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- PDB-6s2i: Anti-tumor antibody 14F7-derived scFv in complex with NeuGc Gm3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s2i
タイトルAnti-tumor antibody 14F7-derived scFv in complex with NeuGc Gm3
要素scFv C1
キーワードANTITUMOR PROTEIN / ganglioside / complex / scfv / antibody fragment / single chain fragment variable / immuno therapy / 14F7 / gm3
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.285 Å
データ登録者Bjerregaard-Andersen, K. / Heggelund, J.E. / Krengel, U.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2021
タイトル: Key role of a structural water molecule for the specificity of 14F7-An antitumor antibody targeting the NeuGc GM3 ganglioside.
著者: Bjerregaard-Andersen, K. / Abraha, F. / Johannesen, H. / Oscarson, S. / Moreno, E. / Krengel, U.
履歴
登録2019年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年2月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 2.12022年1月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_entity_branch_descriptor
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv C1
B: scFv C1
C: scFv C1
D: scFv C1
E: scFv C1
F: scFv C1
G: scFv C1
H: scFv C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,5799
ポリマ－224,9308
非ポリマー6501
水1,874104
1
A: scFv C1
B: scFv C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,8823
ポリマ－56,2322
非ポリマー6501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11060 Å2
手法PISA
2
C: scFv C1
D: scFv C1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2322
ポリマ－56,2322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
3
E: scFv C1
F: scFv C1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2322
ポリマ－56,2322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10970 Å2
手法PISA
4
G: scFv C1
H: scFv C1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2322
ポリマ－56,2322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.880, 113.690, 66.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
scFv C1


分子量: 28116.238 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 多糖 N-glycolyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 649.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Gca2-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCCO/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Gc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 % / 解説: Plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12.5 % w/v PEG 1000, 12.5 % w/v PEG 3350, 12.5 % v/v MPD, 0.02 M 1,6-hexandiol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M (RS)-1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3- ...詳細: 12.5 % w/v PEG 1000, 12.5 % w/v PEG 3350, 12.5 % v/v MPD, 0.02 M 1,6-hexandiol, 0.02 M 1-butanol, 0.02 M (RS)-1,2-propanediol, 0.02 M 2-propanol, 0.02 M 1,4-butanediol, 0.02 M 1,3-propanediol, 0.1 M bicine/tris base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.285→62.9 Å / Num. obs: 42116 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 44.029 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 9.03
反射 シェル解像度: 2.285→2.325 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.697 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2141 / CC1/2: 0.813 / Rpim(I) all: 0.379 / Rrim(I) all: 0.795 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FFJ

6ffj


解像度: 2.285→62.865 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.43
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2546 2151 5.11 %Random
Rwork0.2219 ---
obs0.2237 42066 98.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 51.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.285→62.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7239 0 44 104 7387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54210155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9414423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411104
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2853-2.33840.42791260.39312675X-RAY DIFFRACTION99
2.3384-2.39690.42021400.37352668X-RAY DIFFRACTION99
2.3969-2.46170.40131280.34952667X-RAY DIFFRACTION99
2.4617-2.53410.42841350.32692661X-RAY DIFFRACTION99
2.5341-2.61590.36421370.30942674X-RAY DIFFRACTION99
2.6159-2.70940.36021490.28392654X-RAY DIFFRACTION99
2.7094-2.81790.28081350.27072690X-RAY DIFFRACTION99
2.8179-2.94620.35191430.27142641X-RAY DIFFRACTION99
2.9462-3.10150.26941260.23622697X-RAY DIFFRACTION99
3.1015-3.29580.27861580.21852656X-RAY DIFFRACTION99
3.2958-3.55030.22631330.19632675X-RAY DIFFRACTION99
3.5503-3.90750.21011710.18922443X-RAY DIFFRACTION92
3.9075-4.47280.17781370.15892724X-RAY DIFFRACTION100
4.4728-5.63470.18891480.16032702X-RAY DIFFRACTION100
5.6347-62.88910.21341850.19262688X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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