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- PDB-6kzs: Crystal structure of cytochrome P450mel 107F1 in complex with hem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kzs
タイトルCrystal structure of cytochrome P450mel 107F1 in complex with heme and imidazole
要素Cytochrome P-450
キーワードOXIDOREDUCTASE / biaryl coupling / Heme / P450
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / Cytochrome P-450
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Hou, X.D. / Rao, Y.J. / Icyishaka, P. / Li, C.X. / Lou, J.L.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Other privateBK20160167 中国
Other privateJUSRP51712B 中国
Other private2018YFA090170 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallization and X-ray analysis of cytochrome P450mel 107F1 with biaryl coupling reactivity
著者: Hou, X.D. / Rao, Y.J. / Icyishaka, P. / Li, C.X. / Lou, J.L. / Liu, C.M.
履歴
登録2019年9月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P-450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3233
ポリマ－46,6371
非ポリマー6862
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.699, 81.395, 100.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P-450 / Cytochrome P450


分子量: 46636.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
遺伝子: P-450mel, p450-mel, NCTC13033_01802 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4H2B8, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / イミダゾリウム


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 53190 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.968 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.6313.20.44126180.9660.1260.4590.586100
1.63-1.6613.20.39326120.9680.1120.4090.609100
1.66-1.6913.20.35926130.9770.1020.3730.632100
1.69-1.7213.10.31826280.9790.0910.3310.662100
1.72-1.7612.80.28526180.980.0820.2970.708100
1.76-1.812.70.25126180.9810.0730.2620.753100
1.8-1.85120.21726250.9810.0650.2270.827100
1.85-1.912.30.18626350.9870.0550.1940.91100
1.9-1.9513.20.17426230.990.050.1821.009100
1.95-2.0213.40.15626560.9920.0440.1621.087100
2.02-2.0913.30.13626180.9930.0390.1411.141100
2.09-2.1713.30.11526220.9940.0330.121.118100
2.17-2.27130.10126590.9960.0290.1061.126100
2.27-2.3912.20.09126640.9970.0270.0951.102100
2.39-2.5413.10.08226510.9980.0230.0851.088100
2.54-2.7413.60.07526750.9970.0210.0781.116100
2.74-3.0113.40.06626790.9980.0190.0691.165100
3.01-3.4512.40.05926950.9980.0170.0621.309100
3.45-4.3413.10.04827400.9990.0140.051.295100
4.34-5012.10.04428750.9990.0130.0461.07399.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2d09

2d09


解像度: 1.601→43.824 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 18.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 2663 5.01 %
Rwork0.1861 --
obs0.1871 53190 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 49.13 Å2 / Biso mean: 16.0439 Å2 / Biso min: 5.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.601→43.824 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3133 0 48 177 3358
Biso mean--9.23 20.39 -
残基数----396
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.601-1.63010.22161210.1857245592
1.6301-1.66150.23011460.18682610100
1.6615-1.69540.21141360.18432649100
1.6954-1.73230.20951510.18042613100
1.7323-1.77260.24341440.18042626100
1.7726-1.81690.20511420.18032640100
1.8169-1.8660.22181360.1862651100
1.866-1.92090.20691450.18242602100
1.9209-1.98290.22261580.1812645100
1.9829-2.05380.19541350.18392662100
2.0538-2.13610.21461200.18162653100
2.1361-2.23330.23231330.18332693100
2.2333-2.3510.20871350.19072658100
2.351-2.49830.24321470.19662670100
2.4983-2.69120.21271350.19992677100
2.6912-2.96190.21091520.20072692100
2.9619-3.39040.19371440.19882709100
3.3904-4.27090.18361440.172733100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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