PDB-6sij: SAD structure of Hen Egg White Lysozyme recovered by continuous r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sij

タイトル

SAD structure of Hen Egg White Lysozyme recovered by continuous rotation data collection and multivariate analysis of Friedel pairs

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Multivariate analysis / Single-wavelength X-ray Anomalous Diffraction / Continuous rotation / Hen Egg White Lysozyme

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6101802385 Å

データ登録者

Garcia-Bonete, M.J. / Katona, G.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 2019
タイトル: Bayesian machine learning improves single-wavelength anomalous diffraction phasing.
著者: Garcia-Bonete, M.J. / Katona, G.

履歴

登録	2019年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sij.cif.gz	85.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sij.ent.gz	52.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6sij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6sij	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6shoC 6sikC 6silC 6simC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4htn-d 5hll-d 5ob8-d 3agg-d 3a90-d 1hc0-d 5b06-d 4h93-d 3aw7-d 2f2n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Commercially obtained from Sigma-Aldrich (St Louis, MO)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.070, 79.070, 36.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-351- HOH
2	1	A-400- HOH
3	1	A-469- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 16257.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 188分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.7 % / 解説: Tetragonal lysozyme crystals, size 200 um
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 50mM Na acetate pH 4.5 1M NaCl 25% Ethylene glycol / Temp details: Temperature controlled room

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 1.5498 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月27日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→39.535 Å / Num. obs: 28771 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 39.2 % / B_iso Wilson estimate: 11.7 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 47.53
反射シェル	解像度: 1.61→1.65 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.223 / Mean I/σ(I) obs: 8.84 / Num. unique obs: 2102 / CC_1/2: 0.985 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6101802385→39.535 Å / SU ML: 0.120331246052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.0499243409143 / 位相誤差: 15.2035774088

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.167330244174	1402	4.90398404981 %
R_work	0.140585517396	-	-
obs	0.141874113995	28589	98.5759602786 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.0291672277 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6101802385→39.535 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	29	174	1204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00580737945525	1088
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.819404880331	1468
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0552173424913	149
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00452953116727	194
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.22846516367	649

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6102-1.6677	0.193608285427	154	0.159533662326	2680	X-RAY DIFFRACTION	98.0962270682
1.6677-1.7345	0.205630008373	162	0.142714154651	2671	X-RAY DIFFRACTION	98.3339118362
1.7345-1.8134	0.190242010924	128	0.154658769236	2748	X-RAY DIFFRACTION	98.3584131327
1.8134-1.9091	0.198005262013	135	0.140829735199	2694	X-RAY DIFFRACTION	98.6057859881
1.9091-2.0287	0.168499270202	132	0.131668551861	2760	X-RAY DIFFRACTION	98.5013623978
2.0287-2.1853	0.157006719398	143	0.132768513674	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.0667127549
2.1853-2.4052	0.140009452603	127	0.127782797891	2734	X-RAY DIFFRACTION	98.8255613126
2.4052-2.7531	0.159521536022	137	0.147430082915	2720	X-RAY DIFFRACTION	98.5852311939
2.7531-3.4683	0.165170622327	140	0.140673804993	2720	X-RAY DIFFRACTION	98.5187736824
3.4683-39.5	0.161502983979	144	0.142109263665	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.0034364261

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.89045732294	-1.85867274752	-1.09730533243	4.11246457008	0.0539913945066	4.00473687988	-0.0743853814113	-0.0377408197246	-0.227559242284	0.168710181422	0.0235536985152	0.150977471774	0.126099673528	-0.121789268675	0.0370243623257	0.098323244809	-0.0184297204655	0.0251552899493	0.0775858776375	0.0364835636862	0.12769842819	55.6618283542	33.3274786576	27.7464930055
2	6.17988446353	0.18200928866	0.00522091361757	2.82666495234	-0.205517229275	1.41214470248	0.169038744948	0.14755573045	-0.477236793032	0.145708463459	-0.140607416337	0.0718886993074	0.174722619447	-0.0945511372633	0.0132007825681	0.119323510515	0.00806133941078	-0.00137230771571	0.0518790866916	-0.0226132119469	0.137009701153	63.0220064839	28.0110030691	16.4693537998
3	0.807050828392	-0.64133332979	0.0489000027489	1.375840069	-0.230273929319	0.954141972064	-0.0180579309907	0.130111423089	0.0897602947613	0.0778366236528	0.0288676925653	-0.0989987372778	-0.107052733774	0.0373104401706	0.0333601791362	0.0500506351656	-0.0045136020178	0.0105845444575	0.0528785189546	0.0254865660723	0.0678493762645	60.5779677507	45.0375285529	20.6488902852
4	1.55809071633	-0.800581220749	-0.0549309445357	2.5253110838	1.59992690462	1.47545177245	0.137414275409	0.265768809192	0.0730064321832	-0.322505470444	-0.161289073733	-0.01508469585	-0.012559313425	0.136769681879	-0.00720492835781	0.0758888693461	0.0141443696632	0.00921353062883	0.0816098665491	0.0198276190007	0.0606248330208	55.9329921599	47.2262910657	11.2664538465
5	1.43902011615	-1.05788938776	0.398625198328	1.11284126675	0.036866086096	0.687124985759	0.107909530584	0.156534106913	-0.0898892321192	-0.0964662882331	-0.103320903392	0.0800494112818	-0.0486488141045	-0.03167232579	0.00564547985538	0.0738551964783	0.00371192807357	-0.00605354590554	0.0517781605432	-0.00428830850238	0.0686554047074	58.7955460188	39.8369087851	12.6770953878
6	4.81794117168	1.18548449582	-1.66626805459	0.757529225457	-0.864549393688	5.14976988388	0.0255079572615	-0.305495524059	-0.335032790225	-0.0416218519684	-0.1306091226	-0.149693102975	0.504558356494	0.376747042913	0.0755102158641	0.0899906595705	0.0232679768644	-0.00956619587089	0.0804726480313	0.0229112431408	0.100326539094	71.902111696	34.2425448906	26.1393353061
7	5.84587279404	5.02157521083	-5.08682944189	8.82365419978	-3.17762241236	8.8768597785	-0.115278784867	-0.252696201555	-0.514514036174	0.108648882279	0.00562934408807	0.0746363002567	0.330048242498	-0.0325097424882	0.130230379166	0.211235388688	-0.0219130169957	-0.0476218812809	0.138367368813	0.106434985328	0.24631525263	63.0777402956	26.4372701204	32.7378823636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 19 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 42 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 86 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 87 through 132 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 133 through 141 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 142 through 147 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)