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- PDB-6s8y: Crystal structure of cytochrome c in complex with a sulfonated qu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s8y
タイトルCrystal structure of cytochrome c in complex with a sulfonated quinoline-derived foldamer
要素Cytochrome c iso-1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Charge interactions / cytochrome c / protein assembly / protein recognition / quinoline foldamer
機能・相同性
機能・相同性情報


Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / mitochondrial intermembrane space / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HEME C / Chem-L0T / Cytochrome c isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Alex, J.M. / Corvaglia, V. / Hu, X. / Engilberge, S. / Huc, I. / Crowley, P.B.
資金援助 アイルランド, 1件
組織認可番号国
Science Foundation Ireland13/CDA/2168 アイルランド
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of a protein-aromatic foldamer composite: macromolecular chiral resolution.
著者: Alex, J.M. / Corvaglia, V. / Hu, X. / Engilberge, S. / Huc, I. / Crowley, P.B.
履歴
登録2019年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c iso-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0119
ポリマ－11,9711
非ポリマー5,0408
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area7820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.138, 39.138, 187.366
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

ZN

21A-205-

ACT

31A-205-

ACT

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome c iso-1


分子量: 11970.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044

-
非ポリマー , 5種, 34分子

#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-L0T / 8-acetamido-2-[[2-[[2-[[2-[[2-[[2-[[2-[(2-carboxy-4-sulfonato-quinolin-8-yl)carbamoyl]-4-sulfonato-quinolin-8-yl]carbamoyl]-4-sulfonato-quinolin-8-yl]carbamoyl]-4-sulfonato-quinolin-8-yl]carbamoyl]-4-sulfonato-quinolin-8-yl]carbamoyl]-4-sulfonato-quinolin-8-yl]carbamoyl]-4-sulfonato-quinolin-8-yl]carbamoyl]quinoline-4-sulfonate


分子量: 2053.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C82H44N16O34S8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 5 % PEG 3350, 100 mM sodium acetate pH 4.5, 200 mM zinc acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98009 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→62.45 Å / Num. obs: 10590 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.09→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 1.241 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 10386 / Rpim(I) all: 0.283 / Rrim(I) all: 1.273 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LYC

5lyc


解像度: 2.09→33.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.197
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 498 4.7 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.227 10589 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 145.18 Å2 / Biso mean: 67.41 Å2 / Biso min: 42.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1953 Å20 Å20 Å2
2---3.1953 Å20 Å2
3---6.3906 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.09→33.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数841 0 480 26 1347
Biso mean--61.95 69.78 -
残基数----107
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d413SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes214HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1398HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion108SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1294SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1398HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1993HARMONIC21.52
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.31
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.61
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3763 26 5.88 %
Rwork0.2495 416 -
all0.2581 442 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.12351.9991.04836.90442.07769.9693-0.1821-0.0240.5963-0.4808-0.05460.2037-0.3181-0.86380.2367-0.27270.0093-0.00160.0341-0.1303-0.17212.83354.214116.9803
24.4472-3.98063.222915.5345-7.56289.66640.071-0.1126-0.13960.1562-0.3157-0.08110.30370.35740.2446-0.221-0.06990.0513-0.24780.0418-0.13684.091-25.146626.4268
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - 103
2X-RAY DIFFRACTION2A206 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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