PDB-3mlq: Crystal structure of the Thermus thermophilus transcription-repai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mlq

タイトル

Crystal structure of the Thermus thermophilus transcription-repair coupling factor RNA polymerase interacting domain with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain

要素

DNA-directed RNA polymerase subunit beta
Transcription-repair coupling factor

キーワード

TRANSFERASE/TRANSCRIPTION / Tudor / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / DNA helicase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : ...
類似検索 - 分子機能

Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Thermus aquaticus (バクテリア)

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.91 Å

データ登録者

Darst, S.A. / Westblade, L.F. / Campbell, E.A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the bacterial transcription-repair coupling factor/RNA polymerase interaction.
著者: Westblade, L.F. / Campbell, E.A. / Pukhrambam, C. / Padovan, J.C. / Nickels, B.E. / Lamour, V. / Darst, S.A.

履歴

登録	2010年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年8月2日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software / Item: _software.classification
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mlq.cif.gz	296.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mlq.ent.gz	236.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mlq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/3mlq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/3mlq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3wam-2 6jf3-d 1u5d-7 4dx2-2 3kr9-d 1oh3-d 5bop-2 3g85-d 1yns-d 4i4r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

E: Transcription-repair coupling factor

F: Transcription-repair coupling factor

G: Transcription-repair coupling factor

H: Transcription-repair coupling factor

ヘテロ分子

116 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

E: Transcription-repair coupling factor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

F: Transcription-repair coupling factor

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

G: Transcription-repair coupling factor

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

H: Transcription-repair coupling factor

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.585, 106.585, 122.301
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	E
2	2	F
3	2	G
4	2	H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	SER	SER	A	A	17 - 392	2 - 185
2	1	PRO	PRO	SER	SER	B	B	17 - 392	2 - 185
3	1	PRO	PRO	SER	SER	C	C	17 - 392	2 - 185
4	1	PRO	PRO	SER	SER	D	D	17 - 392	2 - 185
1	2	GLN	GLN	LEU	LEU	E	E	334 - 368	18 - 52
2	2	GLN	GLN	LEU	LEU	F	F	334 - 368	18 - 52
3	2	GLN	GLN	LEU	LEU	G	G	334 - 368	18 - 52
4	2	GLN	GLN	LEU	LEU	H	H	334 - 368	18 - 52

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / Transcriptase subunit beta / RNA polymerase subunit beta 分子量: 21081.096 Da / 分子数: 4 / 断片: beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: rpoB / プラスミド: pET21a-based / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KWU7, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	Transcription-repair coupling factor 分子量: 8002.165 Da / 分子数: 4 断片: RNA polymerase interacting domain (UNP residues 321-387) 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB27 / 遺伝子: mfd, TT_C0533 / プラスミド: pET21a-based / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72KB4
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 1.6 M di-potassium ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 173 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.522
1	1	-H, K, -L	2	0.478

反射

解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 27972 / Num. obs: 25538 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 52 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 14.1

反射シェル

解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0088	精密化
CNS		精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Thermus aquaticus RNA polymerase beta-subunit beta1 domain

解像度: 2.91→29.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 29.72 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24983	1170	4.4 %	RANDOM
R_work	0.22691	-	-	-
obs	0.22792	25538	88.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.019 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-14.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	28.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.91→29.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6858	0	5	0	6863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	6980
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.236	1.997	9416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.906	3	11897
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.813	5	867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.944	23.591	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.464	15	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.885	15	65
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	7733
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.267	1.5	4371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.042	1.5	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.485	2	6977
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.429	3	2609
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.727	4.5	2439

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1024	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
1	2	B	1024	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
1	3	C	1024	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
1	4	D	1024	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
1	1	A	1309	LOOSE POSITIONAL	0.89	5
1	2	B	1309	LOOSE POSITIONAL	1.05	5
1	3	C	1309	LOOSE POSITIONAL	0.82	5
1	4	D	1309	LOOSE POSITIONAL	0.95	5
1	1	A	1024	MEDIUM THERMAL	0.14	2
1	2	B	1024	MEDIUM THERMAL	0.13	2
1	3	C	1024	MEDIUM THERMAL	0.13	2
1	4	D	1024	MEDIUM THERMAL	0.13	2
1	1	A	1309	LOOSE THERMAL	0.19	10
1	2	B	1309	LOOSE THERMAL	0.19	10
1	3	C	1309	LOOSE THERMAL	0.19	10
1	4	D	1309	LOOSE THERMAL	0.18	10
2	1	E	109	MEDIUM POSITIONAL	0.52	0.5
2	2	F	109	MEDIUM POSITIONAL	0.48	0.5
2	3	G	109	MEDIUM POSITIONAL	0.41	0.5
2	4	H	109	MEDIUM POSITIONAL	0.55	0.5
2	1	E	165	LOOSE POSITIONAL	1.03	5
2	2	F	165	LOOSE POSITIONAL	1.19	5
2	3	G	165	LOOSE POSITIONAL	0.95	5
2	4	H	165	LOOSE POSITIONAL	0.93	5
2	1	E	109	MEDIUM THERMAL	0.36	2
2	2	F	109	MEDIUM THERMAL	0.34	2
2	3	G	109	MEDIUM THERMAL	0.37	2
2	4	H	109	MEDIUM THERMAL	1.02	2
2	1	E	165	LOOSE THERMAL	0.18	10
2	2	F	165	LOOSE THERMAL	0.17	10
2	3	G	165	LOOSE THERMAL	0.18	10
2	4	H	165	LOOSE THERMAL	0.39	10

LS精密化シェル

解像度: 2.908→2.983 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	74	-
R_work	0.274	1476	-
obs	-	-	70.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0369	0.5571	-0.4338	1.8885	-0.7616	1.6966	0.0044	-0.0598	-0.1528	-0.0364	0.0008	-0.0127	0.1389	0.1374	-0.0053	0.0293	0.005	-0.0309	0.0401	-0.0184	0.1693	121.966	15.172	73.978
2	2.0825	0.2	0.6359	1.7231	0.205	0.6712	0.0171	-0.2226	0.1932	0.0655	-0.0872	-0.0108	-0.1533	0.0291	0.07	0.0771	-0.0155	0.0126	0.0863	0.006	0.1836	108.46	37.357	67.738
3	2.2949	0.9586	-1.2839	2.7856	-0.7318	2.4673	-0.0189	-0.0366	-0.0157	0.0453	0.0338	0.0011	0.1386	-0.0262	-0.0149	0.0519	0.011	-0.0187	0.0082	-0.019	0.1558	144.297	37.528	99.38
4	2.1725	0.7998	0.2841	2.5739	0.6308	0.9063	0.0091	0.1188	-0.1297	-0.1859	0.0404	0.129	0.0829	-0.0998	-0.0494	0.0949	0.0218	-0.02	0.0614	0.004	0.1834	122.501	51.549	105.627
5	3.3704	-2.6217	0.4912	7.9022	-0.0094	5.4293	-0.0755	0.0385	-0.1942	0.2805	0.0529	-0.5433	0.2157	0.1007	0.0227	0.1944	-0.0589	-0.0594	0.3101	-0.0151	0.3959	96.789	4.565	77.649
6	4.1128	-0.8363	2.0856	5.1306	-2.2313	6.8367	0.0248	-0.1085	0.3951	-0.1761	0.0922	0.0619	-0.3182	0.6913	-0.1171	0.0653	-0.001	0.0158	0.4184	-0.0691	0.5129	135.263	46.89	66.945
7	8.2925	-0.9877	-2.3116	3.2741	0.5224	5.4905	-0.2015	0.0222	-0.2004	0.3682	0.1745	-0.212	0.024	0.5151	0.027	0.3125	-0.0489	-0.0235	0.1318	-0.087	0.3512	153.895	63.351	95.649
8	8.9398	-1.514	0.4219	3.871	-3.2814	3.4978	-0.2088	0.2577	0.0669	0.1374	0.4134	0.46	-0.4832	-0.2218	-0.2045	0.3437	-0.0839	0.0384	0.2076	0.0277	0.5036	110.708	25.681	105.736

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 394
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	17 - 392
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	17 - 394
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	16 - 393
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	332 - 369
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	333 - 369
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	329 - 368
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	334 - 375

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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