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- PDB-6rzr: Structure of IMP-13 metallo-beta-lactamase complexed with hydroly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rzr
タイトルStructure of IMP-13 metallo-beta-lactamase complexed with hydrolysed imipenem
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / metallo-beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 2. / Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8YF / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zak, K.M. / Softley, C. / Kolonko, M. / Sattler, M. / Popowicz, G.M.
資金援助 ドイツ, ポーランド, 3件
組織認可番号国
European Union675555 ドイツ
German Federal Ministry for Education and ResearchGFTARV38 ドイツ
Polish National Science Centre2018/28/T/NZ1/00337 ポーランド
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2020
タイトル: Structure and Molecular Recognition Mechanism of IMP-13 Metallo-beta-Lactamase.
著者: Softley, C.A. / Zak, K.M. / Bostock, M.J. / Fino, R. / Zhou, R.X. / Kolonko, M. / Mejdi-Nitiu, R. / Meyer, H. / Sattler, M. / Popowicz, G.M.
履歴
登録2019年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,97620
ポリマ－50,3352
非ポリマー1,64118
水3,603200
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,11212
ポリマ－25,1681
非ポリマー94511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8648
ポリマ－25,1681
非ポリマー6967
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.207, 90.925, 120.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 25167.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bla-imp13, bla-IMP13, blaIMP-13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WYA8, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-8YF / (2R)-2-[(2S,3R)-1,3-bis(oxidanyl)-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-4-(2-methanimidamidoethylsulfanyl)-2,3-dihydro-1H-pyrrole -5-carboxylic acid / Imipenem, hydrolyzed form / (5R)-3-[[2-[(イミノメチル)アミノ]エチル]チオ]-5α-[(1S,2R)-1-カルボキシ-2-ヒドロキシ(以下略)


分子量: 317.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N3O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M Ammonium sulfate, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.5 Å / Num. obs: 42307 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 37.72 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/av σ(I): 11.65 / Net I/σ(I): 11.65
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / Num. unique obs: 4082 / CC1/2: 0.75

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6R79

6r79


解像度: 1.9→45.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.136
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2276 2138 5.1 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
obs0.1909 40169 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 121.49 Å2 / Biso mean: 45.296 Å2 / Biso min: 25.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.93 Å20 Å20 Å2
2---1.42 Å20 Å2
3----2.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→45.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3438 0 136 202 3776
Biso mean--56.94 51.94 -
残基数----435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133688
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.0173448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.6534974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.281.6048035
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7585442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.04924.57151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.77915633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.406155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8744.4411757
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8654.441752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8466.6562191
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 154 -
Rwork0.321 2836 -
all-2990 -
obs--96.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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