PDB-6rcp: Crystal structure of the OmpK36 clinical isolate ST258 from Klebs...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rcp

タイトル

Crystal structure of the OmpK36 clinical isolate ST258 from Klebsiella pneumonia

要素

OmpK36

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / OmpK36 ST258

機能・相同性

機能・相同性情報

porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.231 Å

データ登録者

Beis, K. / Romano, M. / Kwong, J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: OmpK36-mediated Carbapenem resistance attenuates ST258 Klebsiella pneumoniae in vivo.
著者: Wong, J.L.C. / Romano, M. / Kerry, L.E. / Kwong, H.S. / Low, W.W. / Brett, S.J. / Clements, A. / Beis, K. / Frankel, G.

履歴

登録	2019年4月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rcp.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rcp.ent.gz	970.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rcp_validation.pdf.gz	571 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rcp_full_validation.pdf.gz	652.6 KB	表示
XML形式データ	6rcp_validation.xml.gz	197.3 KB	表示
CIF形式データ	6rcp_validation.cif.gz	265.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/6rcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/6rcp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rckC 6rd3C 5o79S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o78-d 3hw9-1 3k19-1 6rck-d 2xg6-1 4lsi-d 5o77-1 3hwb-2 3o0e-1 1hxx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OmpK36

B: OmpK36

E: OmpK36

G: OmpK36

H: OmpK36

I: OmpK36

K: OmpK36

L: OmpK36

N: OmpK36

O: OmpK36

P: OmpK36

Q: OmpK36

R: OmpK36

F: OmpK36

D: OmpK36

J: OmpK36

M: OmpK36

C: OmpK36

689 kDa, 18 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: OmpK36

B: OmpK36

F: OmpK36

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, Other porins are trimers including entry 5o79
115 kDa, 3 ポリマー
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2

E: OmpK36

D: OmpK36

C: OmpK36

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 3 ポリマー
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3

G: OmpK36

H: OmpK36

I: OmpK36

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 3 ポリマー
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4

K: OmpK36

L: OmpK36

J: OmpK36

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 3 ポリマー
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5

N: OmpK36

O: OmpK36

M: OmpK36

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 3 ポリマー
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6

P: OmpK36

Q: OmpK36

R: OmpK36

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	286.035, 326.105, 164.191
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	OmpK36 / Outer membrane porin / Outer membrane protein C / Porin OmpC 分子量: 38276.199 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ST258 mutant / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: ompK36, ompC, BANRA_01576, DXF97_01445, SAMEA3649709_00969 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Omp8 / 参照: UniProt: E5G6G2

#1: タンパク質

OmpK36 / Outer membrane porin / Outer membrane protein C / Porin OmpC

分子量: 38276.199 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ST258 mutant / 由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: ompK36, ompC, BANRA_01576, DXF97_01445, SAMEA3649709_00969
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Omp8 / 参照: UniProt: E5G6G2

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.87 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M LiSO4, 0.1 mM Tris HCl pH 8.5 and 30 % PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.23→286.03 Å / Num. obs: 127179 / % possible obs: 86.4 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.199 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 3.23→3.57 Å / R_merge(I) obs: 1.11 / Num. unique obs: 6359 / CC_1/2: 0.55

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5o79

5o79

解像度: 3.231→91.514 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2499	6387	5.03 %
R_work	0.2181	-	-
obs	0.2197	127092	51.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.231→91.514 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	48762	0	0	0	48762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	49896
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.648	67626
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.142	38754
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	6930
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	9108

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2313-3.268	0.5406	4	0.3261	55	X-RAY DIFFRACTION	1
3.268-3.3064	0.258	10	0.3556	180	X-RAY DIFFRACTION	2
3.3064-3.3468	0.2962	23	0.3117	404	X-RAY DIFFRACTION	5
3.3468-3.3891	0.3767	33	0.3179	682	X-RAY DIFFRACTION	9
3.3891-3.4337	0.3301	48	0.3033	928	X-RAY DIFFRACTION	12
3.4337-3.4808	0.3522	69	0.3181	1196	X-RAY DIFFRACTION	16
3.4808-3.5305	0.3508	75	0.3125	1442	X-RAY DIFFRACTION	19
3.5305-3.5832	0.4137	104	0.3205	1754	X-RAY DIFFRACTION	23
3.5832-3.6392	0.3517	114	0.322	2195	X-RAY DIFFRACTION	29
3.6392-3.6989	0.3244	131	0.305	2615	X-RAY DIFFRACTION	34
3.6989-3.7626	0.3346	160	0.3093	2974	X-RAY DIFFRACTION	39
3.7626-3.8311	0.3367	175	0.2945	3416	X-RAY DIFFRACTION	44
3.8311-3.9048	0.3465	208	0.2888	3726	X-RAY DIFFRACTION	49
3.9048-3.9845	0.2813	208	0.2734	4073	X-RAY DIFFRACTION	53
3.9845-4.0711	0.3114	235	0.2521	4392	X-RAY DIFFRACTION	57
4.0711-4.1658	0.2633	280	0.2443	4715	X-RAY DIFFRACTION	62
4.1658-4.27	0.2613	254	0.2217	5069	X-RAY DIFFRACTION	66
4.27-4.3854	0.2547	291	0.2076	5359	X-RAY DIFFRACTION	69
4.3854-4.5145	0.2363	317	0.2016	5596	X-RAY DIFFRACTION	72
4.5145-4.6602	0.2199	325	0.1893	5722	X-RAY DIFFRACTION	74
4.6602-4.8267	0.2442	318	0.19	5909	X-RAY DIFFRACTION	76
4.8267-5.02	0.2336	333	0.1849	6072	X-RAY DIFFRACTION	79
5.02-5.2484	0.241	298	0.1976	6257	X-RAY DIFFRACTION	80
5.2484-5.5251	0.2326	331	0.1949	6312	X-RAY DIFFRACTION	81
5.5251-5.8712	0.2415	328	0.203	6453	X-RAY DIFFRACTION	83
5.8712-6.3244	0.2527	321	0.214	6655	X-RAY DIFFRACTION	85
6.3244-6.9607	0.2329	342	0.1976	6662	X-RAY DIFFRACTION	85
6.9607-7.9674	0.2196	368	0.1912	6576	X-RAY DIFFRACTION	84
7.9674-10.0361	0.201	349	0.1878	6668	X-RAY DIFFRACTION	84
10.0361-91.5504	0.2285	335	0.2327	6648	X-RAY DIFFRACTION	81

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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