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- PDB-6s73: Crystal structure of Nek7 SRS mutant bound to compound 51 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s73
タイトルCrystal structure of Nek7 SRS mutant bound to compound 51
要素Serine/threonine-protein kinase Nek7
キーワードCELL CYCLE / Kinase / mutant / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


NEK6-subfamily protein kinase / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / cellular response to potassium ion / microtubule organizing center / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / : / positive regulation of telomere capping / spindle assembly / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...NEK6-subfamily protein kinase / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / cellular response to potassium ion / microtubule organizing center / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / : / positive regulation of telomere capping / spindle assembly / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / molecular function activator activity / spindle pole / microtubule / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F9N / Serine/threonine-protein kinase Nek7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Nasir, N. / Byrne, M.J. / Bhatia, C. / Bayliss, R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC24461/A13231 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L017032/1 英国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: Nek7 conformational flexibility and inhibitor binding probed through protein engineering of the R-spine.
著者: Byrne, M.J. / Nasir, N. / Basmadjian, C. / Bhatia, C. / Cunnison, R.F. / Carr, K.H. / Mas-Droux, C. / Yeoh, S. / Cano, C. / Bayliss, R.
履歴
登録2019年7月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2020年6月10日ID: 6GT1
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Nek7
B: Serine/threonine-protein kinase Nek7
C: Serine/threonine-protein kinase Nek7
D: Serine/threonine-protein kinase Nek7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,3157
ポリマ－142,8524
非ポリマー1,4633
水00
1
A: Serine/threonine-protein kinase Nek7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2012
ポリマ－35,7131
非ポリマー4881
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase Nek7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2012
ポリマ－35,7131
非ポリマー4881
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serine/threonine-protein kinase Nek7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2012
ポリマ－35,7131
非ポリマー4881
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Serine/threonine-protein kinase Nek7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7131
ポリマ－35,7131
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.420, 169.082, 83.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase Nek7 / Never in mitosis A-related kinase 7 / NimA-related protein kinase 7


分子量: 35713.117 Da / 分子数: 4 / 変異: L86H, Y97F, L180F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEK7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8TDX7, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-F9N / 3-[[6-(cyclohexylmethoxy)-7~{H}-purin-2-yl]amino]-~{N}-[3-(dimethylamino)propyl]benzenesulfonamide


分子量: 487.618 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H33N7O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.02 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→83.63 Å / Num. obs: 17292 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 79.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.72 Å / Num. unique obs: 1698

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GT1

6gt1
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.5→83.63 Å / SU ML: 0.5361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.4013
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2711 816 4.75 %
Rwork0.2353 --
obs0.237 17166 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→83.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7550 0 102 0 7652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00187838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.482310720
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04031218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.14964635
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.720.35421370.28942690X-RAY DIFFRACTION99.3
3.72-4.010.30271410.25642731X-RAY DIFFRACTION99.14
4.01-4.410.28951180.22432738X-RAY DIFFRACTION99.06
4.41-5.050.23741360.21712716X-RAY DIFFRACTION99.2
5.05-6.360.27691280.24922734X-RAY DIFFRACTION98.86
6.36-83.630.24061560.21452741X-RAY DIFFRACTION99.04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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