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- PDB-6t1z: LmrP from L. lactis, in an outward-open conformation, bound to Ho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6t1z
タイトルLmrP from L. lactis, in an outward-open conformation, bound to Hoechst 33342
要素LmrP integral membrane protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transmembrane multidrug transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HT1 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / LmrP integral membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hutchin, A. / Debruycker, V. / Masureel, M. / Legrand, P. / Remaut, H. / Govaerts, C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: An embedded lipid in the multidrug transporter LmrP suggests a mechanism for polyspecificity.
著者: Debruycker, V. / Hutchin, A. / Masureel, M. / Ficici, E. / Martens, C. / Legrand, P. / Stein, R.A. / Mchaourab, H.S. / Faraldo-Gomez, J.D. / Remaut, H. / Govaerts, C.
履歴
登録2019年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LmrP integral membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0277
ポリマ－45,2781
非ポリマー2,7496
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4890 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area16780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.76, 139.99, 115.7
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 LmrP integral membrane protein


分子量: 45277.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 遺伝子: lmrP / プラスミド: lmrp-pHLP5-3C
発現宿主: Lactococcus lactis subsp. cremoris NZ9000 (乳酸菌)
参照: UniProt: Q48658
#4: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 4種, 7分子

#2: 化合物 ChemComp-HT1 / 2'-(4-ETHOXYPHENYL)-5-(4-METHYL-1-PIPERAZINYL)-2,5'-BI-BENZIMIDAZOLE / HOECHST 33342 / Hoechst-33342


分子量: 452.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H28N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-XP4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE


分子量: 591.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H60O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMPA, リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.74 % / 解説: Thin plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 80 mM SPG pH 7, 20% (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97166 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97166 Å / 相対比: 1
反射

Entry-ID: 6T1Z / CC1/2: 1

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Diffraction-IDNet I/σ(I)
2.9-83.8751275566.421113.36
2.9-47.721908899.519.229.1
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
2.9-2.982810.551
2.9-2.9813030.2342

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: In-house structure

解像度: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU R Cruickshank DPI: 7.664 / 交差検証法: FREE R-VALUE / SU R Blow DPI: 2.169 / SU Rfree Blow DPI: 0.382 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.394
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 654 -RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 12686 66.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 83.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.7365 Å20 Å20 Å2
2---2.9576 Å20 Å2
3----0.7789 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2981 0 180 3 3164
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2881 29 -
Rwork0.2548 --
obs0.2572 397 21.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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