PDB-6t0f: Crystal structure of CYP124 in complex with cholest-4-en-3-one

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6t0f

タイトル

Crystal structure of CYP124 in complex with cholest-4-en-3-one

要素

Methyl-branched lipid omega-hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome / P450 / CYP / CYP124 / 124 / cholestenone / cholest-4-en-3-one / tuberculosis / mycobacterium tuberculosis

機能・相同性

機能・相同性情報

methyl-branched lipid omega-hydroxylase / methyl-branched fatty acid metabolic process / cholesterol 26-hydroxylase activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / fatty acid omega-oxidation / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / NADPH binding / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Bukhdruker, S. / Marin, E. / Varaksa, T. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Metabolic Fate of Human Immunoactive Sterols in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Varaksa, T. / Bukhdruker, S. / Grabovec, I. / Marin, E. / Kavaleuski, A. / Gusach, A. / Kovalev, K. / Maslov, I. / Luginina, A. / Zabelskii, D. / Astashkin, R. / Shevtsov, M. / Smolskaya, S. ...

履歴

登録	2019年10月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年2月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 2.0	2021年2月17日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / pdbx_nonpoly_scheme / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_seq_id / _citation.year ..._atom_site.auth_seq_id / _citation.year / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6t0f.ent.gz	668.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6t0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6t0f_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6t0f_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	6t0f_validation.xml.gz	96.8 KB	表示
CIF形式データ	6t0f_validation.cif.gz	149.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/6t0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/6t0f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6t0gC 6t0hC 6t0kC 6t0lC 2wm5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zbz-d 3p3l-1 2z36-2 6zi7-2 3iqd-d 1cle-2 5wrq-1 5fv4-5 6kog-1 3a4z-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyl-branched lipid omega-hydroxylase

B: Methyl-branched lipid omega-hydroxylase

C: Methyl-branched lipid omega-hydroxylase

D: Methyl-branched lipid omega-hydroxylase

ヘテロ分子

202 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Methyl-branched lipid omega-hydroxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Methyl-branched lipid omega-hydroxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Methyl-branched lipid omega-hydroxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Methyl-branched lipid omega-hydroxylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.670, 81.270, 155.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.286, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Methyl-branched lipid omega-hydroxylase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4- ...Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / Cholesterol C26-monooxygenase / Cholesterol C26-monooxygenase [(25R)-3beta-hydroxycholest-5-en-26-oate forming] / Cytochrome P450 124 / Steroid C26-monooxygenase / Steroid C27-monooxygenase 分子量: 48868.957 Da / 分子数: 4 / 変異: A65T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cyp124, Rv2266, MTCY339.44c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P9WPP3, methyl-branched lipid omega-hydroxylase, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming]

#1: タンパク質

Methyl-branched lipid omega-hydroxylase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase / Cholest-4-en-3-one C26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4- ...

分子量: 48868.957 Da / 分子数: 4 / 変異: A65T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cyp124, Rv2266, MTCY339.44c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WPP3, methyl-branched lipid omega-hydroxylase, cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming]

-
非ポリマー , 6種, 2621分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-K2B / (8ALPHA,9BETA)-CHOLEST-4-EN-3-ONE / コレスタ-4-エン-3-オン分子量: 384.638 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS 分子量: 209.263 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 27% PEG 3350, 0.1M MOPS

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.033 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.49→50 Å / Num. obs: 360719 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 21.89 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
6.66-50	9.9	37	4182	1	0.037	97.9
4.71-6.66	9.6	34.1	7569	0.999	0.051	99.8
3.85-4.71	10	36	9710	0.999	0.052	99.8
3.33-3.85	9	29.5	11465	0.998	0.065	99.5
2.98-3.33	9.9	25.4	12949	0.998	0.085	99.8
2.72-2.98	10.4	20.4	14325	0.997	0.111	99.8
2.52-2.72	10.6	16.3	15559	0.995	0.144	99.8
2.36-2.52	9.5	12.3	16682	0.991	0.184	99.7
2.22-2.36	10.3	10.3	17721	0.988	0.233	99.7
2.11-2.22	10.5	8.1	18708	0.981	0.302	99.7
2.01-2.11	10.6	6.2	19699	0.967	0.396	99.6
1.92-2.01	9.7	4.2	20548	0.931	0.553	99.5
1.85-1.92	10	3	21308	0.87	0.764	99.3
1.78-1.85	10.3	2.3	22246	0.811	0.967	99.2
1.72-1.78	10.5	1.73	22871	0.737	1.246	99.1
1.67-1.72	10.5	1.23	23734	0.593	1.692	98.9
1.62-1.67	9.5	0.84	24301	0.403	2.244	98.8
1.57-1.62	10.1	0.69	25093	0.357	2.663	98.6
1.53-1.57	10.3	0.48	25704	0.226	3.485	98.5
1.49-1.53	10.4	0.36	26345	0.136	4.341	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE	2	データ収集
XDS	20171218	データ削減
XSCALE	20171218	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.16_3549	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WM5

2wm5

解像度: 1.65→29.75 Å / SU ML: 0.1918 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8367
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1846	13343	5 %	RANDOM
R_work	0.1518	253270	-	-
obs	0.1534	266613	99.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13581	0	456	2591	16628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0119	16079
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2287	22178
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0731	2343
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2976
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.9701	9631

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.67	0.3347	442	0.3021	8334	X-RAY DIFFRACTION	98.74
1.67-1.69	0.3029	438	0.2811	8366	X-RAY DIFFRACTION	98.81
1.69-1.71	0.2943	434	0.2705	8367	X-RAY DIFFRACTION	98.9
1.71-1.73	0.298	449	0.2657	8418	X-RAY DIFFRACTION	98.96
1.73-1.75	0.2655	440	0.2498	8309	X-RAY DIFFRACTION	99.05
1.75-1.78	0.2463	432	0.2358	8423	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.78-1.8	0.2801	445	0.2189	8411	X-RAY DIFFRACTION	99.19
1.8-1.83	0.2509	445	0.2119	8360	X-RAY DIFFRACTION	99.2
1.83-1.86	0.2231	438	0.2017	8357	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.86-1.89	0.2417	436	0.1993	8434	X-RAY DIFFRACTION	99.37
1.89-1.92	0.2294	440	0.1975	8363	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.92-1.96	0.2403	452	0.193	8452	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.96-1.99	0.2193	449	0.177	8436	X-RAY DIFFRACTION	99.56
1.99-2.03	0.1961	446	0.1668	8429	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.03-2.08	0.1907	448	0.153	8424	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.08-2.13	0.1912	446	0.1474	8424	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.13-2.18	0.1795	448	0.1454	8451	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.18-2.24	0.1755	444	0.1411	8419	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.24-2.31	0.1681	443	0.143	8467	X-RAY DIFFRACTION	99.76
2.31-2.38	0.1817	440	0.1375	8484	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.38-2.46	0.1809	453	0.1427	8452	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.46-2.56	0.1816	445	0.1382	8453	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.56-2.68	0.163	440	0.1349	8498	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.68-2.82	0.1847	443	0.1418	8476	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.82-3	0.1698	447	0.1426	8496	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3-3.23	0.1644	450	0.1397	8502	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.23-3.55	0.1609	451	0.1361	8487	X-RAY DIFFRACTION	99.59
3.55-4.07	0.166	451	0.1278	8549	X-RAY DIFFRACTION	99.68
4.07-5.12	0.1478	446	0.115	8588	X-RAY DIFFRACTION	99.92
5.12-29.75	0.1667	462	0.1477	8641	X-RAY DIFFRACTION	98.99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.669565460132	0.165170420337	-0.197768236684	1.17643923247	-0.0590534666148	0.420455435152	-0.00624271657788	-0.0282907172323	0.0186001415414	-0.000575762720935	0.0020719046461	-0.0883152901673	-0.00165471016375	0.00454300016094	0.00779883567689	0.178048760603	0.0130916356491	-0.0150392344773	0.170849628299	-0.0140398203159	0.186804229534	18.313475936	44.2116001664	7.63877622986
2	0.650272136949	0.084807385219	0.0344310135573	1.3321744884	0.151734111757	0.972374925929	0.0132635601012	-0.0807576374108	0.0390433900364	0.224200448363	-0.0153933103846	-0.0519378767304	-0.0646297118244	0.0085700663381	0.00677472220006	0.179302808306	0.0120980051598	-0.000195249299996	0.176708090675	-0.0202345606562	0.143378632738	15.8957351769	47.9570170101	22.3550762722
3	0.676056337228	0.123997585588	-0.127918876243	1.61142123824	-0.16436191141	0.467082900096	-0.0128125092245	0.0413330550827	-0.0437903726495	-0.0622767394123	0.00957235442327	-0.140365411184	0.0624082294408	-0.00425154989705	0.013222159051	0.179081198218	0.00590643529205	-0.00751339651908	0.169330619928	-0.0235401899147	0.171427958612	18.5906358196	37.6083594149	8.24121108903
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12	0.912828103472	-0.0678858149837	0.289825238442	1.03627978351	-0.00950998138541	0.539106866956	0.0104237024324	0.000594588792771	0.0693210087945	-0.014902180507	-0.0081660926225	-0.00793689169923	-0.0318514580928	0.00685995679696	0.00152580248719	0.161618450213	-0.00508276496237	0.0123668312316	0.181093121023	-0.0130283000283	0.175082155724	-4.96584362633	62.9576235101	62.7814769584

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -2:156)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 157:300)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 301:428)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid -1:164)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 165:300)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 301:428)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid -1:173)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 174:250)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 251:428)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid -2:133)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resid 134:245)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 246:428)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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