PDB-6s0t: The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Stre...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6s0t

タイトル

The crystal structure of kanamycin B dioxygenase (KanJ) from Streptomyces kanamyceticus in complex with nickel, sulfate, soaked with iodide

要素

Kanamycin B dioxygenase

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / non-heme iron dioxygenase / alpha-ketoglutarate dioxygenase / Kanamycin biosynthesis / KanJ / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

kanamycin B dioxygenase / : / kanamycin biosynthetic process / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / IODIDE ION / NICKEL (II) ION / Kanamycin B dioxygenase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces kanamyceticus (カナマイシン生産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Mrugala, B. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Cymborowski, M.T. / Minor, W. / Borowski, T.

資金援助

ポーランド,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: A study on the structure, mechanism, and biochemistry of kanamycin B dioxygenase (KanJ)-an enzyme with a broad range of substrates.
著者: Mrugala, B. / Milaczewska, A. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Guzik, M. / Minor, W. / Borowski, T.

履歴

登録	2019年6月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID ..._citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2022年3月30日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年1月24日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6s0t.cif.gz	702.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6s0t.ent.gz	583.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6s0t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6s0t_validation.pdf.gz	9.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6s0t_full_validation.pdf.gz	9.5 MB	表示
XML形式データ	6s0t_validation.xml.gz	74.7 KB	表示
CIF形式データ	6s0t_validation.cif.gz	111.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/6s0t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6s0rSC 6s0sC 6s0uC 6s0vC 6s0wC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s0u-1 6s0s-5 2h2w-d 6s0s-1 6s0w-3 6s0u-2 6s0r-4 6s0u-6 6s0s-4 6s0w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kanamycin B dioxygenase

B: Kanamycin B dioxygenase

C: Kanamycin B dioxygenase

D: Kanamycin B dioxygenase

E: Kanamycin B dioxygenase

F: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

194 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
32.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

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32.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

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4

D: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

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5

E: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

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32.3 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Kanamycin B dioxygenase

ヘテロ分子

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32.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.614, 186.468, 110.828
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.74, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LEU	LEU	A	A	2 - 276	5 - 279
2	1	ALA	ALA	LEU	LEU	B	B	2 - 276	5 - 279
1	2	ALA	ALA	HIS	HIS	A	A	2 - 275	5 - 278
2	2	ALA	ALA	HIS	HIS	C	C	2 - 275	5 - 278
1	3	ALA	ALA	HIS	HIS	A	A	2 - 275	5 - 278
2	3	ALA	ALA	HIS	HIS	D	D	2 - 275	5 - 278
1	4	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	2 - 272	5 - 275
2	4	ALA	ALA	ASP	ASP	E	E	2 - 272	5 - 275
1	5	ALA	ALA	ASP	ASP	A	A	2 - 274	5 - 277
2	5	ALA	ALA	ASP	ASP	F	F	2 - 274	5 - 277
1	6	ALA	ALA	HIS	HIS	B	B	2 - 275	5 - 278
2	6	ALA	ALA	HIS	HIS	C	C	2 - 275	5 - 278
1	7	ALA	ALA	HIS	HIS	B	B	2 - 275	5 - 278
2	7	ALA	ALA	HIS	HIS	D	D	2 - 275	5 - 278
1	8	ALA	ALA	ASP	ASP	B	B	2 - 272	5 - 275
2	8	ALA	ALA	ASP	ASP	E	E	2 - 272	5 - 275
1	9	ALA	ALA	ASP	ASP	B	B	2 - 274	5 - 277
2	9	ALA	ALA	ASP	ASP	F	F	2 - 274	5 - 277
1	10	ALA	ALA	HIS	HIS	C	C	0 - 275	3 - 278
2	10	ALA	ALA	HIS	HIS	D	D	0 - 275	3 - 278
1	11	ALA	ALA	ASP	ASP	C	C	0 - 272	3 - 275
2	11	ALA	ALA	ASP	ASP	E	E	0 - 272	3 - 275
1	12	MET	MET	ASP	ASP	C	C	1 - 274	4 - 277
2	12	MET	MET	ASP	ASP	F	F	1 - 274	4 - 277
1	13	ALA	ALA	ASP	ASP	D	D	0 - 272	3 - 275
2	13	ALA	ALA	ASP	ASP	E	E	0 - 272	3 - 275
1	14	MET	MET	ASP	ASP	D	D	1 - 274	4 - 277
2	14	MET	MET	ASP	ASP	F	F	1 - 274	4 - 277
1	15	MET	MET	ASP	ASP	E	E	1 - 272	4 - 275
2	15	MET	MET	ASP	ASP	F	F	1 - 272	4 - 275

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Kanamycin B dioxygenase / Kanamycin biosynthesis protein J 分子量: 31841.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces kanamyceticus (カナマイシン生産菌) 遺伝子: kanJ, kacB / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): MAGIC / 参照: UniProt: Q6L732, kanamycin B dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1:1 of 28% PEG4000 (w/v), 0.5 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES, 0.1 M sodium acetate and 15mg/ml protein in 0.05 M bis-tris methane, 0.15 M NaCl; soaked with 0.1 M potassium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月9日 / 詳細: beryllium lens
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 118025 / % possible obs: 96.42 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 29.7 Å² / CC_1/2: 0.754 / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 0.994 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5861 / CC_1/2: 0.829 / Χ²: 0.815 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6S0R

6s0r

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 9.033 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.164 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20424	5621	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1692	-	-	-
obs	0.17091	108651	96.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.984 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.34 Å²	0 Å²	0.48 Å²
2-	-	0.09 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12937	0	123	1627	14687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	13735
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	12469
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.515	1.981	18969
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.97	3	29010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.268	5	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.777	23.498	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.268	15	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.016	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	2154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	15339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.352	1.288	6747
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.352	1.288	6746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.217	1.923	8449
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.217	1.924	8450
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.91	1.5	6988
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.653	1.431	6893
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.547	2.089	10336
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.072	20.052	15214
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.921	18.972	14755
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	15.532	5	8

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	17938	0.07
1	2	B	17938	0.07
2	1	A	18010	0.06
2	2	C	18010	0.06
3	1	A	17876	0.07
3	2	D	17876	0.07
4	1	A	17764	0.06
4	2	E	17764	0.06
5	1	A	17952	0.05
5	2	F	17952	0.05
6	1	B	17742	0.06
6	2	C	17742	0.06
7	1	B	17562	0.06
7	2	D	17562	0.06
8	1	B	17586	0.05
8	2	E	17586	0.05
9	1	B	17676	0.06
9	2	F	17676	0.06
10	1	C	17672	0.07
10	2	D	17672	0.07
11	1	C	17712	0.06
11	2	E	17712	0.06
12	1	C	17742	0.06
12	2	F	17742	0.06
13	1	D	17506	0.06
13	2	E	17506	0.06
14	1	D	17722	0.06
14	2	F	17722	0.06
15	1	E	17556	0.05
15	2	F	17556	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	278	-
R_work	0.238	5655	-
obs	-	-	68.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.466	-0.1487	-1.8583	1.7909	1.8434	3.6124	0.1013	0.0165	0.5028	-0.5089	-0.1647	0.2938	-0.6907	-0.4231	0.0634	0.2804	0.1095	-0.1169	0.1716	-0.0155	0.2147	36.924	50.419	63.58
2	1.1504	0.394	-0.3373	1.8206	0.669	2.2704	0.0039	-0.137	0.173	-0.3339	-0.206	0.1004	-0.285	-0.2354	0.2022	0.1076	0.0632	-0.0301	0.1287	-0.0455	0.068	39.664	43.883	69.068
3	7.8373	-0.4572	1.9162	4.7253	0.6968	5.1212	0.1899	-0.3614	-0.7179	0.1904	-0.3372	0.4388	0.7902	-0.4321	0.1474	0.1536	-0.0971	0.0359	0.3055	-0.068	0.134	29.201	30.013	78.01
4	1.3734	0.2657	-0.2866	2.077	0.5955	2.7497	0.0018	-0.1651	0.2366	-0.3188	-0.1892	0.0355	-0.3023	-0.2094	0.1875	0.1008	0.0736	-0.0216	0.0816	-0.0434	0.0902	41.72	46.152	70.105
5	39.9997	9.8652	20.7324	10.9872	10.983	14.7846	-0.3061	0.3351	-0.4022	-0.4196	0.7127	-0.3692	-0.3776	0.6783	-0.4066	0.4602	0.0369	0.1028	0.5887	0.028	0.4344	59.18	43.978	63.659
6	1.4772	0.4242	-0.5507	1.1354	0.0929	2.1024	0.2031	0.0576	0.2665	-0.0227	-0.0225	-0.0177	-0.329	0.0008	-0.1805	0.0869	-0.0233	0.057	0.056	-0.0098	0.0809	38.415	30.523	136.872
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9	0.9744	0.0048	-0.0025	2.0378	-0.5801	1.3609	0.1092	0.0852	-0.0752	0.1994	0.055	0.1933	-0.0798	-0.0908	-0.1641	0.0684	-0.0099	0.0446	0.0387	-0.0145	0.0641	33.341	20.759	141.391
10	20.747	3.9973	9.8717	1.8603	2.394	5.8703	0.5374	-0.7641	0.269	0.3543	-0.4523	-0.0671	0.2552	-0.1867	-0.085	0.3198	-0.0113	0.0449	0.3823	-0.0115	0.31	11.158	25.308	144.459
11	2.5479	2.0374	0.2583	3.049	0.1991	2.6463	0.0814	-0.2732	-0.0934	0.5091	-0.1594	-0.4453	0.3989	0.314	0.0781	0.3233	0.0663	-0.1186	0.1045	-0.0107	0.1408	29.454	60.726	131.885
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15	0.0724	0.3604	-0.9725	7.8526	-5.5447	17.0113	0.0725	0.1005	0.0308	0.6544	0.7388	0.8866	0.6674	-1.3649	-0.8114	0.861	-0.0135	0.0798	0.7469	-0.0412	0.8691	7.232	56.721	143.436
16	4.6664	0.4646	0.8135	13.7077	4.1117	10.7126	0.031	0.1457	-0.3154	-0.3967	0.187	-0.3803	0.4391	0.1304	-0.218	0.1803	-0.0689	0.0379	0.1271	0.0342	0.0886	-4.685	30.748	116.551
17	5.8163	2.3776	0.6346	2.8793	0.0478	1.9258	-0.0354	0.109	-0.3379	-0.0214	0.0218	-0.2194	0.1916	0.1446	0.0136	0.1142	0.0099	0.0413	0.1571	-0.0213	0.039	5.272	36.595	108.882
18	1.1994	-0.1233	0.5474	1.0093	-0.3391	2.7276	0.0007	0.2349	-0.0236	0.0592	-0.0906	-0.0292	0.0565	0.1342	0.0898	0.0455	-0.0375	0.0335	0.1093	-0.0203	0.0348	1.414	40.965	104.687
19	2.6221	-0.2728	1.2433	1.4371	-0.6185	3.3253	-0.1327	0.0899	0.1281	0.2557	0.0632	0.1944	-0.3959	-0.3817	0.0694	0.1255	0.0018	0.0507	0.1184	-0.0184	0.057	-8.071	45.997	110.031
20	7.05	-2.3959	0.9877	2.7083	-1.5512	3.8225	-0.0379	0.3414	0.1791	-0.1176	-0.1498	-0.3221	0.2268	0.5942	0.1877	0.0944	0.0322	0.0636	0.2799	-0.0391	0.0866	9.941	37.193	92.449
21	5.2906	1.6613	2.0664	2.4426	0.3804	17.2392	-0.1028	-0.2257	0.3138	0.1188	0.0387	-0.1327	-0.6877	-0.0017	0.0642	0.2851	-0.1113	0	0.1585	-0.0463	0.2358	14.401	22.098	72.528
22	0.5617	1.0564	0.6172	2.7853	0.0671	4.3504	0.1317	0.0088	-0.135	0.4465	0.0646	-0.5895	-0.0207	0.7875	-0.1962	0.5035	-0.0692	-0.17	0.4533	-0.1413	0.3497	22.027	13.396	76.882
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24	0.7608	0.1291	0.0696	2.273	-0.327	3.3419	0.0589	-0.0114	0.0157	0.2083	0.0537	0.2625	-0.1153	-0.1664	-0.1125	0.2526	-0.0639	-0.0549	0.0528	0.0083	0.1352	5.61	11.13	67.077
25	9.0442	0.0032	-2.9956	2.9785	0.6038	2.4262	-0.1366	0.0066	-0.3929	0.0859	-0.0359	-0.517	0.3297	0.4865	0.1724	0.3512	0.0633	-0.1225	0.2517	0.0729	0.2874	23.636	-8.622	69.06
26	5.1421	0.4975	2.5661	0.9148	-0.6461	4.704	0.5987	0.5339	-0.7517	-0.7985	0.1348	0.2881	2.2964	0.1974	-0.7336	1.465	0.0587	-0.5447	0.2193	-0.0949	0.6191	6.664	71.673	86.937
27	3.3597	-1.1439	1.0673	1.593	-2.1643	5.5046	0.5016	0.3455	-0.0435	-0.4058	-0.3672	-0.0106	0.4861	0.9106	-0.1344	0.2789	0.1551	-0.05	0.2021	-0.0225	0.2334	17.625	84.763	93.619
28	1.9822	-1.5679	2.2688	2.111	-1.9724	3.8361	0.3149	-0.1188	-0.2536	-0.248	0.1062	0.3044	0.5153	-0.0869	-0.4211	0.0801	-0.0031	-0.0615	0.0229	0.0168	0.1695	7.535	87.248	98.918
29	3.0617	-1.239	2.0919	3.1105	-2.2138	4.4137	0.3555	-0.3008	-0.4276	-0.2036	0.3781	0.6572	0.6642	-0.5808	-0.7337	0.1817	-0.0694	-0.1661	0.0829	0.1012	0.3156	1.888	81.504	99.899
30	6.9512	-2.4135	-2.6219	4.9798	-0.2457	2.2418	0.3911	0.1579	0.233	-0.5882	-0.3908	-0.3971	0.1123	0.536	-0.0004	0.252	0.2171	0.0094	0.5436	-0.0042	0.1486	17.425	92.629	83.771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	73 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	171 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	195 - 270
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	271 - 277
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2 - 65
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	66 - 176
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	177 - 183
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	184 - 269
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	270 - 283
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	1 - 69
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	70 - 176
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	177 - 191
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	192 - 270
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	271 - 276
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	-1 - 18
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	19 - 73
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	74 - 167
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	168 - 235
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	236 - 276
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	1 - 14
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	15 - 48
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	49 - 153
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	154 - 237
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	238 - 273
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	2 - 54
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	55 - 111
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	112 - 139
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	140 - 236
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	237 - 273

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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