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Yorodumi- PDB-6sim: SAD structure of Hen Egg White Lysozyme recovered by inverse beam... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sim | |||||||||
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Title | SAD structure of Hen Egg White Lysozyme recovered by inverse beam geometry data collection and univariate analysis | |||||||||
Components | Lysozyme C | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / Univariate analysis / Single-wavelength X-ray Anomalous Diffraction / Inverse beam geometry collection / Hen Egg White Lysozyme | |||||||||
Function / homology | Function and homology information Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Gallus gallus (chicken) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.6101802385 Å | |||||||||
Authors | Garcia-Bonete, M.J. / Katona, G. | |||||||||
Funding support | Sweden, 2items
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Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.A / Year: 2019 Title: Bayesian machine learning improves single-wavelength anomalous diffraction phasing. Authors: Garcia-Bonete, M.J. / Katona, G. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6sim.cif.gz | 82.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6sim.ent.gz | 53.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6sim.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6sim_validation.pdf.gz | 434.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6sim_full_validation.pdf.gz | 435.4 KB | Display | |
Data in XML | 6sim_validation.xml.gz | 9.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6sim_validation.cif.gz | 12.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6sim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/6sim | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 16257.660 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Gallus gallus (chicken) / References: UniProt: P00698, lysozyme |
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-Non-polymers , 5 types, 174 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NA / | #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.75 Å3/Da / Density % sol: 29.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 / Details: 50mM Na Acetate pH 4.5 1M NaCl 25% Ethylene glycol / Temp details: Temperature controlled room |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID30B / Wavelength: 1.5498 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 27, 2016 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5498 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.61→39.535 Å / Num. obs: 28213 / % possible obs: 97.3 % / Redundancy: 38.1 % / Biso Wilson estimate: 14.0864930778 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 44.83 |
Reflection shell | Resolution: 1.61→1.65 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.277 / Mean I/σ(I) obs: 3.19 / Num. unique obs: 1392 / CC1/2: 0.915 / % possible all: 65.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.6101802385→39.535 Å / SU ML: 0.170732220944 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.54672053736 / Phase error: 18.5346495603
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.9213345266 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6101802385→39.535 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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