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- PDB-6s30: Crystal Structure of Seryl-tRNA Synthetase from Klebsiella pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s30
タイトルCrystal Structure of Seryl-tRNA Synthetase from Klebsiella pneumoniae
要素Serine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Coil-coil / Beta barrel / tRNA synthetase / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine biosynthetic process / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / seryl-tRNA aminoacylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Serine-tRNA synthetase, tRNA binding domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine--tRNA ligase / Serine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Pang, L. / De Graef, S. / Weeks, S.D. / Strelkov, S.V.
資金援助 ベルギー, 3件
組織認可番号国
Research Foundation - FlandersG077814N ベルギー
Research Foundation - FlandersG0A4616N ベルギー
Research Foundation - Flanders1S53516N ベルギー
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Binding of Natural Pyrimidine-Based Inhibitors of Class II Aminoacyl-tRNA Synthetases.
著者: Pang, L. / Nautiyal, M. / De Graef, S. / Gadakh, B. / Zorzini, V. / Economou, A. / Strelkov, S.V. / Van Aerschot, A. / Weeks, S.D.
履歴
登録2019年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9146
ポリマ－48,6691
非ポリマー2445
水1,42379
1
A: Serine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Serine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,82712
ポリマ－97,3382
非ポリマー48910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area6660 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area35710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.342, 83.342, 229.999
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Serine--tRNA ligase / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase


分子量: 48669.180 Da / 分子数: 1 / 断片: Seryl-tRNA synthetase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: serS, AGG09_05015, B1727_25560, B4U21_07300, B4U22_08075, BB785_18280, BL124_0015080, BN49_2024, C3483_17160, C3F39_05595, C9J88_18700, CPT10_05250, CSC88_02630, CWQ24_18365, PMK1_03261, SM57_00973
プラスミド: pETRUK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 pLysS
参照: UniProt: W9BNU9, UniProt: A6T6Z0*PLUS, serine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein at 10 mg/mL in 10 mM Tris pH 7, 100 mM NaCl, 5 mM DTT was mixed with an equal volume of 7.5% w/v PEG 8000, 50 mM CaCl2, 20% v/v Ethylene glycol, 100 mM Morpheus buffer system 1 (MES/Imidazole) pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.979299 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979299 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→78.36 Å / Num. obs: 40604 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 69.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 525662
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.23-2.35132.7187586058390.8180.7812.8291100
7.05-78.3611.30.0541690814910.9980.0160.05728.799.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H9X

6h9x


解像度: 2.41→31.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.213 / SU Rfree Blow DPI: 0.186 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.186
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1667 5.17 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.204 32260 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 154.12 Å2 / Biso mean: 70.3 Å2 / Biso min: 36.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.2358 Å20 Å20 Å2
2---9.2358 Å20 Å2
3---18.4716 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.41→31.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3336 0 11 79 3426
Biso mean--74.41 66.15 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1236SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes606HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3432HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion442SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3964SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3432HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4648HARMONIC21.12
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.71
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.43 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2874 34 5.26 %
Rwork0.2272 612 -
all0.2308 646 -
obs--99.7 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.9291 Å / Origin y: -31.6191 Å / Origin z: -9.6698 Å
111213212223313233
T-0.0059 Å20.0486 Å2-0.0222 Å2--0.0827 Å20.0378 Å2---0.1195 Å2
L0.6183 °20.3091 °20.1994 °2-0.4293 °20.6366 °2--1.4416 °2
S0.0431 Å °-0.0586 Å °-0.0965 Å °-0.0309 Å °-0.0061 Å °-0.12 Å °0.1542 Å °0.2747 Å °-0.037 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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