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- PDB-2x64: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE FROM XYLELLA FASTIDIOSA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x64
タイトルGLUTATHIONE-S-TRANSFERASE FROM XYLELLA FASTIDIOSA
要素GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / DETOXIFICATION ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種XYLELLA FASTIDIOSA (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Rodrigues, N.C. / Bleicher, L. / Travensolo, R.F. / Garcia, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and Biophysical Characterization of the Recombinant Glutathione-S-Transferase from Xylella
著者: Rodrigues, N.C. / Muniz, J.R.C. / Bleicher, L. / Garcia, W. / Travensolo, R.F. / Ulian-De-Araujo, A.P. / Carrilho, E. / Garratt, R.
履歴
登録2010年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
B: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
C: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
D: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
E: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
F: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,99118
ポリマ－137,9346
非ポリマー2,05712
水13,061725
1
C: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
D: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6646
ポリマ－45,9782
非ポリマー6864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-52.2 kcal/mol
Surface area16760 Å2
手法PISA
2
A: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
B: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6646
ポリマ－45,9782
非ポリマー6864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-47.4 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
3
E: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
F: GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6646
ポリマ－45,9782
非ポリマー6864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-50.6 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.670, 87.890, 90.780
Angle α, β, γ (deg.)116.53, 99.33, 94.49
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.1816, -0.3673, 0.9122), (-0.3508, -0.8908, -0.2888), (-41.2988, -27.0163, 42.7664)
ベクター: -0.9819, -31.1845, 37.1164)

-
要素

#1: タンパク質
GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE


分子量: 22989.076 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) XYLELLA FASTIDIOSA (バクテリア) / 株: 9A5C / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9PE18
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE


分子量: 307.323 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.54179
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.35 Å / Num. obs: 53809 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→33.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9414 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=GTT CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=10320. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=120. ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=GTT CL. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=10320. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=120. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=6.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2191 2746 5.1 %RANDOM
Rwork0.1667 ---
obs0.1694 53795 --
原子変位パラメータBiso mean: 40.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.9466 Å2-0.4394 Å2-0.7088 Å2
2---0.3152 Å22.2971 Å2
3---8.2617 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.272 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9553 0 126 725 10404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019950HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0613526HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3402SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes227HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1490HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9950HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.93
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1234SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12066SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2825 178 4.61 %
Rwork0.2111 3680 -
all0.2145 3858 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.65910.9568-2.07465.2752.234.77640.1329-0.44790.24780.4482-0.2040.4666-0.3819-0.31010.07110.06490.03610.0694-0.2086-0.0354-0.1821-6.2684-7.744944.9617
20.31140.1642-0.1582-0.01950.55370.7740.0504-0.10030.062-0.0081-0.04430.0796-0.4847-0.0777-0.00610.1719-0.0439-0.0255-0.16020.0294-0.08613.8056-15.237335.5641
32.1671-0.4284-0.34121.0758-1.77321.50610.12980.16070.0428-0.2359-0.0148-0.3384-0.12480.2473-0.11490.1736-0.0615-0.0483-0.16470.04350.003418.4767-16.538838.645
41.8840.59160.47983.00510.20991.85250.10990.03680.37920.1497-0.1119-0.2373-0.640.28150.00190.1978-0.067-0.0233-0.20320.0724-0.11929.0803-3.81134.9023
52.8506-1.8923-2.48394.89591.01325.69680.03030.28730.0260.1172-0.1648-0.2135-0.05060.24410.1344-0.0071-0.0178-0.0562-0.03670.0032-0.0888-0.1738-35.521327.0112
62.4213-0.31460.0322.59490.41491.97980.15380.10260.2293-0.1397-0.17060.0435-0.2125-0.26280.0168-0.0004-0.0094-0.0268-0.12010.0405-0.1129-1.4101-25.474931.1099
78.32780.08161.03871.46380.33762.99060.0118-0.07810.11660.2847-0.15170.0420.0314-0.10760.13990.1536-0.10030.0126-0.1691-0.0055-0.10776.2451-30.190151.3167
80.8167-0.011-0.35992.52570.49840.23490.05890.0238-0.17910.1518-0.11450.37670.0723-0.03510.0556-0.0239-0.03640.0154-0.0134-0.0108-0.0935-5.8789-37.363341.4291
9-1.32722.91171.59564.57540.45881.938-0.0464-0.08940.0196-0.2010.15-0.10620.20090.1737-0.10360.04310.0390.0044-0.0455-0.0309-0.1026-15.31820.4374-17.2673
100.76510.3255-0.36181.95570.13112.8742-0.0118-0.1111-0.0168-0.07690.00490.01140.21610.04830.00690.02770.0511-0.0157-0.07460.0104-0.1358-16.483-7.4384-9.82
117.3596-0.0868-0.83231.38230.49622.025-0.13460.0901-0.0379-0.31060.11580.05350.55750.21790.01880.26890.090.0786-0.12310.0205-0.1785-12.3241-24.3391-23.1483
120.5397-0.19-0.49311.2907-0.02872.8894-0.10460.18190.021-0.30120.0057-0.04330.164-0.12460.0990.0761-0.0233-0.0096-0.0566-0.0325-0.1501-22.8433-11.3739-24.519
133.86790.93321.83263.9546-2.08543.17110.08450.1832-0.3947-0.23550.00920.15910.5389-0.1415-0.0937-0.04790.0120.0143-0.15590.0248-0.1722-22.1377-27.170.9696
141.9102-1.8972-1.44412.67010.86392.9298-0.1186-0.1569-0.1624-0.0688-0.09880.08320.29060.13520.2174-0.00680.02120.0115-0.03250.0148-0.108-11.3818-16.2776-2.8375
150.84580.94231.43680.8398-1.16364.07590.1184-0.03470.0242-0.3678-0.3041-0.51490.26210.58570.1857-0.00840.17440.09380.07920.0743-0.07882.7431-19.7819-6.5043
162.0918-0.1393-0.15290.613-0.6461.6049-0.1331-0.24080.01340.1719-0.0338-0.08940.26250.33880.16680.03110.10920.00680.00530.0273-0.1348-5.4761-21.17547.2225
172.7176-1.0546-1.11936.50490.0995.63350.1812-0.08460.1666-0.2425-0.25020.3732-0.6585-0.29570.069-0.02240.1037-0.0842-0.0034-0.0795-0.1248-31.522923.15484.1911
180.8649-0.62750.23293.67521.33882.4841-0.1760.0586-0.04910.2838-0.09070.50450.3881-0.26590.26670.01660.00240.0393-0.034-0.0502-0.1072-28.783714.290415.9567
191.44391.6915-0.48427.81021.19991.98010.04930.03360.0618-0.11310.2688-0.50460.01270.332-0.3181-0.12770.0317-0.01890.0006-0.0872-0.1052-8.02522.862613.7393
201.6312-0.1324-0.082.46521.8373.1001-0.05060.03720.0495-0.10240.0347-0.01420.0760.11680.01590.00310.0529-0.0179-0.0294-0.0197-0.0688-17.480610.94285.8358
216.002-2.37871.10125.88180.89245.0928-0.0982-0.0044-0.34190.37650.1154-0.39250.89540.5648-0.01730.16680.1910.0109-0.1236-0.0469-0.274-18.945116.652937.2745
222.5282-0.8519-1.13562.8791.8033.563-0.246-0.078-0.24420.602-0.18950.39190.8843-0.08410.43550.084-0.03090.109-0.1269-0.0471-0.1529-30.287316.919527.3177
237.00471.668-1.80382.45450.9312.6079-0.0540.3020.1928-0.06360.1384-0.0895-0.221-0.0074-0.0844-0.0810.0278-0.0204-0.0713-0.0242-0.1083-19.082236.880722.5093
241.2469-1.979-0.34631.82970.6571.6732-0.0548-0.11420.12670.4983-0.13380.23450.142-0.14330.18860.0531-0.01290.0184-0.0046-0.0623-0.0691-29.607531.33934.6478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(A1 - A74)
2X-RAY DIFFRACTION2(A75 - A116)
3X-RAY DIFFRACTION3(A117 - A148)
4X-RAY DIFFRACTION4(A149 - A205)
5X-RAY DIFFRACTION5(B1 - B32)
6X-RAY DIFFRACTION6(B33 - B107)
7X-RAY DIFFRACTION7(B108 - B148)
8X-RAY DIFFRACTION8(B149 - B205)
9X-RAY DIFFRACTION9(C1 - C32)
10X-RAY DIFFRACTION10(C33 - C107)
11X-RAY DIFFRACTION11(C108 - C148)
12X-RAY DIFFRACTION12(C149 - C205)
13X-RAY DIFFRACTION13(D1 - D74)
14X-RAY DIFFRACTION14(D75 - D116)
15X-RAY DIFFRACTION15(D117 - D148)
16X-RAY DIFFRACTION16(D149 - D205)
17X-RAY DIFFRACTION17(E1 - E50)
18X-RAY DIFFRACTION18(E51 - E107)
19X-RAY DIFFRACTION19(E108 - E148)
20X-RAY DIFFRACTION20(E149 - E205)
21X-RAY DIFFRACTION21(F1 - F50)
22X-RAY DIFFRACTION22(F51 - F105)
23X-RAY DIFFRACTION23(F106 - F148)
24X-RAY DIFFRACTION24(F149 - F205)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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