+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rtc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of murine Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9) anion transporter in the inward-facing state | ||||||
要素 | Solute carrier family 26 member 9,Solute carrier family 26 member 9 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / SLC26 family / anion transporter / membrane protein structure / transport mechanism / cryo-EM / single particle | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Multifunctional anion exchangers / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / regulation of pH / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transport / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity ...Multifunctional anion exchangers / sulfate transmembrane transporter activity / oxalate transmembrane transporter activity / regulation of pH / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / monoatomic anion transport / chloride transport / chloride transmembrane transporter activity / chloride channel activity / chloride transmembrane transport / ATPase binding / endosome membrane / apical plasma membrane / Golgi membrane / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.96 Å | ||||||
データ登録者 | Sawicka, M. / Walter, J.D. / Dutzler, R. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structures and functional characterization of murine Slc26a9 reveal mechanism of uncoupled chloride transport. 著者: Justin D Walter / Marta Sawicka / Raimund Dutzler / 要旨: The epithelial anion transporter SLC26A9 contributes to airway surface hydration and gastric acid production. Colocalizing with CFTR, SLC26A9 has been proposed as a target for the treatment of cystic ...The epithelial anion transporter SLC26A9 contributes to airway surface hydration and gastric acid production. Colocalizing with CFTR, SLC26A9 has been proposed as a target for the treatment of cystic fibrosis. To provide molecular details of its transport mechanism, we present cryo-EM structures and a functional characterization of murine Slc26a9. These structures define the general architecture of eukaryotic SLC26 family members and reveal an unusual mode of oligomerization which relies predominantly on the cytosolic STAS domain. Our data illustrates conformational transitions of Slc26a9, supporting a rapid alternate-access mechanism which mediates uncoupled chloride transport with negligible bicarbonate or sulfate permeability. The characterization of structure-guided mutants illuminates the properties of the ion transport path, including a selective anion binding site located in the center of a mobile module within the transmembrane domain. This study thus provides a structural foundation for the understanding of the entire SLC26 family and potentially facilitates their therapeutic exploitation. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rtc.cif.gz | 400.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6rtc.ent.gz | 334.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rtc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6rtc_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6rtc_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6rtc_validation.xml.gz | 41.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6rtc_validation.cif.gz | 65.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/6rtc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rt/6rtc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70597.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Slc26a9, mCG_51751 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0R4J0F7, UniProt: Q8BU91*PLUS |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Homodimer of Solute Carrier 26 family member A9 (Slc26a9) タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 46511 X / 倍率(補正後): 46511 X |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 70 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2838 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 65 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 416164 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112930 / 対称性のタイプ: POINT |