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- PDB-1lgf: Crystal structure of OxyB, a Cytochrome P450 Implicated in an Oxi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lgf
タイトルCrystal structure of OxyB, a Cytochrome P450 Implicated in an Oxidative Phenol Coupling Reaction During Vancomycin Biosynthesis
要素P450 monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


vancomycin biosynthetic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome P450 165B3
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pylypenko, O. / Zerbe, K. / Vitali, F. / Zhang, W. / Vrijbloed, J.W. / Robinson, J.A. / Schlichting, I.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of OxyB, a Cytochrome P450 Implicated in an Oxidative Phenol Coupling Reaction during Vancomycin Biosynthesis.
著者: Zerbe, K. / Pylypenko, O. / Vitali, F. / Zhang, W. / Rouset, S. / Heck, M. / Vrijbloed, J.W. / Bischoff, D. / Bister, B. / Sussmuth, R.D. / Pelzer, S. / Wohlleben, W. / Robinson, J.A. / Schlichting, I.
#1: ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2001
タイトル: The Biosynthesis of Vancomycin-Type Glycopeptide Antibiotics - The Order of the Cyclization Steps
著者: Bischoff, D. / Pelzer, S. / Bister, B. / Nicholson, G.J. / Stockert, S. / Schirle, M. / Wohlleben, W. / Jung, G. / Suessmuth, R.D.
履歴
登録2002年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P450 monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0462
ポリマ－44,4301
非ポリマー6161
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.700, 60.100, 90.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 P450 monooxygenase / OxyB


分子量: 44429.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RN04
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Ammonium Sulphate, K-Hepes, DTE, pottasium chloride, SP1066, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
130 mg/mlprotein1drop
220 mM1dropKCl
35 mMdithiothreitol1drop
420 mMK-Hepes1droppH7.5
51 Mammonium sulfate1reservoir
610 mM1reservoirKCl
75 mMdithiothreitol1reservoir
8100 mMK-Hepes1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.48 Å / Num. all: 22845 / Num. obs: 22845 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 14 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3.56 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2818 / Rsym value: 0.341 / % possible all: 99.4
反射
*PLUS
最低解像度: 19.4 Å / Num. measured all: 79540 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.341

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解析

ソフトウェア
名称分類
ProDCデータ収集
XDSデータ削減
CNS精密化
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LFK

1lfk


解像度: 2.2→19.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 3137961.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1143 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.193 22845 --
obs0.193 22845 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.8074 Å2 / ksol: 0.399049 e/Å3
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3039 0 43 271 3353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.92
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 190 5 %
Rwork0.267 3594 -
obs--99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 19.4 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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