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- PDB-6sga: Body domain of the mt-SSU assemblosome from Trypanosoma brucei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sga
タイトルBody domain of the mt-SSU assemblosome from Trypanosoma brucei
要素
  • 9S rRNA
  • UNK-A
  • UNK-B
  • UNK-C
  • UNK-D, UNK-M, UNK-Q
  • UNK-E, UNK-P
  • UNK-F
  • UNK-G
  • UNK-H
  • UNK-I
  • UNK-I, UNK-M
  • UNK-J
  • UNK-L
  • UNK-O
  • UNK-U
  • bS16m
  • bS18m
  • bS6m
  • mS22
  • mS23
  • mS26
  • mS34
  • mS38
  • mS41
  • mS51 (KRIPP1)
  • mS56
  • mS59
  • mS62 (KRIPP14)
  • mS63 (KRIPP16)
  • mS65
  • mS68
  • mS73
  • mt-SAF1 (RSM22)
  • mt-SAF10
  • mt-SAF11
  • mt-SAF13
  • mt-SAF14
  • mt-SAF18
  • mt-SAF2 (KRIPP2)
  • mt-SAF21
  • mt-SAF22 (KRIPP17)
  • mt-SAF23
  • mt-SAF24
  • mt-SAF26
  • mt-SAF27
  • mt-SAF28
  • mt-SAF29
  • mt-SAF3
  • mt-SAF30
  • mt-SAF31
  • mt-SAF32
  • mt-SAF33
  • mt-SAF5
  • mt-SAF6
  • mt-SAF7 (KRIPP10)
  • mt-SAF8
  • mt-SAF9
  • uS11m
  • uS15m
  • uS17m
  • uS5m
  • uS8m
キーワードRIBOSOME / mitochondrial ribosome / assembly intermediate / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / kinetoplast / quorum sensing / response to arsenic-containing substance / rRNA base methylation / ciliary plasm / mitochondrial small ribosomal subunit / acyl binding ...modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / kinetoplast / quorum sensing / response to arsenic-containing substance / rRNA base methylation / ciliary plasm / mitochondrial small ribosomal subunit / acyl binding / acyl carrier activity / iron-sulfur cluster binding / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / protein homooligomerization / potassium ion transport / fatty acid biosynthetic process / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / mRNA binding / mitochondrion / metal ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-cell activation inhibitor, mitochondrial / Domain of unknown function DUF4460 / Domain of unknown function (DUF4460) / Probable Zinc-ribbon domain / Probable Treble clef zinc finger domain / Ribosomal protein Rsm22-like / : / Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily ...T-cell activation inhibitor, mitochondrial / Domain of unknown function DUF4460 / Domain of unknown function (DUF4460) / Probable Zinc-ribbon domain / Probable Treble clef zinc finger domain / Ribosomal protein Rsm22-like / : / Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Small ribosomal subunit protein mS41 SAM domain / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Pentatricopeptide repeat domain / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Thioredoxin-like superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PM8 / PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Methyltransferase / Uncharacterized protein / Potassium voltage-gated channel, putative ...Chem-PM8 / PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Methyltransferase / Uncharacterized protein / Potassium voltage-gated channel, putative / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein mS41 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Target SNARE / Phosphotyrosine protein phosphatase I domain-containing protein / DUF4460 domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein / Uncharacterized protein / Glutaredoxin domain-containing protein / S-adenosyl-methyltransferase mraW-like protein, putative / Acyl carrier protein / Pentacotripeptide-repeat region of PRORP domain-containing protein / Treble clef zinc finger domain-containing protein / Succinate dehydrogenase assembly factor 3, mitochondrial / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Saurer, M. / Ramrath, D.J.F. / Niemann, M. / Calderaro, S. / Prange, C. / Mattei, S. / Scaiola, A. / Leitner, A. / Bieri, P. / Horn, E.K. ...Saurer, M. / Ramrath, D.J.F. / Niemann, M. / Calderaro, S. / Prange, C. / Mattei, S. / Scaiola, A. / Leitner, A. / Bieri, P. / Horn, E.K. / Leibundgut, M. / Boehringer, D. / Schneider, A. / Ban, N.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Mitoribosomal small subunit biogenesis in trypanosomes involves an extensive assembly machinery.
著者: Martin Saurer / David J F Ramrath / Moritz Niemann / Salvatore Calderaro / Céline Prange / Simone Mattei / Alain Scaiola / Alexander Leitner / Philipp Bieri / Elke K Horn / Marc Leibundgut / ...著者: Martin Saurer / David J F Ramrath / Moritz Niemann / Salvatore Calderaro / Céline Prange / Simone Mattei / Alain Scaiola / Alexander Leitner / Philipp Bieri / Elke K Horn / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / André Schneider / Nenad Ban /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are large ribonucleoprotein complexes that synthesize proteins encoded by the mitochondrial genome. An extensive cellular machinery responsible for ribosome ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) are large ribonucleoprotein complexes that synthesize proteins encoded by the mitochondrial genome. An extensive cellular machinery responsible for ribosome assembly has been described only for eukaryotic cytosolic ribosomes. Here we report that the assembly of the small mitoribosomal subunit in involves a large number of factors and proceeds through the formation of assembly intermediates, which we analyzed by using cryo-electron microscopy. One of them is a 4-megadalton complex, referred to as the small subunit assemblosome, in which we identified 34 factors that interact with immature ribosomal RNA (rRNA) and recognize its functionally important regions. The assembly proceeds through large-scale conformational changes in rRNA coupled with successive incorporation of mitoribosomal proteins, providing an example for the complexity of the ribosomal assembly process in mitochondria.
履歴
登録2019年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10177
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10177
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
CE: uS5m
CF: bS6m
CH: uS8m
CK: uS11m
CO: uS15m
CP: bS16m
CQ: uS17m
CR: bS18m
Ca: mS22
Cb: mS23
Cd: mS26
Cj: mS34
Cn: mS38
Cp: mS41
DD: mS51 (KRIPP1)
DI: mS56
DL: mS59
DO: mS62 (KRIPP14)
DP: mS63 (KRIPP16)
DR: mS65
DU: mS68
DZ: mS73
F2: mt-SAF2 (KRIPP2)
F3: mt-SAF3
F5: mt-SAF5
F6: mt-SAF6
F7: mt-SAF7 (KRIPP10)
F8: mt-SAF8
F9: mt-SAF9
FA: mt-SAF10
FB: mt-SAF11
FC: mt-SAF11
FE: mt-SAF13
FJ: mt-SAF18
FM: mt-SAF21
FN: mt-SAF21
FO: mt-SAF22 (KRIPP17)
FP: mt-SAF23
FQ: mt-SAF24
FR: mt-SAF24
FS: mt-SAF24
FT: mt-SAF24
FU: mt-SAF24
FW: mt-SAF26
FX: mt-SAF27
FY: mt-SAF28
FZ: mt-SAF29
Fa: mt-SAF30
Fb: mt-SAF31
Fc: mt-SAF32
Fd: mt-SAF33
UA: UNK-A
UB: UNK-B
UC: UNK-C
UD: UNK-D, UNK-M, UNK-Q
UE: UNK-E, UNK-P
UF: UNK-F
UG: UNK-G
UH: UNK-H
UI: UNK-I, UNK-M
UJ: UNK-J
UL: UNK-L
UM: UNK-D, UNK-M, UNK-Q
UN: UNK-I, UNK-M
UO: UNK-O
UP: UNK-E, UNK-P
UQ: UNK-D, UNK-M, UNK-Q
UU: UNK-U
UY: UNK-I
CA: 9S rRNA
F1: mt-SAF1 (RSM22)
FF: mt-SAF14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,643,87779
ポリマ－2,643,12272
非ポリマー7547
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 48種, 54分子 CECFCHCKCOCPCQCRCaCbCdCjCnCpDDDIDLDODPDRDUDZF2F3F5F6F7F8F9FA...

#1: タンパク質 uS5m


分子量: 50147.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#2: タンパク質 bS6m


分子量: 18861.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q38BW5
#3: タンパク質 uS8m


分子量: 32766.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#4: タンパク質 uS11m


分子量: 37953.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q389T7
#5: タンパク質 uS15m


分子量: 50401.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q4GZ99
#6: タンパク質 bS16m


分子量: 22077.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q384N9
#7: タンパク質 uS17m


分子量: 39012.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence; C-terminal PTP-tag
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#8: タンパク質 bS18m


分子量: 36988.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#9: タンパク質 mS22


分子量: 73064.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q38DR3
#10: タンパク質 mS23


分子量: 35358.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#11: タンパク質 mS26


分子量: 51136.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q38DK6
#12: タンパク質 mS34


分子量: 28728.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57UK0
#13: タンパク質 mS38


分子量: 28240.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57VQ9
#14: タンパク質 mS41


分子量: 22421.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q389L3
#15: タンパク質 mS51 (KRIPP1)


分子量: 95080.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#16: タンパク質 mS56


分子量: 47306.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#17: タンパク質 mS59


分子量: 35395.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#18: タンパク質 mS62 (KRIPP14)


分子量: 32068.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q383D1
#19: タンパク質 mS63 (KRIPP16)


分子量: 31922.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#20: タンパク質 mS65


分子量: 30617.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#21: タンパク質 mS68


分子量: 26472.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#22: タンパク質 mS73


分子量: 11360.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q587C4
#23: タンパク質 mt-SAF2 (KRIPP2)


分子量: 116189.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#24: タンパク質 mt-SAF3


分子量: 106621.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q38E61
#25: タンパク質 mt-SAF5


分子量: 86949.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#26: タンパク質 mt-SAF6


分子量: 76781.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q38FQ8
#27: タンパク質 mt-SAF7 (KRIPP10)


分子量: 76675.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57UW6
#28: タンパク質 mt-SAF8


分子量: 76725.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#29: タンパク質 mt-SAF9


分子量: 69781.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#30: タンパク質 mt-SAF10


分子量: 69306.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q386U1
#31: タンパク質 mt-SAF11


分子量: 64916.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#32: タンパク質 mt-SAF13


分子量: 63690.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#33: タンパク質 mt-SAF18


分子量: 42508.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#34: タンパク質 mt-SAF21


分子量: 39610.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#35: タンパク質 mt-SAF22 (KRIPP17)


分子量: 39132.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q389F9
#36: タンパク質 mt-SAF23


分子量: 38240.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#37: タンパク質
mt-SAF24


分子量: 34648.047 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q387P8
#38: タンパク質 mt-SAF26


分子量: 30538.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q38FI3
#39: タンパク質 mt-SAF27


分子量: 26936.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57YK5
#40: タンパク質 mt-SAF28


分子量: 21468.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#41: タンパク質 mt-SAF29


分子量: 20048.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#42: タンパク質 mt-SAF30


分子量: 19659.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57VU7
#43: タンパク質 mt-SAF31


分子量: 17673.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q581U4
#44: タンパク質 mt-SAF32


分子量: 16550.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57WW9
#45: タンパク質 mt-SAF33


分子量: 16291.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q581T4
#59: タンパク質 UNK-I


分子量: 39847.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#61: タンパク質 mt-SAF1 (RSM22)


分子量: 119799.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q385R2
#62: タンパク質 mt-SAF14


分子量: 53320.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427; sequence accessible on TriTrypDB; where necessary, the reference strain TREU927 was used to complete the sequence
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427 / 参照: UniProt: Q57W60

-
タンパク質・ペプチド , 13種, 17分子 UAUBUCUDUMUQUEUPUFUGUHUIUNUJULUOUU

#46: タンパク質・ペプチド UNK-A


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#47: タンパク質・ペプチド UNK-B


分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#48: タンパク質・ペプチド UNK-C


分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#49: タンパク質・ペプチド UNK-D, UNK-M, UNK-Q


分子量: 783.958 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#50: タンパク質・ペプチド UNK-E, UNK-P


分子量: 3847.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#51: タンパク質・ペプチド UNK-F


分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#52: タンパク質・ペプチド UNK-G


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#53: タンパク質・ペプチド UNK-H


分子量: 443.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#54: タンパク質・ペプチド UNK-I, UNK-M


分子量: 698.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#55: タンパク質・ペプチド UNK-J


分子量: 1379.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#56: タンパク質・ペプチド UNK-L


分子量: 1890.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#57: タンパク質・ペプチド UNK-O


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
#58: タンパク質・ペプチド UNK-U


分子量: 2060.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427

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RNA鎖 , 1種, 1分子 CA

#60: RNA鎖 9S rRNA


分子量: 151505.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 9S ribosomal RNA from Trypanosoma brucei. GenBank: X02547.1 and S66467.1 Sequence of 3'-major domain omitted.
由来: (天然) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427

-
非ポリマー , 4種, 7分子

#63: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#64: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#65: 化合物 ChemComp-PM8 / S-(2-{[N-(2-HYDROXY-4-{[HYDROXY(OXIDO)PHOSPHINO]OXY}-3,3-DIMETHYLBUTANOYL)-BETA-ALANYL]AMINO}ETHYL) DECANETHIOATE


分子量: 496.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H41N2O7PS
#66: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Body domain of the mt-SSU assemblosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#62 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: Lister strain 427
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Body domain of the mitochondrial ribosomal small subunit assemblosome of Trypanosoma brucei brucei Lister strain 427
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 100719 X
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
12RELION３次元再構成
CTF補正詳細: On the fly in RELION / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161661 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
詳細: Starting models of ribosomal proteins of the T. brucei mitochondrial ribosomal small subunit were taken from PDB 6HIW. Mitchondrial ribosomal small subunit assembly factors were built de novo.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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