[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6jf3: Actinonin bound crystal structure of class I type b peptide defor... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jf3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Actinonin bound crystal structure of class I type b peptide deformylase from Acinetobacter baumannii | ||||||
![]() | Peptide deformylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / peptide deformylase | ||||||
Function / homology | ![]() peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, I.H. / Ho, T.H. / Kang, L.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Actinonin bound crystal structure of class I type b peptide deformylase from Acinetobacter baumannii Authors: Lee, I.H. / Ho, T.H. / Kang, L.W. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 73.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 52.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 985.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 986.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 13.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 17 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6jesS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 17633.338 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A0E1FIJ3, UniProt: A0A6H2UJ23*PLUS, peptide deformylase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.13 % / Mosaicity: 0.734 ° |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: evaporation / pH: 6.5 Details: 0.2 M Calcium acetate hydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 18% (w/v) polyethylene glycol 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 5, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97942 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 20895 / % possible obs: 96.7 % / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 2.544 / Net I/σ(I): 6.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6JES Resolution: 2.01→49.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 5.835 / SU ML: 0.151 / SU R Cruickshank DPI: 0.1942 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.185 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 98.86 Å2 / Biso mean: 36.177 Å2 / Biso min: 17.6 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.01→49.99 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 2.008→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|