[日本語] English
万見
- PDB-6stj: Selective Affimers Recognize BCL-2 Family Proteins Through Non-Ca... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6stj
タイトルSelective Affimers Recognize BCL-2 Family Proteins Through Non-Canonical Structural Motifs
要素
  • Cystatin domain-containing protein
  • Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードPROTEIN BINDING / Affimer
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / Bcl-2 family protein complex / mitochondrial fusion / BH domain binding / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of autophagy / response to cytokine / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hobor, F. / Miles, J.A. / Trinh, C.H. / Taylor, J. / Tiede, C. / Rowell, P.R. / Jackson, B. / Nadat, F. / Kyle, H.F. / Wicky, B.I.M. ...Hobor, F. / Miles, J.A. / Trinh, C.H. / Taylor, J. / Tiede, C. / Rowell, P.R. / Jackson, B. / Nadat, F. / Kyle, H.F. / Wicky, B.I.M. / Clarke, J. / Tomlinson, D.C. / Wilson, A.J. / Edwards, T.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/N013573/1 英国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Selective Affimers Recognise the BCL-2 Family Proteins BCL-x L and MCL-1 through Noncanonical Structural Motifs*.
著者: Miles, J.A. / Hobor, F. / Trinh, C.H. / Taylor, J. / Tiede, C. / Rowell, P.R. / Jackson, B.R. / Nadat, F.A. / Ramsahye, P. / Kyle, H.F. / Wicky, B.I.M. / Clarke, J. / Tomlinson, D.C. / ...著者: Miles, J.A. / Hobor, F. / Trinh, C.H. / Taylor, J. / Tiede, C. / Rowell, P.R. / Jackson, B.R. / Nadat, F.A. / Ramsahye, P. / Kyle, H.F. / Wicky, B.I.M. / Clarke, J. / Tomlinson, D.C. / Wilson, A.J. / Edwards, T.A.
履歴
登録2019年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
B: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
C: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
D: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
E: Cystatin domain-containing protein
F: Cystatin domain-containing protein
G: Cystatin domain-containing protein
H: Cystatin domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,9278
ポリマ－114,9278
非ポリマー00
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11260 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area44930 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)92.142, 107.498, 226.154
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 17765.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: タンパク質
Cystatin domain-containing protein


分子量: 10966.528 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG MME 2K, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→113.1 Å / Num. obs: 57159 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 1.644 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2578 / CC1/2: 0.681 / Rpim(I) all: 0.591 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0253精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5FC4, 4N6T

5fc4

4n6t


解像度: 2.2→113.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 20.404 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.238
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2895 2850 5 %RANDOM
Rwork0.2569 ---
obs0.2585 54259 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 167.55 Å2 / Biso mean: 61.212 Å2 / Biso min: 31.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→113.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7257 0 0 51 7308
Biso mean---48.29 -
残基数----875
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0137408
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.6389966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1321.58516174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9025861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.09322.051434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.695151393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0661556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2910
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021678
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.254 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 189 -
Rwork0.374 3720 -
obs--93.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.49372.0691-0.75284.70060.45243.5789-0.13540.09460.09970.22990.01340.0595-0.2052-0.12260.1220.3318-0.0683-0.00590.1332-0.01350.0106-16.539-6.215-14.718
23.80752.27021.28755.3748-0.61813.7554-0.04220.1473-0.10430.1726-0.0115-0.04430.17430.20430.05380.3159-0.0529-0.00520.12580.02630.012518.786.085-14.731
39.13155.06714.51187.10634.91528.9016-0.17120.61430.3135-0.09630.3262-0.5143-0.0090.7045-0.1550.6858-0.0856-0.02850.6191-0.16250.3758-2.331-31.371-40.957
49.33514.3115-1.26995.7792-2.85666.3433-0.01140.695-0.4347-0.35440.24610.12050.298-0.3995-0.23470.5677-0.1362-0.06280.51660.17090.23545.01329.173-42.105
55.20150.40895.45631.910.44666.54120.01120.37320.0316-0.23790.0341-0.1433-0.27310.0912-0.04530.3706-0.08990.04270.40210.12990.1072-16.774-1.405-41.224
64.96280.4323-5.34472.1356-0.27276.42530.02890.2642-0.0939-0.33360.02640.05970.31090.055-0.05530.4547-0.0261-0.08480.4569-0.12810.086919.0931.202-41.079
74.270.7341-1.31475.1386-3.16327.6050.29330.0173-0.303-0.0897-0.0566-0.57010.10710.6831-0.23670.3793-0.0446-0.16140.3044-0.14070.3737-0.348-28.585-14.634
82.83730.88410.96664.76123.23387.67220.1412-0.05970.232-0.01620.13740.6173-0.1272-0.6369-0.27860.3343-0.02640.13430.34920.19970.37292.28228.41-15.183
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A172 - 322
2X-RAY DIFFRACTION2B172 - 322
3X-RAY DIFFRACTION3C176 - 320
4X-RAY DIFFRACTION4D172 - 320
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 91
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 91
7X-RAY DIFFRACTION7G4 - 91
8X-RAY DIFFRACTION8H4 - 91

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る