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- PDB-6t98: Trypanothione Reductase from Leishmania infantum in complex with 9a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t98
タイトルTrypanothione Reductase from Leishmania infantum in complex with 9a
要素Trypanothione reductase
キーワードFLAVOPROTEIN / Inhibitor / Complex / Oxidoreductase / Leishmania / Drug
機能・相同性
機能・相同性情報


trypanothione-disulfide reductase / trypanothione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trypanothione reductase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-MWZ / Trypanothione reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Carriles, A.A. / Hermoso, J.A.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness スペイン
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Identification of 1,2,3-triazolium salt-based inhibitors of Leishmania infantum trypanothione disulfide reductase with enhanced antileishmanial potency in cellulo and increased selectivity.
著者: de Lucio, H. / Revuelto, A. / Carriles, A.A. / de Castro, S. / Garcia-Gonzalez, S. / Garcia-Soriano, J.C. / Alcon-Calderon, M. / Sanchez-Murcia, P.A. / Hermoso, J.A. / Gago, F. / Camarasa, M. ...著者: de Lucio, H. / Revuelto, A. / Carriles, A.A. / de Castro, S. / Garcia-Gonzalez, S. / Garcia-Soriano, J.C. / Alcon-Calderon, M. / Sanchez-Murcia, P.A. / Hermoso, J.A. / Gago, F. / Camarasa, M.J. / Jimenez-Ruiz, A. / Velazquez, S.
履歴
登録2019年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group
Item: _pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y ..._pdbx_refine_tls.origin_x / _pdbx_refine_tls.origin_y / _pdbx_refine_tls.origin_z / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id
改定 1.22023年4月5日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_2 / struct
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trypanothione reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,03912
ポリマ－52,8691
非ポリマー2,17011
水2,342130
1
A: Trypanothione reductase
ヘテロ分子

A: Trypanothione reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,07824
ポリマ－105,7382
非ポリマー4,34022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area13470 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area36590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.430, 103.430, 192.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Trypanothione reductase / Trypanothione_reductase


分子量: 52868.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
遺伝子: TRYR, LINF_050008500, LINJ_05_0350 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4HSF7, trypanothione-disulfide reductase

-
非ポリマー , 6種, 141分子

#2: 化合物 ChemComp-MWZ / 4-[3-methyl-1-[4-[4-(2-phenylethyl)-1,3-thiazol-2-yl]-3-(2-piperidin-4-ylethoxy)phenyl]-1,2,3-triazol-3-ium-4-yl]butan-1-amine


分子量: 545.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H41N6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.2M ammonium sulphate, 0.1M Tris-HCl pH 8-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→68.38 Å / Num. obs: 21445 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.192 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Num. unique obs: 3411 / CC1/2: 0.831 / Rpim(I) all: 0.298 / Rrim(I) all: 0.733 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2JK6

2jk6


解像度: 3→68.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 37.121 / SU ML: 0.315 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.634 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2571 1051 4.9 %RANDOM
Rwork0.2149 ---
obs0.217 20315 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 236.18 Å2 / Biso mean: 65.543 Å2 / Biso min: 25.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.85 Å20 Å20 Å2
2--2.85 Å2-0 Å2
3----5.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→68.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3701 0 138 130 3969
Biso mean--90.12 51.23 -
残基数----489
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0133925
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.6555326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2511.598317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.3135.308503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.27422.701174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.25115625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4591519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02785
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 73 -
Rwork0.331 1489 -
all-1562 -
obs--99.55 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.076 Å / Origin y: 28.137 Å / Origin z: 0.939 Å
111213212223313233
T0.0686 Å2-0.0099 Å20.0175 Å2-0.1376 Å20.0288 Å2--0.1028 Å2
L1.1403 °2-0.4624 °20.7032 °2-1.1103 °2-0.7288 °2--2.0265 °2
S-0.0513 Å °-0.2037 Å °0.0341 Å °0.1792 Å °0.1416 Å °0.1317 Å °-0.1947 Å °-0.3875 Å °-0.0903 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 37
2X-RAY DIFFRACTION1A38 - 93
3X-RAY DIFFRACTION1A94 - 148
4X-RAY DIFFRACTION1A149 - 291
5X-RAY DIFFRACTION1A292 - 406
6X-RAY DIFFRACTION1A407 - 488

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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