[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6kzs: Crystal structure of cytochrome P450mel 107F1 in complex with hem... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kzs | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of cytochrome P450mel 107F1 in complex with heme and imidazole | ||||||||||||
Components | Cytochrome P-450 | ||||||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / biaryl coupling / Heme / P450 | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Streptomyces griseus (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.601 Å | ||||||||||||
Authors | Hou, X.D. / Rao, Y.J. / Icyishaka, P. / Li, C.X. / Lou, J.L. | ||||||||||||
Funding support | China, 3items
| ||||||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystallization and X-ray analysis of cytochrome P450mel 107F1 with biaryl coupling reactivity Authors: Hou, X.D. / Rao, Y.J. / Icyishaka, P. / Li, C.X. / Lou, J.L. / Liu, C.M. | ||||||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6kzs.cif.gz | 99.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6kzs.ent.gz | 71.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6kzs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6kzs_validation.pdf.gz | 795.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6kzs_full_validation.pdf.gz | 796.9 KB | Display | |
Data in XML | 6kzs_validation.xml.gz | 17.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6kzs_validation.cif.gz | 24.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/6kzs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/6kzs | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6kztC 2d09S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 46636.938 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptomyces griseus (bacteria) / Gene: P-450mel, p450-mel, NCTC13033_01802 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q4H2B8, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-HEM / |
#3: Chemical | ChemComp-IMD / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.86 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NFPSS / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 9, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 53190 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.968 / Net I/σ(I): 6.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2d09 Resolution: 1.601→43.824 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 18.63
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 49.13 Å2 / Biso mean: 16.0439 Å2 / Biso min: 5.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.601→43.824 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
|