[日本語] English
万見
- PDB-4mbo: 1.65 Angstrom Crystal Structure of Serine-rich Repeat Adhesion Gl... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mbo
タイトル1.65 Angstrom Crystal Structure of Serine-rich Repeat Adhesion Glycoprotein (Srr1) from Streptococcus agalactiae
要素Serine-rich Repeat Adhesion Glycoprotein (Srr1)
キーワードPROTEIN BINDING / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Structural Genomics / Serine-rich Repeat / Srr1 / Fibrinogen Binding Glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


keratin filament binding / symbiont entry into host / cell adhesion / cell surface / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / Immunoglobulin-like - #1290 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Immunoglobulin-like - #1280 / Fibrogen-binding domain 1 / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide ...Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Serine-rich repeat adhesion glycoprotein / Immunoglobulin-like - #1290 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Immunoglobulin-like - #1280 / Fibrogen-binding domain 1 / KxYKxGKxW signal peptide / KxYKxGKxW signal peptide / Adhesion domain superfamily / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Seo, H.S. / Seepersaud, R. / Doran, K.S. / Iverson, T.M. / Sullam, P.M. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Characterization of Fibrinogen Binding by Glycoproteins Srr1 and Srr2 of Streptococcus agalactiae.
著者: Seo, H.S. / Minasov, G. / Seepersaud, R. / Doran, K.S. / Dubrovska, I. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Iverson, T.M. / Sullam, P.M.
履歴
登録2013年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22014年1月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine-rich Repeat Adhesion Glycoprotein (Srr1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2337
ポリマ－37,8001
非ポリマー4346
水7,873437
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Serine-rich Repeat Adhesion Glycoprotein (Srr1)
ヘテロ分子

A: Serine-rich Repeat Adhesion Glycoprotein (Srr1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,46714
ポリマ－75,5992
非ポリマー86712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area28650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.356, 83.235, 57.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-808-

HOH

21A-1000-

HOH

31A-1048-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Serine-rich Repeat Adhesion Glycoprotein (Srr1)


分子量: 37799.711 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 311-641 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
株: NEM316 / 遺伝子: gbs1529 / プラスミド: pET 28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8E473
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein: 7.6mg/mL, 0.5M Sodium cloride, 0.01M Tris-HCl, pH 8.3. Screen: PACT (B11), 0.2M Calcium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 6.0, 20% (w/v) PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月3日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si {1,1,1} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. all: 42747 / Num. obs: 42747 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2121 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0046精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1R17

1r17


解像度: 1.65→28.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.186 / SU ML: 0.057 / Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually I / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18721 2141 5 %RANDOM
Rwork0.15375 ---
obs0.15537 40447 99.52 %-
all-40447 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.064 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å20 Å2
2---0.81 Å2-0 Å2
3---0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→28.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2405 0 20 437 2862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022708
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5541.9613706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69635880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6565358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.73226.441118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.20315486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.019157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.023196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5181.5821369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5151.581368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4072.3581748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4062.361749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3251.8441339
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3241.8461340
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4992.671959
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.78815.1323358
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.60513.8183107
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 129 -
Rwork0.193 3004 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73810.4465-0.0191.10140.52691.14680.0888-0.04620.10810.02840.01570.0941-0.1219-0.0754-0.10440.02950.01340.02990.03270.01430.036131.430114.44221.4085
20.9723-0.20621.10890.0646-0.171.61780.0533-0.0633-0.1325-0.00580.02550.0310.0381-0.0819-0.07880.0454-0.0047-0.01810.05310.00990.063621.86690.84444.2094
31.96330.0361.34691.72380.20211.9098-0.07790.0091-0.08040.01530.0610.0588-0.0703-0.04250.0170.02350.00360.01290.03820.00310.015813.42468.5729-11.2178
41.3138-0.12080.63430.9555-0.07831.1818-0.06970.06990.01630.0220.0181-0.076-0.06740.06210.05160.02190.0008-0.00080.0398-0.00080.008718.924211.9527-12.1512
53.79850.76723.01671.34860.55444.1698-0.1794-0.29740.04040.07640.0750.1723-0.2624-0.33310.10440.03660.02920.00780.04940.00440.03687.16158.1671-8.544
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A317 - 441
2X-RAY DIFFRACTION2A442 - 490
3X-RAY DIFFRACTION3A491 - 531
4X-RAY DIFFRACTION4A532 - 607
5X-RAY DIFFRACTION5A608 - 627

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る