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万見
- PDB-4krn: Nanobody/VHH domain EgA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4krn
タイトルNanobody/VHH domain EgA1
要素Nanobody/VHH domain EgA1
キーワードIMMUNE SYSTEM / nanobody / VHH domain / Camelid VH domain / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.553 Å
データ登録者Ferguson, K.M. / Schmitz, K.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Evaluation of EGFR Inhibition Mechanisms for Nanobodies/VHH Domains.
著者: Schmitz, K.R. / Bagchi, A. / Roovers, R.C. / van Bergen En Henegouwen, P.M. / Ferguson, K.M.
履歴
登録2013年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nanobody/VHH domain EgA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6422
ポリマ－15,5461
非ポリマー961
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.769, 52.769, 62.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: 抗体 Nanobody/VHH domain EgA1


分子量: 15546.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月18日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→31.357 Å / Num. all: 24694 / Num. obs: 24694 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Χ2: 1.705 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.55-1.613.50.28323151.222194.5
1.61-1.674.10.23724631.296199.8
1.67-1.754.40.17624721.353199.9
1.75-1.844.50.12824731.4271100
1.84-1.954.50.08824981.706199.9
1.95-2.14.50.06924842.047199.8
2.1-2.324.50.05224821.932199.9
2.32-2.654.50.04324901.8651100
2.65-3.344.50.03725042.429199.9
3.34-504.40.02525131.539198.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JBluIce-EPICSデータ収集
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I3V

1i3v


解像度: 1.553→26.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9571 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.2422 / WRfactor Rwork: 0.2094 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8697 / SU B: 2.404 / SU ML: 0.042 / SU R Cruickshank DPI: 0.0875 / SU Rfree: 0.0768 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2264 1253 5.1 %RANDOM
Rwork0.1987 ---
obs0.2004 23401 99.2 %-
all-24651 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.16 Å2 / Biso mean: 21.8934 Å2 / Biso min: 13.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.553→26.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数968 0 5 84 1057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1111.9441398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0595134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.7222.04544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15515144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.875159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2697
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.090.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8221.5649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36521011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.993447
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6144.5382
LS精密化 シェル解像度: 1.553→1.593 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 85 -
Rwork0.258 1586 -
all-1671 -
obs--93.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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