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- PDB-6t29: Crystal structure of human calmodulin-dependent protein kinase 1D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t29
タイトルCrystal structure of human calmodulin-dependent protein kinase 1D (CAMK1D) bound to compound 18 (CS587)
要素Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D
キーワードTRANSFERASE / Inhibitor / Complex / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of granulocyte chemotaxis / positive regulation of CREB transcription factor activity / regulation of dendrite development / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / positive regulation of neutrophil chemotaxis / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of neuron projection development / nervous system development ...regulation of granulocyte chemotaxis / positive regulation of CREB transcription factor activity / regulation of dendrite development / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / positive regulation of neutrophil chemotaxis / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of neuron projection development / nervous system development / calmodulin binding / inflammatory response / phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / negative regulation of apoptotic process / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M8Z / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.484 Å
データ登録者Kraemer, A. / Sorrell, F. / Butterworth, S. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust202708 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Highly Selective Inhibitors of Calmodulin-Dependent Kinases That Restore Insulin Sensitivity in the Diet-Induced Obesityin VivoMouse Model.
著者: Fromont, C. / Atzori, A. / Kaur, D. / Hashmi, L. / Greco, G. / Cabanillas, A. / Nguyen, H.V. / Jones, D.H. / Garzon, M. / Varela, A. / Stevenson, B. / Iacobini, G.P. / Lenoir, M. / Rajesh, S. ...著者: Fromont, C. / Atzori, A. / Kaur, D. / Hashmi, L. / Greco, G. / Cabanillas, A. / Nguyen, H.V. / Jones, D.H. / Garzon, M. / Varela, A. / Stevenson, B. / Iacobini, G.P. / Lenoir, M. / Rajesh, S. / Box, C. / Kumar, J. / Grant, P. / Novitskaya, V. / Morgan, J. / Sorrell, F.J. / Redondo, C. / Kramer, A. / Harris, C.J. / Leighton, B. / Vickers, S.P. / Cheetham, S.C. / Kenyon, C. / Grabowska, A.M. / Overduin, M. / Berditchevski, F. / Weston, C.J. / Knapp, S. / Fischer, P.M. / Butterworth, S.
履歴
登録2019年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,11411
ポリマ－42,9731
非ポリマー1,14110
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.820, 45.640, 108.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.183, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-658-

HOH

21AAA-692-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type 1D / CaM kinase I delta / CaMKID / CaMKI-like protein kinase / CKLiK


分子量: 42972.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMK1D, CAMKID / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IU85, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-M8Z / 2-[(3~{S})-3-azanylpiperidin-1-yl]-4-[[3,5-bis(2-cyanopropan-2-yl)phenyl]amino]pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 446.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H30N8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 0,1M NaCit, pH 5.9 2,05M AmmSO4 0,1M Na/K tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→55.45 Å / Num. obs: 44955 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 14295 / CC1/2: 0.883 / Rpim(I) all: 0.155 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2jc6

2jc6


解像度: 1.484→55.448 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.14 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1747 2291 5.096 %
Rwork0.1355 --
all0.137 --
obs-44954 98.465 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.818 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.727 Å2-0 Å2-0.17 Å2
2---0.188 Å20 Å2
3----0.402 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.484→55.448 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2175 0 73 197 2445
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0132324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.6443148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4161.5954918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2555280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00623.839112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.75115389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.923158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022633
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02471
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1750.21916
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.21129
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.2919
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1870.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1630.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1360.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7141.6681114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7131.6691115
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3242.5121396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3232.5131397
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2311.9541210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.231.9541211
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8152.8131752
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8152.8131753
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it3.53520.432595
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.53520.4272595
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.434444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.484-1.5230.2051610.1573131X-RAY DIFFRACTION98.3274
1.523-1.5640.1841700.1443044X-RAY DIFFRACTION98.4078
1.564-1.610.1951760.1342945X-RAY DIFFRACTION98.3922
1.61-1.6590.1731580.1152870X-RAY DIFFRACTION97.583
1.659-1.7130.1531460.1072771X-RAY DIFFRACTION98.0834
1.713-1.7730.1581310.1042730X-RAY DIFFRACTION98.7233
1.773-1.840.1731460.1042629X-RAY DIFFRACTION98.7544
1.84-1.9150.1561170.1062549X-RAY DIFFRACTION98.7042
1.915-20.1711420.1092375X-RAY DIFFRACTION97.4826
2-2.0980.1541200.1152316X-RAY DIFFRACTION98.464
2.098-2.2110.161290.1222196X-RAY DIFFRACTION98.4752
2.211-2.3450.151160.1142099X-RAY DIFFRACTION99.4165
2.345-2.5070.146870.1141988X-RAY DIFFRACTION98.3412
2.507-2.7070.167960.1311821X-RAY DIFFRACTION98.0563
2.707-2.9650.183860.1411719X-RAY DIFFRACTION99.6687
2.965-3.3140.157780.1481552X-RAY DIFFRACTION99.4509
3.314-3.8240.213620.1471356X-RAY DIFFRACTION97.3901
3.824-4.6780.153780.1491147X-RAY DIFFRACTION99.6745
4.678-6.5920.23560.218912X-RAY DIFFRACTION98.9775

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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