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- PDB-6sdw: Solution structure of Staufen1 dsRBD3+4 - hARF1 SBS dsRNA complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sdw
タイトルSolution structure of Staufen1 dsRBD3+4 - hARF1 SBS dsRNA complex.
要素
  • Double-stranded RNA-binding protein Staufen homolog 1
  • hARF1 SBS dsRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / dsRBD-dsRNA binding protein / Staufen1 protein / Staufen mediated mRNA decay / NMR structure of RNA-protein complex / RNA binding domain.
機能・相同性
機能・相同性情報


lncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / anterograde dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / modification of postsynaptic structure / intracellular mRNA localization / protein phosphatase 1 binding / protein localization to synapse / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / microtubule associated complex / germ cell development / positive regulation of viral genome replication ...lncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / anterograde dendritic transport of messenger ribonucleoprotein complex / modification of postsynaptic structure / intracellular mRNA localization / protein phosphatase 1 binding / protein localization to synapse / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / microtubule associated complex / germ cell development / positive regulation of viral genome replication / rough endoplasmic reticulum / dendrite cytoplasm / positive regulation of long-term synaptic potentiation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / double-stranded RNA binding / cellular response to oxidative stress / cell body / neuron projection / neuronal cell body / mRNA binding / dendrite / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / RNA binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Staufen 1, third double-stranded RNA binding domain / Staufen, C-terminal / : / Staufen C-terminal domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain ...Staufen 1, third double-stranded RNA binding domain / Staufen, C-terminal / : / Staufen C-terminal domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Double-stranded RNA-binding protein Staufen homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing / na
データ登録者Yadav, D.K. / Lukavsky, P.J.
資金援助 チェコ, ドイツ, ベルギー, 4件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic18-08153S チェコ
European Molecular Biology Organization3014 ドイツ
European CommissionPCIG14-GA-2013-630758 ベルギー
Ministry of Education (Czech Republic)LQ1601 チェコ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Staufen1 reads out structure and sequence features in ARF1 dsRNA for target recognition.
著者: Yadav, D.K. / Zigackova, D. / Zlobina, M. / Klumpler, T. / Beaumont, C. / Kubickova, M. / Vanacova, S. / Lukavsky, P.J.
履歴
登録2019年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-stranded RNA-binding protein Staufen homolog 1
B: hARF1 SBS dsRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6712
ポリマ－30,6712
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4700 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area16590 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy and restraint violation
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Double-stranded RNA-binding protein Staufen homolog 1


分子量: 19771.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAU1, STAU / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O95793
#2: RNA鎖 hARF1 SBS dsRNA


分子量: 10899.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)

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実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-15N HSQC
131isotropic32D 1H-15N HSQC
142isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
152isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
162isotropic13D HNCA
172isotropic13D HNCO
182isotropic13D CBCA(CO)NH
192isotropic13D HN(CA)CB
1102isotropic13D HBHA(CO)NH
1112isotropic13D (H)CC(CO)NH-TOCSY
1122isotropic13D CC(CO)NH-TOCSY
1132isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1142isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1151isotropic33D 1H-15N NOESY
1166isotropic22D 1H-1H, 13C 2F-filtered NOESY
1176isotropic23D 13C 1F-filtered 2F-edited HSQC-NOESY
1185isotropic23D 1H-13C NOESY ribose
1193isotropic22D 1H-1H TOCSY
1203isotropic22D 1H-1H NOESY
1214isotropic22D 1H-13C HSQC
1224isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1234isotropic23D 1H-13C NOESY
1244isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1256isotropic22D 13C 1F-filtered 2F-filtered NOESY
1265isotropic22D 1H-13C HSQC
1277isotropic22D 1H-1H TOCSY
1287isotropic22D 1H-1H NOESY
1294isotropic23D (H)CCH-COSY aromatic
1308isotropic12D 1H-15N HSQC
1318isotropic22D 1H-15N HSQC
1328isotropic32D 1H-15N HSQC
1339isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1349isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1359isotropic13D HNCA
1369isotropic13D HNCO
1379isotropic13D CBCA(CO)NH
1389isotropic13D HN(CA)CB
1399isotropic13D HBHA(CO)NH
1409isotropic13D HA(CO)NH
1419isotropic13D (H)CC(CO)NH-TOCSY
1429isotropic13D CC(CO)NH-TOCSY
14310isotropic23D (H)CCH-TOCSY
14410isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1459isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1469isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
14710isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
14810isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1499isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1508isotropic33D 1H-15N NOESY
15111isotropic22D 1H-1H, 13C 2F-filtered NOESY
15211isotropic22D 1H-1H, 13C 1F-filtered 2F-filtered NOESY
15311isotropic23D 13C 1F-filtered 2F-edited HSQC-NOESY
1542isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1552isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1566isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
1574isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
1585isotropic22D 1H-13C HSQC ribose
1595isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1310 uM [U-15N] Staufen1 dsRBD4, 310 uM Unlabelled hARF1, 90-95% H2O/5-10% D2OIn protein-dsRNA complex, protein was 15N_labelled and dsRNA was unlabelled.15N_dsRBD4 and unlabelled dsRNA90-95% H2O/5-10% D2O
solution2405 uM [U-13C; U-15N] Staufen1 dsRBD4, 405 uM Unlabelled hARF1, 90-95% H2O/5-10% D2OIn protein-dsRNA complex, protein was 15N_13C_labelled and dsRNA was unlabelled .15N_13C_dsRBD4 and unlabelled dsRNA90-95% H2O/5-10% D2O
solution3310 uM Unlabelled hARF1, 90-95% H2O/5-10% D2OSample used to measure spectrum for dsRNA assignment.Unlabelled dsRNA90-95% H2O/5-10% D2O
solution4478 uM [U-13C] hARF1, 100% D2OSample used to measure spectrum for dsRNA assignment.13C_dsRNA100% D2O
solution5354 uM [U-15N] Staufen1 dsRBD4, 354 uM [U-13C] hARF1, 100% D2OSample were used for inter molecular NOEs assignments15N_dsRBD4 and 13C_dsRNA100% D2O
solution6451 uM [U-13C; U-15N] Staufen1 dsRDB4, 451 uM Unlabelled hARF1, 100% D2OIn protein-dsRNA complex, protein was 15N_13C_labelled + dsRNA was unlabelled (sample were used for inter molecular NOEs assignments)15N_13C_dsRBD4 + unlabelled dsRNA100% D2O
solution7310 uM Unlabelled hARF1, 100% D2OSample used to measure spectrum for dsRNA assignment.Unlabelled_dsRNA100% D2O
solution8417 uM [U-15N] Staufen1 dsRBD3, 417 uM Unlabelled hARF1, 90-95% H2O/5-10% D2OIn protein-dsRNA complex, protein was 15N_labelled and dsRNA was unlabelled.15N_dsRBD3 and unlabelled dsRNA90-95% H2O/5-10% D2O
solution9458 uM [U-13C; U-15N] Staufen1 dsRBD3, 458 uM Unlabelled hARF1, 90-95% H2O/5-10% D2OIn protein-dsRNA complex, protein was 15N_13C_labelled and dsRNA was unlabelled .15N_13C_dsRBD3 and unlabelled dsRNA90-95% H2O/5-10% D2O
solution10458 uM [U-13C; U-15N] Staufen1 dsRBD3, 458 uM Unlabelled hARF1, 100% D2OIn protein-dsRNA complex, protein was 15N_13C_labelled + dsRNA was unlabelled.15N_13C_dsRBD3 + unlabelled dsRNA100% D2O
solution11157 uM [U-13C; U-15N] Staufen1 dsRBD3, 157 uM Unlabelled Staufen1 dsRBD4, 157 uM Unlabelled hARF1, 100% D2OIn protein-dsRNA complex, 15N_13C labelled dsRBD3 were ligated with unlabelled dsRBD4. protein-dsRNA complex was prepared by mixing ligated dsRBD3+4 with unlabelled dsRNA (sample were used for inter molecular NOEs assignments)ligated 15N_13C_dsRBD3_with unlabelled dsRBD4 and unlabelled dsRNA100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
310 uMStaufen1 dsRBD4[U-15N]1
310 uMhARF1Unlabelled1
405 uMStaufen1 dsRBD4[U-13C; U-15N]2
405 uMhARF1Unlabelled2
310 uMhARF1Unlabelled3
478 uMhARF1[U-13C]4
354 uMStaufen1 dsRBD4[U-15N]5
354 uMhARF1[U-13C]5
451 uMStaufen1 dsRDB4[U-13C; U-15N]6
451 uMhARF1Unlabelled6
310 uMhARF1Unlabelled7
417 uMStaufen1 dsRBD3[U-15N]8
417 uMhARF1Unlabelled8
458 uMStaufen1 dsRBD3[U-13C; U-15N]9
458 uMhARF1Unlabelled9
458 uMStaufen1 dsRBD3[U-13C; U-15N]10
458 uMhARF1Unlabelled10
157 uMStaufen1 dsRBD3[U-13C; U-15N]11
157 uMStaufen1 dsRBD4Unlabelled11
157 uMhARF1Unlabelled11
試料状態詳細: NMR spectrum for dsRBD4-dsRNA, dsRBD3-dsRNA complex, dsRBD3_labelled_dsRBD4_unlabelled-dsRNA complex, and free dsRNA were measured in condition mentioned below. Buffer composition was: 50mM K- ...詳細: NMR spectrum for dsRBD4-dsRNA, dsRBD3-dsRNA complex, dsRBD3_labelled_dsRBD4_unlabelled-dsRNA complex, and free dsRNA were measured in condition mentioned below. Buffer composition was: 50mM K-phosphate pH 6.5 + 250uM EDTA
イオン強度: 50 mM / Label: Condition_1 / pH: 6.5 / 圧: ambient atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AmberAMBER14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAcyana-3.98.5Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAcara_1.8.4Keller, Damberger and Wuthrichchemical shift assignment
CARAcara_1.8.4Keller, Damberger and Wuthrichpeak picking
SparkySPARKY3Goddard and Knellerchemical shift assignment
ATNOS-CANDIDUNIO 2.0.3Herrmann and Guntertstructure calculation
SparkySPARKY3Goddard and Knellerpeak picking
TopSpinTOPSPIN3.2Bruker Biospincollection
TopSpinTOPSPIN3.2Bruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thornton精密化
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
na11
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy and restraint violation
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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