--6.7274 Å2-0 Å2
3----13.4548 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.706→49.035 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7397 2659 0 0 10056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17414787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.574082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761590
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051445
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B1108X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12A1108X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
21B95X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22A95X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.018
31B441X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32A441X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
41B479X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42A479X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.7059-3.9380.6374100.614212X-RAY DIFFRACTION4
3.938-4.24190.5489230.5716603X-RAY DIFFRACTION10
4.2419-4.66840.5692740.54461360X-RAY DIFFRACTION24
4.6684-5.34330.52481540.52653031X-RAY DIFFRACTION53
5.3433-6.72920.51012950.50565204X-RAY DIFFRACTION90
6.7292-49.03880.37973030.31215891X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86640.85721.98071.66121.5652.31460.81820.0153-1.41360.22952.11630.5875-0.4017-0.54831.26162.51770.41660.53951.09280.83922.233360.877362.2382111.5529
21.57040.4077-0.47520.05290.07870.91911.42410.7073-0.2182-0.6317-0.3945-0.4257-0.866-0.31362.5471.71760.39521.41910.9485-2.87440.100868.619255.452170.9739
36.8995-2.3063-0.58071.0486-0.76544.12420.00580.08833.5420.11450.038-1.0984-0.87033.8735-0.07191.9603-0.46910.07691.708-0.14720.648787.353231.849955.128
40.4804-1.0343-0.26763.57880.97131.06130.09710.4292.514-2.6018-0.67053.4085-0.188-1.0101-1.6023-3.21763.89742.9038-1.8889-1.0139-1.040699.079720.212515.3041
52.3712-0.6035-0.26275.0906-0.5847.28711.29150.0562-0.8747-0.89630.43942.17231.8696-1.66716.41290.14710.59580.02550.9157-1.02440.427464.69927.340945.8288
60.09940.1701-0.44040.5939-1.40992.621-0.08451.1168-0.1851-1.1484-0.76440.2913-1.18150.3268-1.73042.84951.4567-1.38132.391-0.14970.111774.2993-13.6233-5.1528
74.29490.0292-1.42211.036-1.50482.6064-1.41861.33892.04370.15470.82470.2569-1.5894-1.25713.67673.08850.8369-2.51742.4769-0.93822.915462.7944-11.7505-33.4214
84.75613.3739-0.3933.8563-0.03511.1058-0.96112.44711.0026-1.1366-0.685-0.70060.9832-0.5967-6.3054.03242.4727-1.24041.60330.83720.757982.316210.0665-29.6552
90.9140.4716-0.17520.54250.83012.47630.27810.701-1.2078-0.0473-0.80911.47860.1962-0.87780.94771.91761.78651.1791.09530.08822.397796.3397-6.3345-30.6158
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'C' and ((resseq 2:17))) or (chain 'B' and ((resseq 88:165))) or (chain 'D' and ((resseq 41:54)))
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'C' and ((resseq 18:25))) or (chain 'B' and ((resseq 178:242))) or (chain 'D' and ((resseq 31:40)))
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'A' and ((resseq 88:165))) or (chain 'C' and ((resseq 26:38))) or (chain 'D' and ((resseq 20:30)))
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'A' and ((resseq 178:247))) or (chain 'C' and ((resseq 39:51))) or (chain 'B' and ((resseq 568:605))) or (chain 'D' and ((resseq 7:19)))
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and ((resseq 258:560))
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'A' and ((resseq 258:489)))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and ((resseq 491:560))
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'C' and ((resseq 52:69))) or (chain 'E' and ((resseq 2:14)))
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and ((resseq 572:594))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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