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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ru3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the FP specific nanobody hFPNb1 | ||||||
![]() | hFP1Nb1 | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody / nanobody / single domain antibody | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mazarakis, S.M.M. / Pedersen, D.V. / Laursen, N.S. / Andersen, G.R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Properdin Oligomerization and Convertase Stimulation in the Human Complement System. 著者: Pedersen, D.V. / Gadeberg, T.A.F. / Thomas, C. / Wang, Y. / Joram, N. / Jensen, R.K. / Mazarakis, S.M.M. / Revel, M. / El Sissy, C. / Petersen, S.V. / Lindorff-Larsen, K. / Thiel, S. / ...著者: Pedersen, D.V. / Gadeberg, T.A.F. / Thomas, C. / Wang, Y. / Joram, N. / Jensen, R.K. / Mazarakis, S.M.M. / Revel, M. / El Sissy, C. / Petersen, S.V. / Lindorff-Larsen, K. / Thiel, S. / Laursen, N.S. / Fremeaux-Bacchi, V. / Andersen, G.R. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of peptide-bound neprilysin reveals key binding interactions. 著者: Moss, S. / Subramanian, V. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 406 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 406.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 14517.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 13.1 % (v/v) MPD, 13.1 % PEG1000 (w/v) 13.1 % (w/v) PEG3350, 100 mM Tris Bicine pH 8.5, 33 mM CaCl2, 33 mM MgCl2, 4 % (v/v) formamide, 114 mM FOS-Choline 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.23037→56.42 Å / Num. obs: 39873 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 34 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Net I/σ(I): 32.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.23037→1.26 Å / Num. unique obs: 2460 / % possible all: 83.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.26→33.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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