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- PDB-6sp6: Ultra-high Resolution Crystal Structure of the CTX-M-15 Extended-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sp6
タイトルUltra-high Resolution Crystal Structure of the CTX-M-15 Extended-Spectrum beta-Lactamase in Complex with Taniborbactam (VNRX-5133)
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase / antibiotic resistance / beta-lactam hydrolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KJK / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Docquier, J.D. / Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. / Mangani, S.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Taniborbactam (VNRX-5133): A Broad-Spectrum Serine- and Metallo-beta-lactamase Inhibitor for Carbapenem-Resistant Bacterial Infections.
著者: Liu, B. / Trout, R.E.L. / Chu, G.H. / McGarry, D. / Jackson, R.W. / Hamrick, J.C. / Daigle, D.M. / Cusick, S.M. / Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. / Mangani, S. / Docquier, J.D. / ...著者: Liu, B. / Trout, R.E.L. / Chu, G.H. / McGarry, D. / Jackson, R.W. / Hamrick, J.C. / Daigle, D.M. / Cusick, S.M. / Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. / Mangani, S. / Docquier, J.D. / Weiss, W.J. / Pevear, D.C. / Xerri, L. / Burns, C.J.
#1: ジャーナル: Antimicrob. Agents Chemother. / 年: 2019
タイトル: VNRX-5133 (Taniborbactam), a broad-spectrum inhibitor of serine- and metallo-beta-lactamases, restores activity of cefepime in Enterobacterales and Pseudomonas aeruginosa.
著者: Hamrick, J.C. / Docquier, J.D. / Uehara, T. / Myers, C.L. / Six, D.A. / Chatwin, C.L. / John, K.J. / Vernacchio, S.F. / Cusick, S.M. / Trout, R.E.L. / Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. ...著者: Hamrick, J.C. / Docquier, J.D. / Uehara, T. / Myers, C.L. / Six, D.A. / Chatwin, C.L. / John, K.J. / Vernacchio, S.F. / Cusick, S.M. / Trout, R.E.L. / Pozzi, C. / De Luca, F. / Benvenuti, M. / Mangani, S. / Liu, B. / Jackson, R.W. / Moeck, G. / Xerri, L. / Burns, C.J. / Pevear, D.C. / Daigle, D.M.
履歴
登録2019年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,15510
ポリマ－28,0111
非ポリマー1,1449
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area11200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.558, 45.719, 117.219
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 28010.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blactx-m-15 / プラスミド: pET-9a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A223A5J4, beta-lactamase

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非ポリマー , 5種, 270分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-KJK / (3~{R})-3-[2-[4-(2-azanylethylamino)cyclohexyl]ethanoylamino]-2-oxidanyl-3,4-dihydro-1,2-benzoxaborinine-8-carboxylic acid


分子量: 389.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28BN3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, 2.2-2.4M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→58.61 Å / Num. all: 96837 / Num. obs: 96837 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.083 / Rsym value: 0.075 / Net I/av σ(I): 5.3 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 511886
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.1-1.165.30.3042.572465137550.1440.3370.3044.897.5
1.16-1.234.90.248363758131160.1240.2780.2485.698.1
1.23-1.315.60.2123.669765124370.0970.2330.2127.198.8
1.31-1.425.40.1734.363559116680.0810.1920.1738.299.3
1.42-1.564.80.1285.851667107820.0640.1430.1289.799.5
1.56-1.745.40.0967.65278998210.0450.1060.0961399.8
1.74-2.015.70.069104974487250.0320.0760.06917.699.9
2.01-2.465.20.05412.23846574460.0260.060.05421.799.9
2.46-3.485.20.0511.52989257900.0240.0560.0525.699.3
3.48-13.52860.05310.71978232970.0230.0580.05331.798.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLM7.1.2データ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
MOLREP11.2.08位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HBT

4hbt


解像度: 1.1→58.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / SU B: 0.643 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.021 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1208 4746 4.9 %RANDOM
Rwork0.1016 ---
obs0.1026 92020 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 190.16 Å2 / Biso mean: 12.099 Å2 / Biso min: 3.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.1→58.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1957 0 71 261 2289
Biso mean--21.34 32.06 -
残基数----262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0192152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.161.9962928
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12434825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.27224.48387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.96915371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7751517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02464
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.7334244
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free52.044576
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded14.43454394
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.129 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 306 -
Rwork0.157 6620 -
all-6926 -
obs--97.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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