PDB-2x64: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE FROM XYLELLA FASTIDIOSA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2x64

タイトル

GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE FROM XYLELLA FASTIDIOSA

要素

GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / DETOXIFICATION ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

XYLELLA FASTIDIOSA (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Muniz, J.R.C. / Rodrigues, N.C. / Bleicher, L. / Travensolo, R.F. / Garcia, W.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and Biophysical Characterization of the Recombinant Glutathione-S-Transferase from Xylella
著者: Rodrigues, N.C. / Muniz, J.R.C. / Bleicher, L. / Garcia, W. / Travensolo, R.F. / Ulian-De-Araujo, A.P. / Carrilho, E. / Garratt, R.

履歴

登録	2010年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月7日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2x64.ent.gz	413.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2x64_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
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関連構造データ

類似構造データ	6x86-2 4pnf-2 5r7x-1 5ras-1 3lkj-d 6n69-d 2fqe-d 4gsn-1 4q5r-2 5rap-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

B: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

C: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

D: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

E: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

F: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

ヘテロ分子

140 kDa, 6 ポリマー
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1

C: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

D: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
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2

A: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

B: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
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3

E: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

F: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	47.670, 87.890, 90.780
Angle α, β, γ (deg.)	116.53, 99.33, 94.49
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.1816, -0.3673, 0.9122), (-0.3508, -0.8908, -0.2888), (-41.2988, -27.0163, 42.7664)
ベクター: -0.9819, -31.1845, 37.1164)

#1: タンパク質	GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE 分子量: 22989.076 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) XYLELLA FASTIDIOSA (バクテリア) / 株: 9A5C / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9PE18
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.48 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.54179
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→46.35 Å / Num. obs: 53809 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 39.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.8.0	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→33.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9414 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=GTT CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=10320. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=120. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2191	2746	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1667	-	-	-
obs	0.1694	53795	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.9466 Å²	-0.4394 Å²	-0.7088 Å²
2-	-	-0.3152 Å²	2.2971 Å²
3-	-	-	8.2617 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.272 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9553	0	126	725	10404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	9950	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	13526	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3402	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		227	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1490	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		9950	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		6	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.81
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.93
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1234	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		12066	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2825	178	4.61 %
R_work	0.2111	3680	-
all	0.2145	3858	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6591	0.9568	-2.0746	5.275	2.23	4.7764	0.1329	-0.4479	0.2478	0.4482	-0.204	0.4666	-0.3819	-0.3101	0.0711	0.0649	0.0361	0.0694	-0.2086	-0.0354	-0.1821	-6.2684	-7.7449	44.9617
2	0.3114	0.1642	-0.1582	-0.0195	0.5537	0.774	0.0504	-0.1003	0.062	-0.0081	-0.0443	0.0796	-0.4847	-0.0777	-0.0061	0.1719	-0.0439	-0.0255	-0.1602	0.0294	-0.0861	3.8056	-15.2373	35.5641
3	2.1671	-0.4284	-0.3412	1.0758	-1.7732	1.5061	0.1298	0.1607	0.0428	-0.2359	-0.0148	-0.3384	-0.1248	0.2473	-0.1149	0.1736	-0.0615	-0.0483	-0.1647	0.0435	0.0034	18.4767	-16.5388	38.645
4	1.884	0.5916	0.4798	3.0051	0.2099	1.8525	0.1099	0.0368	0.3792	0.1497	-0.1119	-0.2373	-0.64	0.2815	0.0019	0.1978	-0.067	-0.0233	-0.2032	0.0724	-0.1192	9.0803	-3.811	34.9023
5	2.8506	-1.8923	-2.4839	4.8959	1.0132	5.6968	0.0303	0.2873	0.026	0.1172	-0.1648	-0.2135	-0.0506	0.2441	0.1344	-0.0071	-0.0178	-0.0562	-0.0367	0.0032	-0.0888	-0.1738	-35.5213	27.0112
6	2.4213	-0.3146	0.032	2.5949	0.4149	1.9798	0.1538	0.1026	0.2293	-0.1397	-0.1706	0.0435	-0.2125	-0.2628	0.0168	-0.0004	-0.0094	-0.0268	-0.1201	0.0405	-0.1129	-1.4101	-25.4749	31.1099
7	8.3278	0.0816	1.0387	1.4638	0.3376	2.9906	0.0118	-0.0781	0.1166	0.2847	-0.1517	0.042	0.0314	-0.1076	0.1399	0.1536	-0.1003	0.0126	-0.1691	-0.0055	-0.1077	6.2451	-30.1901	51.3167
8	0.8167	-0.011	-0.3599	2.5257	0.4984	0.2349	0.0589	0.0238	-0.1791	0.1518	-0.1145	0.3767	0.0723	-0.0351	0.0556	-0.0239	-0.0364	0.0154	-0.0134	-0.0108	-0.0935	-5.8789	-37.3633	41.4291
9	-1.3272	2.9117	1.5956	4.5754	0.4588	1.938	-0.0464	-0.0894	0.0196	-0.201	0.15	-0.1062	0.2009	0.1737	-0.1036	0.0431	0.039	0.0044	-0.0455	-0.0309	-0.1026	-15.3182	0.4374	-17.2673
10	0.7651	0.3255	-0.3618	1.9557	0.1311	2.8742	-0.0118	-0.1111	-0.0168	-0.0769	0.0049	0.0114	0.2161	0.0483	0.0069	0.0277	0.0511	-0.0157	-0.0746	0.0104	-0.1358	-16.483	-7.4384	-9.82
11	7.3596	-0.0868	-0.8323	1.3823	0.4962	2.025	-0.1346	0.0901	-0.0379	-0.3106	0.1158	0.0535	0.5575	0.2179	0.0188	0.2689	0.09	0.0786	-0.1231	0.0205	-0.1785	-12.3241	-24.3391	-23.1483
12	0.5397	-0.19	-0.4931	1.2907	-0.0287	2.8894	-0.1046	0.1819	0.021	-0.3012	0.0057	-0.0433	0.164	-0.1246	0.099	0.0761	-0.0233	-0.0096	-0.0566	-0.0325	-0.1501	-22.8433	-11.3739	-24.519
13	3.8679	0.9332	1.8326	3.9546	-2.0854	3.1711	0.0845	0.1832	-0.3947	-0.2355	0.0092	0.1591	0.5389	-0.1415	-0.0937	-0.0479	0.012	0.0143	-0.1559	0.0248	-0.1722	-22.1377	-27.17	0.9696
14	1.9102	-1.8972	-1.4441	2.6701	0.8639	2.9298	-0.1186	-0.1569	-0.1624	-0.0688	-0.0988	0.0832	0.2906	0.1352	0.2174	-0.0068	0.0212	0.0115	-0.0325	0.0148	-0.108	-11.3818	-16.2776	-2.8375
15	0.8458	0.9423	1.4368	0.8398	-1.1636	4.0759	0.1184	-0.0347	0.0242	-0.3678	-0.3041	-0.5149	0.2621	0.5857	0.1857	-0.0084	0.1744	0.0938	0.0792	0.0743	-0.0788	2.7431	-19.7819	-6.5043
16	2.0918	-0.1393	-0.1529	0.613	-0.646	1.6049	-0.1331	-0.2408	0.0134	0.1719	-0.0338	-0.0894	0.2625	0.3388	0.1668	0.0311	0.1092	0.0068	0.0053	0.0273	-0.1348	-5.4761	-21.1754	7.2225
17	2.7176	-1.0546	-1.1193	6.5049	0.099	5.6335	0.1812	-0.0846	0.1666	-0.2425	-0.2502	0.3732	-0.6585	-0.2957	0.069	-0.0224	0.1037	-0.0842	-0.0034	-0.0795	-0.1248	-31.5229	23.1548	4.1911
18	0.8649	-0.6275	0.2329	3.6752	1.3388	2.4841	-0.176	0.0586	-0.0491	0.2838	-0.0907	0.5045	0.3881	-0.2659	0.2667	0.0166	0.0024	0.0393	-0.034	-0.0502	-0.1072	-28.7837	14.2904	15.9567
19	1.4439	1.6915	-0.4842	7.8102	1.1999	1.9801	0.0493	0.0336	0.0618	-0.1131	0.2688	-0.5046	0.0127	0.332	-0.3181	-0.1277	0.0317	-0.0189	0.0006	-0.0872	-0.1052	-8.025	22.8626	13.7393
20	1.6312	-0.1324	-0.08	2.4652	1.837	3.1001	-0.0506	0.0372	0.0495	-0.1024	0.0347	-0.0142	0.076	0.1168	0.0159	0.0031	0.0529	-0.0179	-0.0294	-0.0197	-0.0688	-17.4806	10.9428	5.8358
21	6.002	-2.3787	1.1012	5.8818	0.8924	5.0928	-0.0982	-0.0044	-0.3419	0.3765	0.1154	-0.3925	0.8954	0.5648	-0.0173	0.1668	0.191	0.0109	-0.1236	-0.0469	-0.274	-18.9451	16.6529	37.2745
22	2.5282	-0.8519	-1.1356	2.879	1.803	3.563	-0.246	-0.078	-0.2442	0.602	-0.1895	0.3919	0.8843	-0.0841	0.4355	0.084	-0.0309	0.109	-0.1269	-0.0471	-0.1529	-30.2873	16.9195	27.3177
23	7.0047	1.668	-1.8038	2.4545	0.931	2.6079	-0.054	0.302	0.1928	-0.0636	0.1384	-0.0895	-0.221	-0.0074	-0.0844	-0.081	0.0278	-0.0204	-0.0713	-0.0242	-0.1083	-19.0822	36.8807	22.5093
24	1.2469	-1.979	-0.3463	1.8297	0.657	1.6732	-0.0548	-0.1142	0.1267	0.4983	-0.1338	0.2345	0.142	-0.1433	0.1886	0.0531	-0.0129	0.0184	-0.0046	-0.0623	-0.0691	-29.6075	31.339	34.6478

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(A1 - A74)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(A75 - A116)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(A117 - A148)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(A149 - A205)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(B1 - B32)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(B33 - B107)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(B108 - B148)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(B149 - B205)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(C1 - C32)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(C33 - C107)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(C108 - C148)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(C149 - C205)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(D1 - D74)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(D75 - D116)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(D117 - D148)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(D149 - D205)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(E1 - E50)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(E51 - E107)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(E108 - E148)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(E149 - E205)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(F1 - F50)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(F51 - F105)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(F106 - F148)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(F149 - F205)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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