PDB-6ryt: Engineered beta-lactoglobulin: variant M107L

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ryt

タイトル

Engineered beta-lactoglobulin: variant M107L

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Lipocalin / mutation / lactoglobulin

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Loch, J.I. / Kurpiewska, K. / Lewinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structure-based design approach to rational site-directed mutagenesis of beta-lactoglobulin.
著者: Bonarek, P. / Loch, J.I. / Tworzydlo, M. / Cooper, D.R. / Milto, K. / Wrobel, P. / Kurpiewska, K. / Lewinski, K.

履歴

登録	2019年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2020年4月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ryt.cif.gz	128.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ryt.ent.gz	99.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ryt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ryt_validation.pdf.gz	454.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ryt_full_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示
XML形式データ	6ryt_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	6ryt_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/6ryt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/6ryt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qi6C 6qi7C 6qpdC 6qpeC 6rwpC 6rwqC 6rwrC 6xveC 1bsyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6tsm-d 1jzj-d 4hhw-4 1e5y-2 1ukm-d 3kwg-3 4hip-3 3lib-8 2iv8-d 3lib-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactoglobulin

B: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

36.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.160, 61.520, 78.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-201- PO4

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18214.977 Da / 分子数: 2 / 変異: L1A, I2S, M107L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: LGB / プラスミド: pET-Duet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.60 M (NH4)2SO4 in 0.1 Tris-HCl pH 7.9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976225 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.976225 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→78.24 Å / Num. obs: 15140 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 4.7 / Num. measured all: 49058 / Scaling rejects: 133

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.1-2.16	3.2	0.471	4064	1251	0.846	0.299	0.563	2	95.6
8.91-78.24	3	0.053	655	221	0.975	0.036	0.065	8.2	84.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BSY

1bsy

解像度: 2.1→48.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 17.853 / SU ML: 0.217 / SU R Cruickshank DPI: 0.3365 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.254
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2783	1366	9 %	RANDOM
R_work	0.2144	-	-	-
obs	0.2204	13740	92.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.44 Å² / B_iso mean: 39.768 Å² / B_iso min: 15.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→48.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2242	0	17	40	2299
B_iso mean	-	-	67.83	38.58	-
残基数	-	-	-	-	290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.598	1.64	3084
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.177	1.581	5258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.015	5	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.128	25.165	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.396	15	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.326	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	315
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.554	2.35	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.556	2.348	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.222	3.469	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.219	3.471	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.541	3.034	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.54	3.039	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.273	4.233	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.695	28.189	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.694	28.218	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	104	-
R_work	0.348	1027	-
all	-	1131	-
obs	-	-	95.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	19.3332	-7.9327	0.6448	4.6462	-0.2436	0.601	-0.4042	-0.8902	0.1714	0.5234	0.2685	-0.2122	-0.0995	0.1226	0.1358	0.2413	-0.058	0.0011	0.1546	0.0323	0.164	-6.879	2.156	21.449
2	7.5419	0.9528	-1.3761	1.2964	-0.3875	1.7247	0.0602	0.3471	-0.1566	-0.1471	-0.1034	-0.0697	0.0748	0.0749	0.0431	0.1329	-0.0141	-0.0223	0.1012	0.0059	0.065	2.015	11.085	10.764
3	3.876	0.7069	-1.4339	3.5305	-0.152	3.3545	0.0621	0.1689	0.21	-0.1922	0.0397	0.0677	-0.0404	0.1111	-0.1017	0.144	0.0345	-0.0442	0.0961	0.0089	0.047	-4.69	7.874	6.614
4	14.4692	6.1433	-11.6011	6.4261	-8.3351	16.7286	-0.142	0.5182	0.1331	-0.3696	0.1558	0.1929	0.191	-0.0949	-0.0137	0.1742	0.0235	-0.0327	0.1261	-0.0321	0.1326	-5.201	10.695	1.379
5	3.4232	0.3649	-0.0253	5.2163	0.9834	4.0417	0.0399	0.0886	-0.1127	-0.1217	-0.0363	0.0684	0.09	-0.1007	-0.0035	0.0918	-0	-0.0064	0.1176	0.0197	0.0927	-4.968	1.98	14.431
6	4.1252	1.4224	0.9779	1.9547	0.4199	4.349	-0.1587	-0.2262	0.4029	0.4277	0.1104	-0.0252	-0.1387	-0.0469	0.0483	0.2205	0.013	-0.0472	0.1753	0.0142	0.1566	0.43	12.03	15.983
7	7.0615	-0.2044	-1.6969	4.4791	-1.3594	3.1473	-0.1882	-0.7673	0.1449	0.646	0.1617	-0.1182	0.0641	0.154	0.0266	0.2321	0.0238	-0.0257	0.0939	-0.0005	0.1007	9.608	8.407	20.051
8	18.6648	-7.3221	2.4402	13.2812	1.6926	3.9542	-0.276	0.1595	0.5052	-0.1546	0.0736	0.103	-0.5831	-0.2909	0.2023	0.1912	-0.0301	0.0443	0.1682	0.0133	0.1412	3.181	21.137	9.508
9	2.7203	0.6019	-0.3229	2.6184	-0.1556	1.341	0.0188	0.0404	-0.0023	-0.0061	-0.0007	0.0661	-0.0142	-0.0729	-0.0182	0.1096	0.006	-0.0047	0.0942	0.0001	0.0485	28.549	20.688	11.454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 32
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	33 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	55 - 69
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	70 - 107
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	108 - 133
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	134 - 147
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	148 - 160
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	5 - 157

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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