PDB-6rvm: Cell division protein FtsZ from Staphylococcus aureus, apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rvm

タイトル

Cell division protein FtsZ from Staphylococcus aureus, apo form

要素

Cell division protein FtsZ

キーワード

CELL CYCLE / Cell division protein

機能・相同性

機能・相同性情報

chloroplast fission / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.155 Å

データ登録者

Fernandez-Tornero, C. / Andreu, J.M. / Canosa-Valls, A.J.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Nucleotide-induced folding of cell division protein FtsZ from Staphylococcus aureus.
著者: Huecas, S. / Canosa-Valls, A.J. / Araujo-Bazan, L. / Ruiz, F.M. / Laurents, D.V. / Fernandez-Tornero, C. / Andreu, J.M.

履歴

登録	2019年5月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rvm.cif.gz	409.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rvm.ent.gz	339.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rvm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rvm_validation.pdf.gz	482.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rvm_full_validation.pdf.gz	497.1 KB	表示
XML形式データ	6rvm_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	6rvm_validation.cif.gz	56.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/6rvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/6rvm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rvnC 6rvpC 6rvqC 6si9C 3wgjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5uyf-d 2ps9-1 2xh8-d 6tk4-d 3vpa-1 3vo9-1 2ps3-2 3vo9-4 5uyh-d 3tng-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (8) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (8) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Cell division protein FtsZ

B: Cell division protein FtsZ

C: Cell division protein FtsZ

D: Cell division protein FtsZ

ヘテロ分子

129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cell division protein FtsZ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cell division protein FtsZ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cell division protein FtsZ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Cell division protein FtsZ

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.564, 78.805, 225.639
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Cell division protein FtsZ 分子量: 31883.053 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: ftsZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A031

-
非ポリマー , 5種, 96分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES pH 6.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 70836 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / Num. unique obs: 10226 / CC_1/2: 0.662

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WGJ

3wgj

解像度: 2.155→39.161 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 29.28

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2558	3524	4.99 %
R_work	0.2295	-	-
obs	0.2308	70658	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.155→39.161 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8575	0	67	75	8717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	8674
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.454	11697
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.212	5269
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1417
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1545

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1545-2.184	0.3288	141	0.3255	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.184-2.2152	0.3534	136	0.3143	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2152-2.2483	0.2986	141	0.3112	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2483-2.2834	0.3509	154	0.3033	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2834-2.3208	0.3204	128	0.2942	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3208-2.3608	0.341	145	0.2844	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3608-2.4038	0.34	123	0.2803	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4038-2.45	0.274	129	0.2701	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.5	0.3295	135	0.2815	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.5544	0.3476	142	0.2722	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5544-2.6138	0.3045	154	0.2662	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6138-2.6791	0.318	144	0.2742	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6791-2.7515	0.333	137	0.2855	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7515-2.8325	0.3383	136	0.2756	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8325-2.9239	0.2958	152	0.2814	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9239-3.0283	0.3061	149	0.2657	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0283-3.1495	0.2894	120	0.274	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1495-3.2928	0.2867	137	0.2749	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2928-3.4663	0.2966	139	0.2399	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4663-3.6833	0.2866	132	0.2252	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6833-3.9675	0.2107	141	0.2087	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9675-4.3663	0.2414	156	0.1977	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3663-4.997	0.2256	140	0.1792	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.997-6.2914	0.219	153	0.2215	2758	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2914-39.1677	0.2006	160	0.1982	2874	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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