PDB-6rlo: Crystal structure of AT1412dm Fab fragment in complex with CD9 la...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rlo

タイトル

Crystal structure of AT1412dm Fab fragment in complex with CD9 large extracellular loop

要素

(AT1412dm Fab Fragment ...) x 2
CD9 antigen

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab / CD9-binding / affinity-improvement

機能・相同性

機能・相同性情報

Acrosome Reaction and Sperm:Oocyte Membrane Binding / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / regulation of macrophage migration / paranodal junction assembly / glial cell migration / platelet alpha granule membrane / negative regulation of platelet aggregation / Uptake and function of diphtheria toxin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Neviani, V. / Pearce, N.M. / Pos, W. / Schotte, R. / Spits, H. / Gros, P.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of a homo-dimerization site in tetraspanin CD9 targeted by a melanoma patient-derived antibody
著者: Neviani, V. / Pos, W. / Schotte, R. / Wagner, K. / Go, D.M. / Fatmawati, C. / Kedde, M. / Claassen, Y.B. / Kroon-Batenburg, L. / Lutz, M. / Verdegaal, E.M.E. / van der Burg, S.H. / Spits, H. / Gros, P.

履歴

登録	2019年5月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rlo.cif.gz	395 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rlo.ent.gz	319.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rlo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rlo_validation.pdf.gz	518.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rlo_full_validation.pdf.gz	533.7 KB	表示
XML形式データ	6rlo_validation.xml.gz	67.3 KB	表示
CIF形式データ	6rlo_validation.cif.gz	93.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rlo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/6rlo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rlmSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rlo-4 5iq7-d 4pds-d 1n7h-d 6rlo-2 2azo-d 6rlo-3 2xes-d 4rqq-3 3kdt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AT1412dm Fab Fragment (Heavy Chain)

B: AT1412dm Fab Fragment (Light Chain)

I: CD9 antigen

C: AT1412dm Fab Fragment (Heavy Chain)

D: AT1412dm Fab Fragment (Light Chain)

J: CD9 antigen

E: AT1412dm Fab Fragment (Heavy Chain)

F: AT1412dm Fab Fragment (Light Chain)

K: CD9 antigen

G: AT1412dm Fab Fragment (Heavy Chain)

H: AT1412dm Fab Fragment (Light Chain)

L: CD9 antigen

ヘテロ分子

234 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AT1412dm Fab Fragment (Heavy Chain)

B: AT1412dm Fab Fragment (Light Chain)

I: CD9 antigen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: AT1412dm Fab Fragment (Heavy Chain)

D: AT1412dm Fab Fragment (Light Chain)

J: CD9 antigen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: AT1412dm Fab Fragment (Heavy Chain)

F: AT1412dm Fab Fragment (Light Chain)

K: CD9 antigen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: AT1412dm Fab Fragment (Heavy Chain)

H: AT1412dm Fab Fragment (Light Chain)

L: CD9 antigen

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.4 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.776, 89.858, 91.533
Angle α, β, γ (deg.)	71.120, 89.590, 85.960
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	4 - 229	4 - 221
2	1	VAL	VAL	LYS	LYS	C	D	4 - 229	4 - 221
1	2	VAL	VAL	PRO	PRO	A	A	4 - 228	4 - 220
2	2	VAL	VAL	PRO	PRO	E	G	4 - 228	4 - 220
1	3	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	4 - 229	4 - 221
2	3	VAL	VAL	LYS	LYS	G	J	4 - 229	4 - 221
1	4	ASP	ASP	ARG	ARG	B	B	1 - 227	1 - 217
2	4	ASP	ASP	ARG	ARG	D	E	1 - 227	1 - 217
1	5	ASP	ASP	ASN	ASN	B	B	1 - 226	1 - 216
2	5	ASP	ASP	ASN	ASN	F	H	1 - 226	1 - 216
1	6	ASP	ASP	ARG	ARG	B	B	1 - 227	1 - 217
2	6	ASP	ASP	ARG	ARG	H	K	1 - 227	1 - 217
1	7	LYS	LYS	PHE	PHE	I	C	114 - 189	4 - 79
2	7	LYS	LYS	PHE	PHE	J	F	114 - 189	4 - 79
1	8	LYS	LYS	ASP	ASP	I	C	114 - 190	4 - 80
2	8	LYS	LYS	ASP	ASP	K	I	114 - 190	4 - 80
1	9	LYS	LYS	PHE	PHE	I	C	114 - 189	4 - 79
2	9	LYS	LYS	PHE	PHE	L	L	114 - 189	4 - 79
1	10	VAL	VAL	PRO	PRO	C	D	4 - 228	4 - 220
2	10	VAL	VAL	PRO	PRO	E	G	4 - 228	4 - 220
1	11	VAL	VAL	LYS	LYS	C	D	4 - 229	4 - 221
2	11	VAL	VAL	LYS	LYS	G	J	4 - 229	4 - 221
1	12	ASP	ASP	ASN	ASN	D	E	1 - 226	1 - 216
2	12	ASP	ASP	ASN	ASN	F	H	1 - 226	1 - 216
1	13	ASP	ASP	GLY	GLY	D	E	1 - 228	1 - 218
2	13	ASP	ASP	GLY	GLY	H	K	1 - 228	1 - 218
1	14	LYS	LYS	PHE	PHE	J	F	114 - 189	4 - 79
2	14	LYS	LYS	PHE	PHE	K	I	114 - 189	4 - 79
1	15	LYS	LYS	ASN	ASN	J	F	114 - 191	4 - 81
2	15	LYS	LYS	ASN	ASN	L	L	114 - 191	4 - 81
1	16	VAL	VAL	GLU	GLU	E	G	4 - 227	4 - 219
2	16	VAL	VAL	GLU	GLU	G	J	4 - 227	4 - 219
1	17	ASP	ASP	ASN	ASN	F	H	1 - 226	1 - 216
2	17	ASP	ASP	ASN	ASN	H	K	1 - 226	1 - 216
1	18	LYS	LYS	PHE	PHE	K	I	114 - 189	4 - 79
2	18	LYS	LYS	PHE	PHE	L	L	114 - 189	4 - 79

NCSアンサンブル:

-
タンパク質 , 1種, 4分子 IJKL

#3: タンパク質	CD9 antigen / 5H9 antigen / Cell growth-inhibiting gene 2 protein / Leukocyte antigen MIC3 / Motility-related ...5H9 antigen / Cell growth-inhibiting gene 2 protein / Leukocyte antigen MIC3 / Motility-related protein / MRP-1 / Tetraspanin-29 / Tspan-29 / p24 分子量: 10260.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD9, MIC3, TSPAN29, GIG2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21926

#3: タンパク質

CD9 antigen / 5H9 antigen / Cell growth-inhibiting gene 2 protein / Leukocyte antigen MIC3 / Motility-related ...

分子量: 10260.629 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD9, MIC3, TSPAN29, GIG2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P21926

-
抗体 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: 抗体	AT1412dm Fab Fragment (Heavy Chain) 分子量: 23827.686 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	AT1412dm Fab Fragment (Light Chain) 分子量: 24261.814 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 231分子

#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 1000, sodium chloride, sodium potassium phosphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.96 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→84.8 Å / Num. obs: 104319 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3.9 % / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.199 / R_pim(I) all: 0.117 / R_rim(I) all: 0.231 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 406120 / Scaling rejects: 405

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.2-2.24	3.9	1.048	20862	5321	0.982	0.615	1.216	1.3	94.6
12.05-84.8	3.6	0.046	2418	670	0.999	0.03	0.055	11.9	97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS		データ削減
Aimless	0.5.32	データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RLM

6rlm

解像度: 2.2→84.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 11.105 / SU ML: 0.255 / SU R Cruickshank DPI: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.264
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2866	5338	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2537	-	-	-
obs	0.2553	98939	92.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.31 Å² / B_iso mean: 29.944 Å² / B_iso min: 10.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.62 Å²	-0.09 Å²	0.84 Å²
2-	-	2.94 Å²	-1.19 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→84.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15644	0	19	212	15875
B_iso mean	-	-	36.68	22.38	-
残基数	-	-	-	-	2027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	16028
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	14378
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.34	1.644	21790
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.145	1.574	33573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.87	5	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.664	23.398	727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.439	15	2606
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.121	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	17873
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3271

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6288	0.05
1	2	C	6288	0.05
2	1	A	6240	0.06
2	2	E	6240	0.06
3	1	A	6240	0.06
3	2	G	6240	0.06
4	1	B	6708	0.04
4	2	D	6708	0.04
5	1	B	6605	0.05
5	2	F	6605	0.05
6	1	B	6699	0.05
6	2	H	6699	0.05
7	1	I	2331	0.07
7	2	J	2331	0.07
8	1	I	2303	0.09
8	2	K	2303	0.09
9	1	I	2296	0.07
9	2	L	2296	0.07
10	1	C	6219	0.06
10	2	E	6219	0.06
11	1	C	6223	0.06
11	2	G	6223	0.06
12	1	D	6593	0.06
12	2	F	6593	0.06
13	1	D	6691	0.05
13	2	H	6691	0.05
14	1	J	2291	0.07
14	2	K	2291	0.07
15	1	J	2358	0.07
15	2	L	2358	0.07
16	1	E	6230	0.06
16	2	G	6230	0.06
17	1	F	6648	0.04
17	2	H	6648	0.04
18	1	K	2321	0.06
18	2	L	2321	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	393	-
R_work	0.36	7422	-
all	-	7815	-
obs	-	-	94.44 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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