PDB-6sik: SAD structure of Hen Egg White Lysozyme recovered by continuous r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sik

タイトル

SAD structure of Hen Egg White Lysozyme recovered by continuous rotation data collection and univariate analysis

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Univariate analysis / Single-wavelength X-ray Anomalous Diffraction / Continuous rotation / Hen Egg White Lysozyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.61007015159 Å

データ登録者

Garcia-Bonete, M.J. / Katona, G.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 2019
タイトル: Bayesian machine learning improves single-wavelength anomalous diffraction phasing.
著者: Garcia-Bonete, M.J. / Katona, G.

履歴

登録	2019年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sik.cif.gz	89.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sik.ent.gz	55.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sik.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6sik_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6sik_full_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示
XML形式データ	6sik_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	6sik_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6sik ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6sik	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6shoC 6sijC 6silC 6simC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v4i-d 3lyo-d 2lyz-d 4xjg-d 3a8z-d 3p64-d 4lfx-d 7c09-d 6sim-d 4h9e-d 4b49-d 1bwi-d 6goi-d 1ir9-d 4lzt-d 1lzd-d 3wpl-d 4ias-d 6kcb-d 1hem-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Commercially obtained from Sigma-Aldrich (St Louis, MO)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.870, 78.870, 36.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-332- HOH
2	1	A-401- HOH
3	1	A-472- HOH

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 16257.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 193分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.1 % / 解説: Tetragonal lysozyme crystals, size 200 um
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 50mM Na acetate pH 4.5 1M NaCl 25% Ethylene glycol / Temp details: Temperature controlled room

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.5498 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月27日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→39.435 Å / Num. obs: 28771 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 39.2 % / B_iso Wilson estimate: 11.42 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 47.53
反射シェル	解像度: 1.61→1.65 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 8.84 / Num. unique obs: 2102 / CC_1/2: 0.985 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.61007015159→39.435 Å / SU ML: 0.106922402014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33383088077 / 位相誤差: 15.8991856531

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.162699648796	1445	5.02416466743 %
R_work	0.139268579627	-	-
obs	0.140491952434	28761	99.9096814534 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.0631512486 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61007015159→39.435 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	29	179	1209

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00512720110235	1088
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8043821239	1468
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0537365634339	149
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00433492600398	194
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.53294540413	649

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6101-1.6676	0.188249701049	143	0.165225644705	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.2024965326
1.6676-1.7344	0.191971251033	145	0.146486814272	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.9300454704
1.7344-1.8133	0.202348911245	143	0.150178476924	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8133-1.9089	0.170274286731	146	0.134582192081	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9089-2.0285	0.17247650369	144	0.129889478717	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0285-2.1851	0.156641721344	141	0.133766023614	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1851-2.405	0.145588625998	144	0.130120769606	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.405-2.7529	0.171390874506	146	0.148749380157	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7529-3.4681	0.138386819077	149	0.138317277158	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4681-39.4	0.161856680887	144	0.137231792906	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.9652898299

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.385924237476	0.262300768397	-0.288556211819	0.736607192525	-0.0420335108701	1.04301096972	-0.0592691530427	-0.0243771772531	-0.168200395811	-0.133681428211	0.0167473247257	-0.0724586966536	0.127974951996	0.0542644088456	0.00610970620274	0.119022284535	0.0131840366625	0.0145966820848	0.0903181410356	-0.0303732911995	0.122529502995	22.6575293924	33.9078260974	1.11551307556
2	1.38482916762	0.230846335515	0.659278086204	0.440316498914	-0.333669898825	0.811632285056	0.135121705927	-0.0208274250241	-0.363474880843	-0.114401921742	-0.0614020695475	-0.0304523123891	0.225745262087	0.00161294797431	-0.160957349296	0.120066970592	-0.0030046022813	0.00264474797432	0.0619319393955	0.012150396041	0.128056734491	15.6995427996	29.4579842689	10.7427354191
3	0.163305774353	0.116439072344	-0.0622595929616	0.274471665892	0.0512337965566	0.145639581332	-0.0388582468009	-0.0496457891735	-0.00129923660124	-0.0909441831223	0.0237715107075	-0.0123458209812	-0.0227576207749	-0.00696178263551	0.0127558962292	0.0690019860069	-0.00951762486197	0.00292960856243	0.0696833582471	-0.00968841343434	0.0852786277698	17.8231245191	40.002241921	3.92663710914
4	1.35489802439	0.399871747646	0.403334721406	0.453853531037	0.0565267465229	0.55036996206	0.0686694979147	-0.395616048771	0.349564206852	-0.00954821701125	-0.0586648793878	0.143029141727	-0.158219458448	-0.286117591629	0.0591456410576	0.145325388443	0.0187649352254	0.0340271518505	0.165717974704	-0.0479252206941	0.123045542493	20.1276169044	52.56792447	13.2733339302
5	3.47190335553	3.1766903653	1.77061294845	5.53331610875	1.07006028512	2.77853687765	0.0551557656447	-0.120144541925	-0.0954777636451	-0.00741960406759	-0.0084849225815	-0.00437823223512	0.153582717367	-0.128697164076	-0.0541473275031	0.0756535111599	-0.00399631581468	0.000429979234555	0.0684410760999	-0.00251605488631	0.0552408170784	21.751654896	45.0788327586	10.929535581
6	0.775553292421	0.392026346813	-0.101370541545	1.24047171584	-0.379479895359	0.123944438181	0.157184270561	-0.150500429755	0.102792336556	0.424279220718	-0.167384139223	-0.0482143617805	-0.0487783619135	-0.120227613145	0.0873558535404	0.123541726441	-0.0272867232255	0.00852201246196	0.132548026328	-0.0113839653383	0.0773598629897	22.8322633431	47.3669170898	18.9685046419
7	0.653406382935	0.503178885929	0.0971605897336	0.772344572495	-0.360251624734	0.436215506362	0.108802030649	-0.140473181034	-0.174592084857	0.152262309875	-0.119950137987	-0.198287178832	0.00457920653155	0.0584695237069	-0.0100558152904	0.0859540294555	-0.013347324326	-0.0040317381558	0.0876165367674	0.00931709796162	0.0945264178031	24.5417621243	39.6455710183	15.3723643606
8	0.558254147278	0.25688081266	0.39446921511	0.435685954056	0.111896775312	0.372941360184	0.0225962210586	-0.17921113988	0.0319546466975	0.112410422444	-0.0716228655716	0.117532229964	-0.146089301248	-0.114325746449	0.0553345942551	0.0966846291377	-0.00192667936065	-0.00573434722796	0.0702019662921	0.00191377213393	0.0816627814392	11.7522912333	40.4041412514	13.6047502266
9	0.969326503259	-0.385379639736	-0.291540380917	0.305899576379	-0.16773607993	0.674855782725	0.103995832309	0.261234640038	-0.459135657131	-0.0354895006114	-0.116652569137	-0.0216243630019	0.372856538612	-0.113572579545	-0.0690347937427	0.133050072253	0.00751366532294	-0.022973952234	0.101584149333	-0.0416657443848	0.168368841541	12.2853318243	31.7063926204	0.665035497243

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 42 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 60 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 68 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 69 through 76 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 77 through 86 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 87 through 117 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 118 through 132 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 133 through 147 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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