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- PDB-6sva: Multicrystal structure of equine Haemoglobin at room temperature ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sva
タイトルMulticrystal structure of equine Haemoglobin at room temperature using a multilayer monochromator.
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Room temperature DMM Multilayer monochromator Multicrystal
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Sandy, J. / Sanchez-Weatherby, J. / Mikolajek, H. / Lewis, G. / Angus, R.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2023
タイトル: Protein-to-structure pipeline for ambient-temperature crystallography at VMXi
著者: Mikolajek, H. / Sanchez-Weatherby, J. / Sandy, J. / Gildea, R.G. / Campeotto, I. / Cheruvara, H. / Clarke, J.D. / Foster, T. / Fujii, S. / Paulsen, I.T. / Shah, B.S. / Hough, M.A.
履歴
登録2019年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2464
ポリマ－31,0132
非ポリマー1,2332
水2,144119
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子

A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4938
ポリマ－62,0274
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)108.515, 62.992, 54.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.051, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 14981.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P01958
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 16032.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02062
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.7655.43
2
3
4
5
6
7
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細pH
2931蒸気拡散法, シッティングドロップ法0.2 M Sodium Sulphate 20% PEG 3350
2932蒸気拡散法, シッティングドロップ法0.2 M Sodium Sulphate 20% PEG 3350
2933蒸気拡散法, シッティングドロップ法0.2 M Sodium Sulphate 20% PEG 3350
2934蒸気拡散法, シッティングドロップ法0.2 M Sodium Sulphate 20% PEG 3350
2935蒸気拡散法, シッティングドロップ法0.2 M Sodium Sulphate 20% PEG 3350
2936蒸気拡散法, シッティングドロップ法0.2 M Sodium Sulphate 20% PEG 3350 0.1 M Bis Tris Propane6.5
2937蒸気拡散法, シッティングドロップ法0.2 M Sodium Sulphate 20% PEG 3350 0.1 M Bis Tris Propane6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: VMXi / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月18日
放射モノクロメーター: DMM (Double Multilayer Monochromator)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射

Biso Wilson estimate: 27.27 Å2 / Entry-ID: 6SVA / Diffraction-ID: 1 / 解像度: 1.92→50.64 Å

Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I)
2160645.61.60.9940.0470.0380.0610.2
2160644.51.80.9950.0630.0480.087.1
2160651.41.60.9880.070.0610.0926.3
2160653.71.70.9460.1620.1290.2093.1
2160643.220.9930.0760.0560.0957.3
2160646.21.80.9930.0670.0510.0856.5
2160656.61.60.9690.1020.0960.144.9
2160881.86.10.9910.1140.0430.1239.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.11-2.1110.3831.71390.6320.3830.54110.6
1.99-2.021.20.5330.91880.5750.5330.75418.7
2-2.031.10.4261.12240.7490.4260.60218.7
2.11-2.151.30.58512590.6960.5850.82726.4
2.08-2.121.20.3761.82320.840.3420.5122.4
2.01-2.041.10.54612300.1650.5460.77319.4
2.08-2.121.20.5910.912800.410.5910.83627.2
1.92-1.9510.6311290.6310.8939.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5C6E

5c6e


解像度: 1.92→50.64 Å / SU ML: 0.1467 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.4851
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1733 1035 4.79 %
Rwork0.1408 20571 -
obs0.1424 21606 81.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→50.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2208 0 43 119 2370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01832377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43113272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0837354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0108412
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4062819
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-2.020.2649230.2205462X-RAY DIFFRACTION12.93
2.02-2.150.26061220.19582289X-RAY DIFFRACTION64.57
2.15-2.310.19041810.16053411X-RAY DIFFRACTION95.23
2.31-2.540.1841770.14833535X-RAY DIFFRACTION99.41
2.54-2.910.17511520.14643624X-RAY DIFFRACTION99.92
2.91-3.670.18441940.14633600X-RAY DIFFRACTION99.84
3.67-50.640.14721860.12023650X-RAY DIFFRACTION99.53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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