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- PDB-6sum: Amicoumacin kinase hAmiN in complex with AMP-PNP, MG2+ and Ami -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sum
タイトルAmicoumacin kinase hAmiN in complex with AMP-PNP, MG2+ and Ami
要素AMICOUMACIN KINASE
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / KINASE / AMICOUMACIN
機能・相同性Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / ACETATE ION / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Amicoumacin A
機能・相同性情報
生物種Bacillus altitudinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Bourenkov, G.P. / Mokrushina, Y.A. / Terekhov, S.S. / Smirnov, I.V. / Gabibov, A.G. / Altman, S.
資金援助 ロシア, 3件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-14-00331 ロシア
Russian Foundation for Basic Research19-34-70021 ロシア
Russian Foundation for Basic Research18-29-08054 ロシア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: A kinase bioscavenger provides antibiotic resistance by extremely tight substrate binding.
著者: Terekhov, S.S. / Mokrushina, Y.A. / Nazarov, A.S. / Zlobin, A. / Zalevsky, A. / Bourenkov, G. / Golovin, A. / Belogurov Jr., A. / Osterman, I.A. / Kulikova, A.A. / Mitkevich, V.A. / Lou, H.J. ...著者: Terekhov, S.S. / Mokrushina, Y.A. / Nazarov, A.S. / Zlobin, A. / Zalevsky, A. / Bourenkov, G. / Golovin, A. / Belogurov Jr., A. / Osterman, I.A. / Kulikova, A.A. / Mitkevich, V.A. / Lou, H.J. / Turk, B.E. / Wilmanns, M. / Smirnov, I.V. / Altman, S. / Gabibov, A.G.
履歴
登録2019年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMICOUMACIN KINASE
B: AMICOUMACIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,07512
ポリマ－79,0362
非ポリマー2,04010
水14,304794
1
A: AMICOUMACIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5556
ポリマ－39,5181
非ポリマー1,0375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AMICOUMACIN KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5206
ポリマ－39,5181
非ポリマー1,0035
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.660, 66.000, 70.410
Angle α, β, γ (deg.)112.290, 102.810, 94.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 AMICOUMACIN KINASE


分子量: 39517.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GenBank: QENO00000000.1
由来: (組換発現) Bacillus altitudinis (バクテリア)
遺伝子: BW16_03450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: EC: 2.7.1.230

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非ポリマー , 5種, 804分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-UAM / Amicoumacin A / アミクマシンA


分子量: 423.460 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N3O7
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 794 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH6.5 0.2 M NaOAc 27-29% (w/v) PEG 2000MME 2 mM amiA 2.2 mM AMP-PNP 20 mM Mg2+

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日 / 詳細: KB Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→12 Å / Num. obs: 177497 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 6.85 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.35→1.39 Å / 冗長度: 7.07 % / Rmerge(I) obs: 1.091 / Num. unique obs: 12337 / CC1/2: 0.686 / Rrim(I) all: 1.05 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.35→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.775 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.05
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1762 8575 5.1 %RANDOM
Rwork0.1445 ---
obs0.1461 161039 95.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.57 Å2 / Biso mean: 19.436 Å2 / Biso min: 8.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20.04 Å20.07 Å2
2---0.13 Å2-0.13 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5559 0 137 788 6484
Biso mean--15.35 30.57 -
残基数----669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5351.9718162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.077312790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.585713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80423.803305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.515151033
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9161535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021480
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.562311540
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free23.0025471
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.154511683
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 620 -
Rwork0.223 11579 -
all-12199 -
obs--93.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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