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- PDB-6rv6: Structure of properdin lacking TSR3 based on anomalous data -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rv6
タイトルStructure of properdin lacking TSR3 based on anomalous data
要素(Properdin) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / innate immunity / complement / protease / regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic side of Golgi membrane / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / specific granule lumen ...cytoplasmic side of Golgi membrane / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / specific granule lumen / positive regulation of immune response / tertiary granule lumen / defense response to bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Thrombospondin type 1 repeat / CFP-like, C-terminal thrombospondin type 1 domain / : / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Properdin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.507 Å
データ登録者Pedersen, D.V. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
引用
ジャーナル: Front Immunol / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Properdin Oligomerization and Convertase Stimulation in the Human Complement System.
著者: Pedersen, D.V. / Gadeberg, T.A.F. / Thomas, C. / Wang, Y. / Joram, N. / Jensen, R.K. / Mazarakis, S.M.M. / Revel, M. / El Sissy, C. / Petersen, S.V. / Lindorff-Larsen, K. / Thiel, S. / ...著者: Pedersen, D.V. / Gadeberg, T.A.F. / Thomas, C. / Wang, Y. / Joram, N. / Jensen, R.K. / Mazarakis, S.M.M. / Revel, M. / El Sissy, C. / Petersen, S.V. / Lindorff-Larsen, K. / Thiel, S. / Laursen, N.S. / Fremeaux-Bacchi, V. / Andersen, G.R.
#1: ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of peptide-bound neprilysin reveals key binding interactions.
著者: Moss, S. / Subramanian, V. / Acharya, K.R.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2019
タイトル: Crystallization and X-ray analysis of monodisperse human properdin.
著者: Pedersen, D.V. / Revel, M. / Gadeberg, T.A.F. / Andersen, G.R.
履歴
登録2019年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author / Item: _chem_comp.type
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Properdin
B: Properdin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,07218
ポリマ－43,3612
非ポリマー3,71116
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area26940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)219.790, 219.790, 47.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Properdin / Complement factor P


分子量: 18636.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TB-TSR1-TSR2 and additional residues from expression vector
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFP, PFC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): HEL293F / 参照: UniProt: P27918
#2: タンパク質 Properdin / Complement factor P


分子量: 24724.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TSR4-5-6 with addiotional residues from expression vector
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFP, PFC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): HEK293F / 参照: UniProt: P27918
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3LFucpa1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1221m-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-L-Fucp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.38 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 1.0 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.0, 0.1 M barium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 2.47968 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.47968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.507→155 Å / Num. obs: 27811 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.07 % / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 3.507→3.6 Å / Num. unique obs: 2051

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: electron density for TB-TSR1-TSR5-TSR6

解像度: 3.507→77.707 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 1354 4.87 %
Rwork0.2641 --
obs0.2649 27803 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.507→77.707 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2958 0 233 0 3191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3844572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d31.651460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008559
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.507-3.63230.45411180.45142705X-RAY DIFFRACTION99
3.6323-3.77770.451520.34962544X-RAY DIFFRACTION100
3.7777-3.94960.28241330.32462731X-RAY DIFFRACTION100
3.9496-4.15790.25961160.32992599X-RAY DIFFRACTION100
4.1579-4.41830.32491400.27572628X-RAY DIFFRACTION100
4.4183-4.75940.29971480.25362710X-RAY DIFFRACTION100
4.7594-5.23830.31261200.24132642X-RAY DIFFRACTION100
5.2383-5.99610.24811600.25652612X-RAY DIFFRACTION100
5.9961-7.55340.31991440.27272625X-RAY DIFFRACTION100
7.5534-77.72650.22121230.21572653X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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