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- PDB-6t2d: Multicomponent Peptide Stapling as a Diversity-Driven Tool for th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t2d
タイトルMulticomponent Peptide Stapling as a Diversity-Driven Tool for the Development of Inhibitors of Protein-Protein Interactions
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
  • Stapled peptide GAR300-Gp
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Inhibitor / Complex / MDM2 / Stapled peptides / Ugi MCR-based macrocyclizations
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / cellular response to UV-C / response to ether / fibroblast activation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Trafficking of AMPA receptors / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / receptor serine/threonine kinase binding ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / cellular response to UV-C / response to ether / fibroblast activation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Trafficking of AMPA receptors / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / receptor serine/threonine kinase binding / cellular response to alkaloid / negative regulation of protein processing / response to steroid hormone / SUMO transferase activity / peroxisome proliferator activated receptor binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / AKT phosphorylates targets in the cytosol / response to iron ion / NEDD8 ligase activity / regulation of protein catabolic process / positive regulation of muscle cell differentiation / cellular response to peptide hormone stimulus / cellular response to antibiotic / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / ligase activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / SUMOylation of transcription factors / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / cellular response to estrogen stimulus / protein localization to nucleus / protein sumoylation / response to magnesium ion / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / protein autoubiquitination / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of protein export from nucleus / NPAS4 regulates expression of target genes / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / : / response to cocaine / negative regulation of neuron projection development / cellular response to gamma radiation / establishment of protein localization / ubiquitin binding / Stabilization of p53 / protein destabilization / Regulation of RUNX3 expression and activity / cellular response to growth factor stimulus / response to toxic substance / RING-type E3 ubiquitin transferase / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / Degradation of CDH1 / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / disordered domain specific binding / p53 binding / ubiquitin-protein transferase activity / endocytic vesicle membrane / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of TP53 Degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin protein ligase activity / protein-containing complex assembly / 5S rRNA binding / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell cycle / postsynaptic density / response to xenobiotic stimulus / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / positive regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / MDM2 / SWIB/MDM2 domain / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M9E / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Groves, R.M. / Ali, M.A. / Atmaj, J. / van Oosterwijk, N. / Domling, A. / Rivera, G.D. / Ricardo, G.M.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Multicomponent Peptide Stapling as a Diversity-Driven Tool for the Development of Inhibitors of Protein-Protein Interactions.
著者: Ricardo, M.G. / Ali, A.M. / Plewka, J. / Surmiak, E. / Labuzek, B. / Neochoritis, C.G. / Atmaj, J. / Skalniak, L. / Zhang, R. / Holak, T.A. / Groves, M. / Rivera, D.G. / Domling, A.
履歴
登録2019年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
B: Stapled peptide GAR300-Gp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4445
ポリマ－11,8492
非ポリマー5953
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: MST, Microscale Thermophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.017, 41.017, 104.995
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-397-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53- ...Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / RING-type E3 ubiquitin transferase Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 10192.040 Da / 分子数: 1 / 変異: L33E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM2 / プラスミド: pETM13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00987, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質・ペプチド Stapled peptide GAR300-Gp


分子量: 1656.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 127分子

#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-M9E / 2-(methylamino)-~{N}-[[4-[[2-(methylamino)ethanoylamino]methyl]phenyl]methyl]ethanamide


分子量: 278.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H22N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M TRIS pH 8, 0.2M Ammonium Sulfate, 30% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月8日 / 詳細: double crystal monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→35.52 Å / Num. obs: 12894 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 114541
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.65-1.687.40.8035800.8990.3020.8695.3
9.05-35.527.10.0461070.9980.0170.04998.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACrefmac_5.8.0230精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1rv1

1rv1


解像度: 1.8→35.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 6.646 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.134
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 451 4.5 %RANDOM
Rwork0.1323 ---
obs0.1364 9597 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 188.72 Å2 / Biso mean: 20.772 Å2 / Biso min: 8.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→35.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数823 0 39 124 986
Biso mean--61.57 34.83 -
残基数----99
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.014917
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.017867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9931.6911235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9571.6712029
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1545106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.52422.22245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.93215170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.776154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02174
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.16231779
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.52595
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded20.75551790
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 36 -
Rwork0.173 689 -
all-725 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.04810.01130.03230.08910.00860.086-0.0022-0.0066-0.0019-0.00220.0040.0029-0.0022-0.0045-0.00180.0060.001400.00740.00020.0002-0.178516.4365-9.0204
243.9033-4.03233.86930.3714-0.35580.3413-0.03280.36250.8726-0.0014-0.0356-0.0696-0.00050.03070.06840.0512-0.0133-0.05410.05540.06780.2047-8.761330.6703-14.1553
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2B1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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