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Yorodumi- PDB-6tss: Crystal structure of horse L ferritin (HoLf) Fe(III)-loaded for 6... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6tss | ||||||
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Title | Crystal structure of horse L ferritin (HoLf) Fe(III)-loaded for 60 minutes | ||||||
Components | Ferritin light chain | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / horse L ferritin / HoLf / Fe(III) / trinuclear Fe(III) cluster | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Equus caballus (horse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.18 Å | ||||||
Authors | Pozzi, C. / Ciambellotti, S. / Turano, P. / Mangani, S. | ||||||
Citation | Journal: Chemistry / Year: 2020 Title: Iron Biomineral Growth from the Initial Nucleation Seed in L-Ferritin. Authors: Ciambellotti, S. / Pozzi, C. / Mangani, S. / Turano, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6tss.cif.gz | 80.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6tss.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 6tss.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6tss_validation.pdf.gz | 6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6tss_full_validation.pdf.gz | 6 MB | Display | |
Data in XML | 6tss_validation.xml.gz | 9.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6tss_validation.cif.gz | 12.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/6tss | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6tr9C 6trzC 6ts0C 6ts1C 6tsaC 6tsfC 6tsjC 6tsxC 5lg2S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
| x 24|||||||||
Unit cell |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20079.742 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Equus caballus (horse) / References: UniProt: P02791 | ||||||||
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#2: Chemical | ChemComp-O / #3: Chemical | ChemComp-CD / | #4: Chemical | ChemComp-FE / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.2 Å3/Da / Density % sol: 61.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 30 mM cadmium nitrate, 1 M ammonium sulfate, 200 mM sodium acetate, pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Entry-ID: 6TSS / Observed criterion σ(I): 2 / % possible obs: 100 %
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Reflection shell | % possible all: 100
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5LG2 Resolution: 2.18→104.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.188
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.412 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.18→104.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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