PDB-6s2x: Crystal structure of the Legionella pneumophila ChiA C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s2x

タイトル

Crystal structure of the Legionella pneumophila ChiA C-terminal domain

要素

ChiA

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / mucinase / peptidase / chitinase / Legionella / type II secretion system

生物種

Legionella pneumophila 130b (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Garnett, J.A. / Shaw, R.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Structure and functional analysis of the Legionella pneumophila chitinase ChiA reveals a novel mechanism of metal-dependent mucin degradation.
著者: Rehman, S. / Grigoryeva, L.S. / Richardson, K.H. / Corsini, P. / White, R.C. / Shaw, R. / Portlock, T.J. / Dorgan, B. / Zanjani, Z.S. / Fornili, A. / Cianciotto, N.P. / Garnett, J.A.

履歴

登録	2019年6月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s2x.cif.gz	462.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s2x.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s2x_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s2x_full_validation.pdf.gz	450.5 KB	表示
XML形式データ	6s2x_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	6s2x_validation.cif.gz	47.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s2/6s2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5g2m-2 5ly7-1 1jtf-d 1y65-d 6evu-d 1vp3-d 5v3q-d 1jte-d 5utq-2 5utp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: ChiA

BBB: ChiA

ヘテロ分子

77.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: ChiA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: ChiA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.370, 56.640, 128.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.790, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1026- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

#1: タンパク質	ChiA 分子量: 38548.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila 130b (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 667 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 45% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I04	1	0.97949
シンクロトロン	Diamond	I02	2	1.7

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M-F	1	PIXEL	2013年7月7日
DECTRIS PILATUS 6M-F	2	PIXEL	2013年7月24日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97949	1
2	1.7	1

反射

Entry-ID: 6S2X

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	B_iso Wilson estimate (Å²)	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.71-64.34	75905	99.9	6.8	16.1	0.025	0.066	0.061	1	19.2
1.89-64.59	52043	91.2	13.1		0.078	0.205	0.189	2	9.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
1.71-1.75	6.9	2.8	5555	0.269	0.712	0.658	1	99.9
1.89-1.94	11.4	1.4	2309	1.159	3.99	3.697	2	55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.71→64.339 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / WR_factor R_free: 0.159 / WR_factor R_work: 0.137 / SU B: 4.035 / SU ML: 0.058 / Average fsc free: 0.9546 / Average fsc work: 0.9601 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.168	3817	5.029 %
R_work	0.1462	72087	-
all	0.147	-	-
obs	-	75904	99.909 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.886 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.226 Å²	0 Å²	-0.343 Å²
2-	-	0.819 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.991 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→64.339 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5108	0	32	667	5807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5324
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4761
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.472	1.643	7301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.449	1.559	11101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.1	5	690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.755	24.545	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.007	15	779
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.605	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6031
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	4655
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	2733
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	493
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.225	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.166	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.564	1.272	2742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.563	1.271	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.893	1.905	3435
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.893	1.906	3436
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.077	1.394	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.077	1.394	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.687	2.044	3865
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.687	2.044	3866
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.458	16.318	6162
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.296	16.006	6074
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.055	0.05	11367

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.71-1.754	0.242	284	0.22	5268	0.221	5557	0.902	0.909	99.91	0.19
1.754-1.802	0.209	236	0.199	5182	0.199	5422	0.922	0.924	99.9262	0.169
1.802-1.855	0.211	250	0.184	5027	0.185	5279	0.933	0.942	99.9621	0.151
1.855-1.912	0.197	237	0.169	4929	0.17	5172	0.942	0.951	99.884	0.138
1.912-1.974	0.183	264	0.154	4687	0.156	4960	0.952	0.96	99.8185	0.127
1.974-2.044	0.201	240	0.15	4596	0.153	4841	0.95	0.963	99.8967	0.126
2.044-2.121	0.174	251	0.147	4424	0.148	4678	0.96	0.967	99.9359	0.124
2.121-2.207	0.159	220	0.131	4248	0.132	4473	0.971	0.975	99.8882	0.111
2.207-2.305	0.159	227	0.13	4069	0.132	4299	0.968	0.974	99.9302	0.112
2.305-2.417	0.147	206	0.131	3922	0.132	4131	0.972	0.974	99.9274	0.114
2.417-2.548	0.163	221	0.13	3710	0.132	3932	0.97	0.974	99.9746	0.115
2.548-2.702	0.148	206	0.128	3537	0.129	3743	0.971	0.976	100	0.115
2.702-2.889	0.177	171	0.133	3290	0.135	3461	0.965	0.974	100	0.123
2.889-3.119	0.168	146	0.141	3147	0.142	3296	0.965	0.973	99.909	0.134
3.119-3.416	0.151	163	0.136	2803	0.137	2966	0.974	0.976	100	0.135
3.416-3.818	0.152	155	0.137	2585	0.137	2748	0.973	0.976	99.7089	0.139
3.818-4.406	0.144	121	0.132	2301	0.132	2426	0.978	0.98	99.8351	0.139
4.406-5.39	0.15	98	0.148	1940	0.148	2038	0.978	0.975	100	0.156
5.39-7.597	0.239	71	0.183	1544	0.185	1615	0.941	0.963	100	0.191
7.597-64.339	0.169	50	0.173	879	0.173	936	0.972	0.976	99.2521	0.189

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4749	-0.1222	0.1391	1.3553	0.2143	1.0792	-0.0086	-0.0969	0.019	0.0552	0.0425	-0.0911	-0.0038	0.0038	-0.0339	0.0122	-0.0147	-0.0103	0.0355	0.0079	0.0114	20.822	38.6541	14.9234
2	1.4377	0.0315	0.1549	1.384	-0.1316	0.959	-0.0035	0.0664	0.0292	-0.0923	0.0443	0.0629	-0.0351	-0.0181	-0.0408	0.0106	0.0042	-0.0049	0.021	-0.0023	0.0075	23.5955	12.4398	49.48

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	424 - 762
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	424 - 762

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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