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- PDB-6s9o: Designed Armadillo Repeat protein internal Lock1 fused to target ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s9o
タイトルDesigned Armadillo Repeat protein internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
要素designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
キーワードDE NOVO PROTEIN / peptide binder / repeat protein / designed armadillo repeat protein
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Ernst, P. / Zosel, F. / Reichen, C. / Schuler, B. / Pluckthun, A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structure-Guided Design of a Peptide Lock for Modular Peptide Binders.
著者: Ernst, P. / Zosel, F. / Reichen, C. / Nettels, D. / Schuler, B. / Pluckthun, A.
履歴
登録2019年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
B: designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
C: designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
D: designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
E: designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
F: designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,11432
ポリマ－215,8526
非ポリマー1,26226
水39622
1
A: designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3008
ポリマ－35,9751
非ポリマー3257
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1624
ポリマ－35,9751
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1805
ポリマ－35,9751
非ポリマー2044
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0964
ポリマ－35,9751
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3629
ポリマ－35,9751
非ポリマー3878
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0152
ポリマ－35,9751
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.700, 82.400, 191.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 11 through 74 or resid 76...
21(chain B and (resid 11 through 74 or resid 76...
31(chain C and (resid 11 through 74 or resid 76...
41(chain D and (resid 11 through 74 or resid 76...
51(chain E and (resid 11 through 74 or resid 76...
61(chain F and (resid 11 through 74 or resid 76...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEU(chain A and (resid 11 through 74 or resid 76...AA11 - 744 - 67
12ALAALALEULEU(chain A and (resid 11 through 74 or resid 76...AA76 - 16169 - 154
13ASNASNLEULEU(chain A and (resid 11 through 74 or resid 76...AA163 - 203156 - 196
14PROPROARGARG(chain A and (resid 11 through 74 or resid 76...AA9 - 3512 - 344
15ASNASNLEULEU(chain A and (resid 11 through 74 or resid 76...AA247 - 332240 - 325
16LYSLYSARGARG(chain A and (resid 11 through 74 or resid 76...AA342 - 351335 - 344
21SERSERLEULEU(chain B and (resid 11 through 74 or resid 76...BB11 - 744 - 67
22ALAALALEULEU(chain B and (resid 11 through 74 or resid 76...BB76 - 16169 - 154
23ASNASNLEULEU(chain B and (resid 11 through 74 or resid 76...BB163 - 203156 - 196
24SERSERARGARG(chain B and (resid 11 through 74 or resid 76...BB11 - 3514 - 344
25ASNASNLEULEU(chain B and (resid 11 through 74 or resid 76...BB247 - 332240 - 325
26LYSLYSARGARG(chain B and (resid 11 through 74 or resid 76...BB342 - 351335 - 344
31SERSERLEULEU(chain C and (resid 11 through 74 or resid 76...CC11 - 744 - 67
32ALAALALEULEU(chain C and (resid 11 through 74 or resid 76...CC76 - 16169 - 154
33ASNASNLEULEU(chain C and (resid 11 through 74 or resid 76...CC163 - 203156 - 196
34ASNASNLEULEU(chain C and (resid 11 through 74 or resid 76...CC205 - 245198 - 238
35ASNASNARGARG(chain C and (resid 11 through 74 or resid 76...CC247 - 351240 - 344
41SERSERLEULEU(chain D and (resid 11 through 74 or resid 76...DD11 - 744 - 67
42ALAALALEULEU(chain D and (resid 11 through 74 or resid 76...DD76 - 16169 - 154
43ASNASNLEULEU(chain D and (resid 11 through 74 or resid 76...DD163 - 203156 - 196
44ASNASNLEULEU(chain D and (resid 11 through 74 or resid 76...DD205 - 245198 - 238
45SERSERARGARG(chain D and (resid 11 through 74 or resid 76...DD11 - 3514 - 344
51SERSERLEULEU(chain E and (resid 11 through 74 or resid 76...EE11 - 744 - 67
52ALAALALEULEU(chain E and (resid 11 through 74 or resid 76...EE76 - 16169 - 154
53ASNASNLEULEU(chain E and (resid 11 through 74 or resid 76...EE163 - 203156 - 196
54ASNASNLEULEU(chain E and (resid 11 through 74 or resid 76...EE205 - 245198 - 238
55SERSERARGARG(chain E and (resid 11 through 74 or resid 76...EE11 - 3514 - 344
61SERSERLEULEU(chain F and (resid 11 through 74 or resid 76...FF11 - 744 - 67
62ALAALALEULEU(chain F and (resid 11 through 74 or resid 76...FF76 - 16169 - 154
63ASNASNLEULEU(chain F and (resid 11 through 74 or resid 76...FF163 - 203156 - 196
64ASNASNLEULEU(chain F and (resid 11 through 74 or resid 76...FF205 - 245198 - 238
65PROPROARGARG(chain F and (resid 11 through 74 or resid 76...FF9 - 3512 - 344

-
要素

#1: タンパク質
designed Armadillo repeat protein with internal Lock1 fused to target peptide KRKRKLKFKR


分子量: 35975.371 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.59 %
結晶化温度: 277.14 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 25 % PEG smear low 0.04 M CaCl2, 0.04 M Na-formate 0.1 M Tris pH 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→48.453 Å / Num. obs: 44419 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.918 % / Biso Wilson estimate: 69.217 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.307 / Rrim(I) all: 0.332 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 5.82 / Num. measured all: 307274 / Scaling rejects: 101
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.17-3.257.0341.9350.9523220333033010.7932.0999.1
3.25-3.347.0351.8550.9922336321231750.7332.00498.8
3.34-3.446.9921.7191.1221534313430800.7781.85898.3
3.44-3.546.8371.3161.4520470304629940.7851.42598.3
3.54-3.666.7211.0091.8919477294828980.8671.09498.3
3.66-3.796.5650.8082.4418422286628060.8950.87897.9
3.79-3.936.0690.6492.9616338279026920.9460.7196.5
3.93-4.095.5510.5353.3813821265824900.9490.5993.7
4.09-4.276.5530.4044.6416539256325240.9770.43898.5
4.27-4.487.4580.2866.8817937241524050.9880.30799.6
4.48-4.737.4430.2417.8317118232123000.990.2699.1
4.73-5.017.4240.2517.516289220321940.9910.2799.6
5.01-5.367.4460.3146.3915554209020890.9840.337100
5.36-5.797.4510.316.7414387193119310.9830.333100
5.79-6.347.3890.2717.713211178817880.9810.291100
6.34-7.097.2980.17411.3311874162716270.990.187100
7.09-8.197.230.08717.9410360143314330.9980.094100
8.19-10.027.0730.05924.458544122112080.9980.06498.9
10.02-14.186.8850.04827.3365419649500.9990.05298.5
14.18-48.4536.1840.0525.0533025525340.9990.05596.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.17→48.453 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2915 2211 5 %
Rwork0.2349 --
obs0.2378 44262 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 322.64 Å2 / Biso mean: 91.4222 Å2 / Biso min: 21.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.17→48.453 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15023 0 116 22 15161
Biso mean--89.71 34.09 -
残基数----2034
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8958X-RAY DIFFRACTION11.62TORSIONAL
12B8958X-RAY DIFFRACTION11.62TORSIONAL
13C8958X-RAY DIFFRACTION11.62TORSIONAL
14D8958X-RAY DIFFRACTION11.62TORSIONAL
15E8958X-RAY DIFFRACTION11.62TORSIONAL
16F8958X-RAY DIFFRACTION11.62TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.1701-3.2390.37411390.3505263798
3.239-3.31440.38761360.3444256698
3.3144-3.39720.3891330.3367258798
3.3972-3.48910.38911390.336263598
3.4891-3.59170.35191370.2978259098
3.5917-3.70760.31791370.2879259398
3.7076-3.840.36891370.2708260197
3.84-3.99370.34271320.2557250194
3.9937-4.17540.31151340.2529253995
4.1754-4.39540.27311390.2179265399
4.3954-4.67060.2511410.2019267499
4.6706-5.03080.28411380.203263199
5.0308-5.53650.33571420.24052710100
5.5365-6.33610.30231420.23442679100
6.3361-7.9770.26231420.19942709100
7.977-48.4530.1931430.1624274698
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.28212.4369-1.16865.1649-3.62422.63650.9905-0.0750.89341.0827-0.86310.2764-0.77120.76830.10530.9983-0.23380.19940.8691-0.04270.5711-47.3238-54.988440.9695
26.78532.4479-1.08077.4528-1.56714.8832-0.1516-0.26-0.46480.20080.5320.78290.58710.11180.14080.6509-0.07980.11090.89980.02130.359-46.4961-52.959130.978
37.07022.2815-2.01558.4752-1.82093.23550.35110.12750.3229-0.7115-0.1083-0.3823-0.9246-0.4402-0.00520.56270.2271-0.07560.65030.02970.3861-43.1299-44.746428.6778
44.0488-0.96-3.04482.4776-0.29383.29240.02830.16010.1349-0.26070.1608-0.0071-0.77120.1026-0.16830.74510.0328-0.00310.4039-0.01790.4172-30.8531-34.570515.8257
55.5705-1.4293-1.77932.65130.72844.11630.26930.16310.0535-0.4603-0.2268-0.1969-0.49980.06-0.22720.701-0.13950.09530.6570.01020.4365-14.8435-37.2150.0659
65.5022-2.5832-1.56924.083-0.28885.19370.0780.5979-0.4334-0.2168-0.2475-0.06320.6502-0.46490.21771.0599-0.06160.02861.0537-0.03490.6082-7.956-48.3838-5.1935
73.948-1.4807-1.14452.25051.03420.47550.1682-0.0252-0.70570.6384-0.62370.4071-0.07210.94770.51590.60340.1369-0.08130.43870.06420.5934-27.0721-45.65929.7084
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199.29221.40597.72194.39840.05786.63-1.8489-3.25821.58061.49770.596-0.2897-1.9716-1.72030.5822.60480.36740.5492.20110.04511.2547-48.4068.468576.4147
202.8011.87613.47482.9074.40376.2939-0.1513-1.16280.9723-0.8499-1.38080.1038-2.1545-3.07231.73081.22270.3352-0.00251.4025-0.31581.0991-56.763-1.473763.8296
218.1044.13233.17069.5863-1.25944.0510.3309-2.78120.18962.7653-0.69220.427-1.906-0.20610.11170.4436-0.04770.11421.2821-0.05180.6899-64.740811.163648.3894
228.3883.92033.22999.03351.91419.03060.24890.37890.0592-0.7325-0.23140.3292-0.1805-1.01540.20030.51220.19130.14380.59850.01040.4693-62.982211.400438.3432
239.41053.31343.56635.92011.93928.96850.2110.59-0.69990.10720.0957-0.0867-0.2277-0.5176-0.20770.6518-0.01120.11830.4662-0.00340.3832-54.73048.632635.6363
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269.67680.7973-2.03581.6055-2.00442.8302-1.54341.8091-1.197-0.47380.8863-0.241.3773-1.6050.27171.2682-0.07950.16051.0516-0.15610.697-53.3798-22.32118.3165
277.070.57081.2627.52852.86071.2294-2.43730.9795-1.5046-2.11310.867-1.71052.5213-1.67161.29962.3671-0.42860.73081.9087-0.22511.4007-54.3767-23.6286-1.7216
286.01881.659-3.53821.4145-0.88551.8935-0.87721.0533-0.4312-0.15380.46740.22382.1964-0.55360.65621.5245-0.09140.22361.04680.1170.8263-60.2106-12.553110.6927
294.48234.01710.13497.5134-3.85794.67020.2467-0.06850.32820.8813-0.05690.6174-0.92970.1902-0.22510.59140.11150.11440.721-0.0450.5884-40.5539-9.3271109.558
305.6063-0.75872.06512.8510.06357.55070.0436-0.00420.0426-0.1953-0.10660.1270.3135-0.03110.08750.4083-0.05210.03040.6217-0.06560.3953-55.9708-20.65290.0614
313.0517-2.7192-2.78817.2477-0.49726.27010.36250.2350.0644-0.6752-0.27290.2856-0.6112-0.4966-0.02150.610.0766-0.10031.3502-0.01570.4854-70.9294-10.656972.9086
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347.9163-2.8591-0.04499.22261.86231.7973-0.5632-0.6361-0.19311.50860.97360.2121-0.77420.2048-0.43011.13580.27120.21181.26850.04430.6632-17.5266-33.648994.1268
351.32361.41130.58432.37371.89383.71830.1793-0.2378-0.0520.0866-0.0618-0.1235-0.18591.1049-0.12090.48070.16890.02491.108-0.02610.5218-12.6199-50.878679.2701
363.95252.05541.17311.7676-0.0274.4761-0.22090.22520.0833-0.38530.0688-0.1360.00120.21260.08820.68930.23050.04280.6428-0.01030.4984-28.8007-63.551660.0434
375.3611.68832.74834.91382.46243.8058-0.6056-0.8208-0.01651.08370.47250.60861.0982-0.56770.30240.7282-0.17240.05550.88690.02090.589-23.4283-49.763370.3422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 39 )A9 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 66 )A40 - 66
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 67 through 108 )A67 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 109 through 234 )A109 - 234
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 235 through 305 )A235 - 305
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 306 through 333 )A306 - 333
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 334 through 351 )A334 - 351
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 11 through 39 )B11 - 39
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 40 through 66 )B40 - 66
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 67 through 108 )B67 - 108
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 109 through 150 )B109 - 150
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 151 through 207 )B151 - 207
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 208 through 276 )B208 - 276
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 277 through 292 )B277 - 292
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 293 through 318 )B293 - 318
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 319 through 351 )B319 - 351
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 8 through 124 )C8 - 124
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 125 through 291 )C125 - 291
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 292 through 318 )C292 - 318
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 319 through 351 )C319 - 351
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 11 through 39 )D11 - 39
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 40 through 66 )D40 - 66
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 67 through 108 )D67 - 108
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 109 through 150 )D109 - 150
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 151 through 263 )D151 - 263
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 264 through 290 )D264 - 290
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 291 through 318 )D291 - 318
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 319 through 351 )D319 - 351
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 11 through 108 )E11 - 108
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 109 through 234 )E109 - 234
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 235 through 318 )E235 - 318
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 319 through 351 )E319 - 351
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 9 through 41 )F9 - 41
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 42 through 82 )F42 - 82
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 83 through 234 )F83 - 234
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 235 through 334 )F235 - 334
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 335 through 351 )F335 - 351

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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