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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ro8 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of Acinetobacter radioresistens CYP116B5 heme domain | ||||||
要素 | Cytochrome P450 RhF | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 / monooxygenases / biocatalysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter radioresistens (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Ciaramella, A. / Catucci, G. / Gilardi, G. / Di Nardo, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019 タイトル: Crystal structure of bacterial CYP116B5 heme domain: New insights on class VII P450s structural flexibility and peroxygenase activity. 著者: Ciaramella, A. / Catucci, G. / Gilardi, G. / Di Nardo, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ro8.cif.gz | 101 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ro8.ent.gz | 76.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ro8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ro8_validation.pdf.gz | 795.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ro8_full_validation.pdf.gz | 803.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ro8_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ro8_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/6ro8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ro/6ro8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6giiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51896.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter radioresistens (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9BWN9 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-HIS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.28 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM amino acids (0.02 M DL-Arginine hydrochloride, 0.02M DL-Threonine, 0.02M DL-Histidine monohydrochloride monohydrate, 0.02M DL-5-Hydroxylysine hydrochloride, 0.02M trans-4-hydroxy-L- ...詳細: 100 mM amino acids (0.02 M DL-Arginine hydrochloride, 0.02M DL-Threonine, 0.02M DL-Histidine monohydrochloride monohydrate, 0.02M DL-5-Hydroxylysine hydrochloride, 0.02M trans-4-hydroxy-L-proline), 0.1 M Gly-Gly, AMPD buffer pH 8.5, 50% v/v of 25% w/v PEG 4000, 40% w/v 1,2,6- Hexanetriol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→109.9 Å / Num. obs: 31654 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 73.18 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/av σ(I): 19.9 / Net I/σ(I): 19.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 12.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3788 / CC1/2: 0.584 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6GII 解像度: 2.6→91.33 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso max: 202.59 Å2 / Biso mean: 88.6208 Å2 / Biso min: 30 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→91.33 Å
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