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- PDB-3k19: OmpF porin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k19
タイトルOmpF porin
要素Outer membrane protein F
キーワードMEMBRANE PROTEIN / BETA BARREL / FOSCHOLINE-12 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / Cell membrane / Cell outer membrane / Ion transport / Membrane / Phage recognition / Porin / Transmembrane / Transport / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport ...colicin transmembrane transporter activity / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion channel activity / monoatomic ion channel complex / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion transmembrane transport / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin ...Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin, Gram-negative type / Porin / : / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Kefala, G. / Ahn, C. / Krupa, M. / Maslennikov, I. / Kwiatkowski, W. / Choe, S. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Structures of the OmpF porin crystallized in the presence of foscholine-12.
著者: Kefala, G. / Ahn, C. / Krupa, M. / Esquivies, L. / Maslennikov, I. / Kwiatkowski, W. / Choe, S.
履歴
登録2009年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein F
B: Outer membrane protein F
C: Outer membrane protein F
D: Outer membrane protein F
E: Outer membrane protein F
F: Outer membrane protein F
G: Outer membrane protein F
H: Outer membrane protein F
I: Outer membrane protein F
J: Outer membrane protein F
K: Outer membrane protein F
L: Outer membrane protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)445,37112
ポリマ－445,37112
非ポリマー00
水00
1
A: Outer membrane protein F
B: Outer membrane protein F
C: Outer membrane protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3433
ポリマ－111,3433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8730 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area40350 Å2
手法PISA
2
D: Outer membrane protein F
E: Outer membrane protein F
F: Outer membrane protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3433
ポリマ－111,3433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8700 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area40370 Å2
手法PISA
3
G: Outer membrane protein F
H: Outer membrane protein F
I: Outer membrane protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3433
ポリマ－111,3433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8740 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area40350 Å2
手法PISA
4
J: Outer membrane protein F
K: Outer membrane protein F
L: Outer membrane protein F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,3433
ポリマ－111,3433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8670 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area40390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.708, 210.522, 137.042
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

-
要素

#1: タンパク質
Outer membrane protein F / Porin ompF / Outer membrane protein 1A / Outer membrane protein IA / Outer membrane protein B


分子量: 37114.250 Da / 分子数: 12 / 断片: sequence database residues 1-340 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P02931

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4, 0.2M sodium chloride, 0.1M Imidazole pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月9日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→100 Å / Num. obs: 74966 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 9.233
反射 シェル解像度: 3.8→3.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.667 / Rsym value: 0.488 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
BALBES位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OMF

2omf


解像度: 3.79→49.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.791 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.749 / SU B: 35.787 / SU ML: 0.499 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.741 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28794 3787 5.1 %RANDOM
Rwork0.28017 ---
obs0.28056 71179 49.57 %-
all-71179 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.55 Å20 Å23.39 Å2
2---3.05 Å20 Å2
3---0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.79→49.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31524 0 0 0 31524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.02232160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.651.93143504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1954060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.00724.9891748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.579154796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.73715132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.24412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0225848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.091.519848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.185231324
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.272312312
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.4774.512180
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2619 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0.01 Å

Auth asym-IDタイプWeight position
Atight positional0.05
Btight positional0.05
Ctight positional0.05
Dtight positional0.05
Etight positional0.05
Ftight positional0.05
Gtight positional0.05
Htight positional0.05
Itight positional0.05
Jtight positional0.05
Ktight positional0.05
Ltight positional0.05
Atight thermal0.5
Btight thermal0.5
Ctight thermal0.5
Dtight thermal0.5
Etight thermal0.5
Ftight thermal0.5
Gtight thermal0.5
Htight thermal0.5
Itight thermal0.5
Jtight thermal0.5
Ktight thermal0.5
Ltight thermal0.5
LS精密化 シェル解像度: 3.787→3.885 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 272 -
Rwork0.344 4598 -
obs--87.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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