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- PDB-6sg9: Head domain of the mt-SSU assemblosome from Trypanosoma brucei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sg9
タイトルHead domain of the mt-SSU assemblosome from Trypanosoma brucei
要素
  • 9S rRNA
  • UNK-a
  • UNK-b
  • UNK-c
  • UNK-d
  • UNK-e
  • UNK-f
  • UNK-g
  • UNK-h
  • UNK-i
  • UNK-j
  • UNK-k
  • UNK-l
  • UNK-m
  • UNK-x
  • mS29
  • mS33
  • mS35
  • mS38
  • mS49
  • mS50
  • mS52
  • mS53
  • mS54
  • mS55 (KRIPP8)
  • mS57
  • mS58
  • mS67
  • mS69
  • mS70
  • mS71
  • mS72
  • mt-SAF1 (RSM22)
  • mt-SAF12 (KRIPP18)
  • mt-SAF14
  • mt-SAF15
  • mt-SAF16
  • mt-SAF17
  • mt-SAF18
  • mt-SAF19
  • mt-SAF20
  • mt-SAF25
  • mt-SAF28
  • mt-SAF30
  • mt-SAF34
  • mt-SAF4
  • uS10m
  • uS11m
  • uS14m
  • uS19m
  • uS3m
  • uS5m
  • uS9m
キーワードRIBOSOME / mitochondrial ribosome / assembly intermediate / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / kinetoplast / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / rRNA base methylation / ciliary plasm / nuclear lumen / mRNA stabilization / mitochondrial small ribosomal subunit ...rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial mRNA editing complex / mitochondrial RNA processing / kinetoplast / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / rRNA base methylation / ciliary plasm / nuclear lumen / mRNA stabilization / mitochondrial small ribosomal subunit / iron-sulfur cluster binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / structural constituent of ribosome / translation / mitochondrial matrix / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial glycoprotein / Mitochondrial glycoprotein superfamily / Mitochondrial glycoprotein / Ribosomal protein Rsm22-like / : / Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial ...Mitochondrial glycoprotein / Mitochondrial glycoprotein superfamily / Mitochondrial glycoprotein / Ribosomal protein Rsm22-like / : / Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S11 superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S24/S35 mitochondrial conserved domain-containing protein / Uncharacterized protein / Methyltransferase / Mitochondrial SSU ribosomal protein ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Ribosomal protein S24/S35 mitochondrial conserved domain-containing protein / Uncharacterized protein / Methyltransferase / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Mitochondrial SSU ribosomal protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Glutaredoxin domain-containing protein / S-adenosyl-methyltransferase mraW-like protein, putative / Ribosomal protein S9 / Uncharacterized protein / Mitochondrial glycoprotein-like protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein mS29 / Rhodanese domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Saurer, M. / Ramrath, D.J.F. / Niemann, M. / Calderaro, S. / Prange, C. / Mattei, S. / Scaiola, A. / Leitner, A. / Bieri, P. / Horn, E.K. ...Saurer, M. / Ramrath, D.J.F. / Niemann, M. / Calderaro, S. / Prange, C. / Mattei, S. / Scaiola, A. / Leitner, A. / Bieri, P. / Horn, E.K. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Schneider, A. / Ban, N.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Mitoribosomal small subunit biogenesis in trypanosomes involves an extensive assembly machinery.
著者: Martin Saurer / David J F Ramrath / Moritz Niemann / Salvatore Calderaro / Céline Prange / Simone Mattei / Alain Scaiola / Alexander Leitner / Philipp Bieri / Elke K Horn / Marc Leibundgut / ...著者: Martin Saurer / David J F Ramrath / Moritz Niemann / Salvatore Calderaro / Céline Prange / Simone Mattei / Alain Scaiola / Alexander Leitner / Philipp Bieri / Elke K Horn / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are large ribonucleoprotein complexes that synthesize proteins encoded by the mitochondrial genome. An extensive cellular machinery responsible for ribosome ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are large ribonucleoprotein complexes that synthesize proteins encoded by the mitochondrial genome. An extensive cellular machinery responsible for ribosome assembly has been described only for eukaryotic cytosolic ribosomes. Here we report that the assembly of the small mitoribosomal subunit in involves a large number of factors and proceeds through the formation of assembly intermediates, which we analyzed by using cryo-electron microscopy. One of them is a 4-megadalton complex, referred to as the small subunit assemblosome, in which we identified 34 factors that interact with immature ribosomal RNA (rRNA) and recognize its functionally important regions. The assembly proceeds through large-scale conformational changes in rRNA coupled with successive incorporation of mitoribosomal proteins, providing an example for the complexity of the ribosomal assembly process in mitochondria.
履歴
登録2019年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10175
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
CE: uS5m
CK: uS11m
Cn: mS38
FJ: mt-SAF18
FY: mt-SAF28
Fa: mt-SAF30
CA: 9S rRNA
CC: uS3m
CI: uS9m
CJ: uS10m
CN: uS14m
CS: uS19m
Cg: mS29
Ci: mS33
Ck: mS35
DB: mS49
DC: mS50
DE: mS52
DF: mS53
DG: mS54
DH: mS55 (KRIPP8)
DJ: mS57
DK: mS58
DT: mS67
DV: mS69
DW: mS70
DX: mS71
DY: mS72
F1: mt-SAF1 (RSM22)
F4: mt-SAF4
FD: mt-SAF12 (KRIPP18)
FF: mt-SAF14
FG: mt-SAF15
FH: mt-SAF16
FI: mt-SAF17
FK: mt-SAF19
FL: mt-SAF20
FV: mt-SAF25
Fe: mt-SAF34
Ua: UNK-a
Ub: UNK-b
Uc: UNK-c
Ud: UNK-d
Ue: UNK-e
Uf: UNK-f
Ug: UNK-g
Uh: UNK-h
Ui: UNK-i
Uj: UNK-j
Uk: UNK-k
Ul: UNK-l
Um: UNK-m
Ux: UNK-x
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,281,31062
ポリマ－2,279,66753
非ポリマー1,6439
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 43種, 43分子 CECKCnFJFYFaCCCICJCNCSCgCiCkDBDCDEDFDGDHDJDKDTDVDWDXDYF1F4FD...

#1: タンパク質 uS5m


分子量: 50147.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#2: タンパク質 uS11m


分子量: 37953.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q389T7
#3: タンパク質 mS38


分子量: 28240.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57VQ9
#4: タンパク質 mt-SAF18


分子量: 42508.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: D0A8R9
#5: タンパク質 mt-SAF28


分子量: 21468.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: A0A3L6L5M9
#6: タンパク質 mt-SAF30


分子量: 19659.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57VU7
#8: タンパク質 uS3m


分子量: 9070.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: uS3m of Trypanosoma brucei; encoded on mitochondrial DNA; GenBank: M94286.1
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#9: タンパク質 uS9m


分子量: 50201.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57W62
#10: タンパク質 uS10m


分子量: 94321.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#11: タンパク質 uS14m


分子量: 19900.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q580I0
#12: タンパク質 uS19m


分子量: 28364.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#13: タンパク質 mS29


分子量: 57048.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q585C2
#14: タンパク質 mS33


分子量: 21244.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57WW0
#15: タンパク質 mS35


分子量: 98377.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q387C7
#16: タンパク質 mS49


分子量: 137234.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#17: タンパク質 mS50


分子量: 131719.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#18: タンパク質 mS52


分子量: 84998.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q386Q7
#19: タンパク質 mS53


分子量: 75310.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#20: タンパク質 mS54


分子量: 72046.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#21: タンパク質 mS55 (KRIPP8)


分子量: 66676.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#22: タンパク質 mS57


分子量: 45956.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q584U8
#23: タンパク質 mS58


分子量: 35623.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#24: タンパク質 mS67


分子量: 30096.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q586G5
#25: タンパク質 mS69


分子量: 21589.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57UZ6
#26: タンパク質 mS70


分子量: 21247.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#27: タンパク質 mS71


分子量: 20093.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q383G5
#28: タンパク質 mS72


分子量: 19340.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57YD4
#29: タンパク質 mt-SAF1 (RSM22)


分子量: 119799.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q385R2
#30: タンパク質 mt-SAF4


分子量: 91549.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#31: タンパク質 mt-SAF12 (KRIPP18)


分子量: 65049.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q583U2
#32: タンパク質 mt-SAF14


分子量: 53320.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57W60
#33: タンパク質 mt-SAF15


分子量: 53273.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#34: タンパク質 mt-SAF16


分子量: 50911.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#35: タンパク質 mt-SAF17


分子量: 50147.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#36: タンパク質 mt-SAF19


分子量: 41236.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei / 株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57XS8
#37: タンパク質 mt-SAF20


分子量: 40293.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#38: タンパク質 mt-SAF25


分子量: 29470.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q38C60
#39: タンパク質 mt-SAF34


分子量: 14862.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei / 株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q387L0
#40: タンパク質 UNK-a


分子量: 5975.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#43: タンパク質 UNK-d


分子量: 5039.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#46: タンパク質 UNK-g


分子量: 14230.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#47: タンパク質 UNK-h


分子量: 21719.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#53: タンパク質 UNK-x


分子量: 9209.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 CA

#7: RNA鎖 9S rRNA


分子量: 256380.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 9S ribosomal RNA from Trypanosoma brucei. GenBank: X02547.1 and S66467.1
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427

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タンパク質・ペプチド , 9種, 9分子 UbUcUeUfUiUjUkUlUm

#41: タンパク質・ペプチド UNK-b


分子量: 3592.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#42: タンパク質・ペプチド UNK-c


分子量: 1039.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#44: タンパク質・ペプチド UNK-e


分子量: 2486.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#45: タンパク質・ペプチド UNK-f


分子量: 783.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#48: タンパク質・ペプチド UNK-i


分子量: 2741.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#49: タンパク質・ペプチド UNK-j


分子量: 1635.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#50: タンパク質・ペプチド UNK-k


分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#51: タンパク質・ペプチド UNK-l


分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#52: タンパク質・ペプチド UNK-m


分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427

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非ポリマー , 5種, 12分子

#54: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#55: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#56: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#57: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#58: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the head domain of the mt-SSU assemblosome from Trypanosoma brucei
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#53 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Head domain of the mitochondrial ribosomal small subunit assemblosome of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 100719 X
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
CTF補正詳細: On the fly in RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161661 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
詳細: Starting models of ribosomal proteins of the T. brucei mitochondrial ribosomal small subunit were taken from PDB 6HIW. Mitchondrial ribosomal small subunit assembly factors were built de novo.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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