+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5uyf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | YfeA from M9 minimal media supplemented with zinc - Mn wavelength | ||||||
![]() | Periplasmic chelated iron-binding protein YfeA | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / polyspecific / transition metal / transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to iron ion / iron ion transport / periplasmic space / cell adhesion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Radka, C.D. / DeLucas, L.J. / Aller, S.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Yersinia pestis virulence factor YfeA reveals two polyspecific metal-binding sites. 著者: Radka, C.D. / DeLucas, L.J. / Wilson, L.S. / Lawrenz, M.B. / Perry, R.D. / Aller, S.G. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 73.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 51.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 433.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5uxsC ![]() 5uxuC ![]() 5uy0C ![]() 5uy4C ![]() 5uy5C ![]() 5uyaC ![]() 5uybC ![]() 5uycC ![]() 5uydSC ![]() 5uyeC ![]() 5uygC ![]() 5uyhC ![]() 5uyvC ![]() 5uywC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36048.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 28 % / 解説: tetragonal prism |
---|---|
結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.3 詳細: 30% PEG 4000, 20mM Bis-tris propane, 50mM sodium chloride, 0.05% w/v sodium azide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.89289 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.057→50 Å / Num. obs: 15986 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 34.315 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 67.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.057→2.1 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.411 / Mean I/σ(I) obs: 13.5 / Num. unique obs: 800 / CC1/2: 0.883 / Rpim(I) all: 0.171 / % possible all: 99.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5uyd 解像度: 2.057→38.3 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.5
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.057→38.3 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|